Table 3.

Comparison of the associated microbiota between different types of samples using ADONIS test based on Bray-Curtis matrix.

Combination			Uninfected “normal” C. l. pidschian		Infected “normal” C. l. pidschian
			R2	P-value corrected	R2	P-value corrected
D0	vs.	Stomach content	0.15	<0.0001	0.19	<0.0001
		Stomach mucosa	0.15	<0.0001	0.21	<0.0001
		Washout from stomach mucosa	0.21	<0.0001	0.21	0.001
		Anterior content	0.09	0.010	0.13	0.001
		Anterior mucosa	0.14	0.002	0.14	0.006
		Washout from anterior mucosa	0.40	<0.0001	0.16	0.071
		Posterior content	0.10	0.002	0.14	0.001
		Posterior mucosa	0.19	<0.0001	0.21	0.005
		Washout from posterior mucosa	0.28	0.001	0.32	0.001
D1	vs.	Stomach content	0.17	<0.0001	0.19	<0.0001
		Stomach mucosa	0.16	<0.0001	0.19	<0.0001
		Washout from stomach mucosa	0.21	<0.0001	0.19	<0.0001
		Anterior content	0.15	<0.0001	0.16	<0.0001
		Anterior mucosa	0.14	<0.0001	0.13	<0.0001
		Washout from anterior mucosa	0.33	<0.0001	0.11	0.013
		Posterior content	0.15	<0.0001	0.18	<0.0001
		Posterior mucosa	0.18	<0.0001	0.14	0.001
		Washout from posterior mucosa	0.24	<0.0001	0.23	<0.0001
D2	vs.	Stomach content	0.15	<0.0001	0.17	<0.0001
		Stomach mucosa	0.15	<0.0001	0.18	<0.0001
		Washout from stomach mucosa	0.20	<0.0001	0.17	<0.0001
		Anterior content	0.15	<0.0001	0.14	<0.0001
		Anterior mucosa	0.15	<0.0001	0.12	0.003
		Washout from anterior mucosa	0.30	<0.0001	0.08	0.061
		Posterior content	0.14	<0.0001	0.18	<0.0001
		Posterior mucosa	0.16	<0.0001	0.13	0.005
		Washout from posterior mucosa	0.22	<0.0001	0.21	<0.0001
D3	vs.	Stomach content	0.17	<0.0001	0.18	<0.0001
		Stomach mucosa	0.15	<0.0001	0.18	<0.0001
		Washout from stomach mucosa	0.19	<0.0001	0.17	<0.0001
		Anterior content	0.15	0.002	0.15	<0.0001
		Anterior mucosa	0.15	<0.0001	0.12	0.001
		Washout from anterior mucosa	0.30	<0.0001	0.09	0.038
		Posterior content	0.15	<0.0001	0.19	<0.0001
		Posterior mucosa	0.17	<0.0001	0.13	0.004
		Washout from posterior mucosa	0.22	<0.0001	0.21	<0.0001
D4	vs.	Stomach content	0.15	<0.0001	0.16	<0.0001
		Stomach mucosa	0.14	<0.0001	0.17	<0.0001
		Washout from stomach mucosa	0.20	<0.0001	0.17	<0.0001
		Anterior content	0.14	<0.0001	0.14	<0.0001
		Anterior mucosa	0.14	<0.0001	0.12	0.001
		Washout from anterior mucosa	0.30	<0.0001	0.09	0.031
		Posterior content	0.14	<0.0001	0.17	<0.0001
		Posterior mucosa	0.16	<0.0001	0.12	0.005
		Washout from posterior mucosa	0.22	<0.0001	0.21	<0.0001
D5	vs.	Stomach content	0.15	<0.0001	0.16	<0.0001
		Stomach mucosa	0.13	<0.0001	0.17	<0.0001
		Washout from stomach mucosa	0.17	<0.0001	0.15	<0.0001
		Anterior content	0.14	<0.0001	0.14	<0.0001
		Anterior mucosa	0.13	<0.0001	0.12	0.001
		Washout from anterior mucosa	0.27	<0.0001	0.08	0.046
		Posterior content	0.14	<0.0001	0.17	<0.0001
		Posterior mucosa	0.15	<0.0001	0.11	0.009
		Washout from posterior mucosa	0.19	<0.0001	0.19	<0.0001
D6	vs.	Stomach content	0.22	<0.0001	0.24	<0.0001
		Stomach mucosa	0.22	<0.0001	0.27	<0.0001
		Washout from stomach mucosa	0.29	<0.0001	0.25	<0.0001
		Anterior content	0.23	<0.0001	0.22	<0.0001
		Anterior mucosa	0.25	<0.0001	0.21	<0.0001
		Washout from anterior mucosa	0.40	<0.0001	0.14	0.008
		Posterior content	0.22	<0.0001	0.27	<0.0001
		Posterior mucosa	0.24	<0.0001	0.20	<0.0001
		Washout from posterior mucosa	0.31	<0.0001	0.30	<0.0001
D7	vs.	Stomach content	0.24	<0.0001	0.26	<0.0001
		Stomach mucosa	0.22	<0.0001	0.25	<0.0001
		Washout from stomach mucosa	0.28	<0.0001	0.26	<0.0001
		Anterior content	0.18	<0.0001	0.23	<0.0001
		Anterior mucosa	0.15	<0.0001	0.17	<0.0001
		Washout from anterior mucosa	0.42	<0.0001	0.15	0.004
		Posterior content	0.20	<0.0001	0.24	<0.0001
		Posterior mucosa	0.24	<0.0001	0.20	<0.0001
		Washout from posterior mucosa	0.31	<0.0001	0.32	<0.0001

The bold character indicates significance at p < 0.05.