Skip to main content
[Preprint]. 2023 Mar 13:rs.3.rs-2618144. [Version 1] doi: 10.21203/rs.3.rs-2618144/v1

Table 1.

Validation of differentially expressed mRNAs using preamplification enhanced RT-qPCR assays.

Gene Treatment
Condition		 Experiment No. Median IQ25 IQ75 P P (Pairwise comparison)
1 2 3 4 PBMC
vs
PBMC
+
BTP2		 PBMC
vs
PBMC
+ PHA		 PBMC
+ PHA
vs
PBMC
+ PHA
+
BTP2
18S PBMC 5.9E + 09 2.3E + 10 3.6E + 10 2.9E + 10 2.6E + 10 1.9E + 10 3.1E + 10 0.82 0.89 0.89 0.51
PBMC + BTP2 4.2E + 09 3.3E + 10 3.4E + 10 3.1E + 10 3.2E + 10 2.4E + 10 3.3E + 10
PBMC + PHA 1.5E + 10 2.6E + 10 3.1E + 10 1.8E + 10 2.2E + 10 1.7E + 10 2.7E + 10
PBMC + PHA + BTP2 2.3E + 10 2.3E + 10 3.6E + 10 2.6E + 10 2.5E + 10 2.3E + 10 2.9E + 10
CD3E PBMC 5.1E + 05 4.7E + 05 1.1E + 06 8.2E + 05 6.6E + 05 5.0E + 05 8.9E + 05 0.83 0.89 0.69 0.89
PBMC + BTP2 3.4E + 05 9.0E + 05 6.7E + 05 7.3E + 05 7.0E + 05 5.9E + 05 7.8E + 05
PBMC + PHA 4.9E + 05 1.1E + 06 7.7E + 05 4.5E + 05 6.3E + 05 4.8E + 05 8.4E + 05
PBMC + PHA + BTP2 5.5E + 05 4.7E + 05 5.7E + 05 5.1E + 05 5.3E + 05 5.0E + 05 5.5E + 05
CD4 PBMC 1.0E + 05 7.8E + 04 2.1E + 05 1.4E + 05 1.2E + 05 9.6E + 04 1.6E + 05 0.003 > 0.99 0.11 0.06
PBMC + BTP2 6.1E + 04 1.8E + 05 1.2E + 05 1.5E + 05 1.4E + 05 1.1E + 05 1.6E + 05
PBMC + PHA 5.4E + 04 1.3E + 05 5.0E + 04 4.3E + 04 5.2E + 04 4.8E + 04 7.3E + 04
PBMC + PHA + BTP2 4.7E + 04 3.7E + 04 3.3E + 04 4.1E + 04 3.9E + 04 3.6E + 04 4.3E + 04
CD8A PBMC 2.1E + 05 2.2E + 05 3.3E + 05 1.4E + 05 2.1E + 05 1.9E + 05 2.5E + 05 0.95 0.69 >0.99 0.63
PBMC + BTP2 1.6E + 05 4.0E + 05 1.8E + 05 1.3E + 05 1.7E + 05 1.5E + 05 2.4E + 05
PBMC + PHA 1.9E + 05 4.0E + 05 2.2E + 05 7.8E + 04 2.0E + 05 1.6E + 05 2.7E + 05
PBMC + PHA + BTP2 3.2E + 05 3.2E + 05 2.4E + 05 1.2E + 05 2.8E + 05 2.1E + 05 3.2E + 05
CD27 PBMC 9.6E + 04 4.0E + 04 1.2E + 05 8.8E + 04 9.2E + 04 7.6E + 04 1.0E + 05 0.0002 0.34 0.11 0.03
PBMC + BTP2 7.0E + 04 7.2E + 04 5.9E + 04 8.0E + 04 7.1E + 04 6.7E + 04 7.4E + 04
PBMC + PHA 1.4E + 05 2.2E + 05 1.9E + 05 9.5E + 04 1.6E + 05 1.3E + 05 2.0E + 05
PBMC + PHA + BTP2 3.5E + 04 2.5E + 04 1.0E + 04 2.3E + 04 2.4E + 04 2.0E + 04 2.7E + 04
CD28 PBMC 2.3E + 04 2.4E + 04 5.8E + 04 2.9E + 04 2.6E + 04 2.4E + 04 3.6E + 04 0.02 0.89 0.03 0.03
PBMC + BTP2 1.6E + 04 4.9E + 04 3.0E + 04 2.9E + 04 2.9E + 04 2.6E + 04 3.4E + 04
PBMC + PHA 8.7E + 04 1.1E + 05 6.6E + 04 6.6E + 04 7.7E + 04 6.6E + 04 9.2E + 04
PBMC + PHA + BTP2 4.4E + 04 2.6E + 04 4.4E + 04 2.7E + 04 3.5E + 04 2.6E + 04 4.4E + 04
CD103 (ITGAE) PBMC 1.4E + 03 4.6E + 03 6.5E + 03 3.2E + 03 3.9E + 03 2.7E + 03 5.1E + 03 0.13 0.89 0.06 0.11
PBMC + BTP2 1.1E + 03 7.1E + 03 1.5E + 03 3.2E + 03 2.4E + 03 1.4E + 03 4.1E + 03
PBMC + PHA 6.7E + 02 2.2E + 03 5.9E + 02 8.9E + 02 7.8E + 02 6.5E + 02 1.2E + 03
PBMC + PHA + BTP2 3.7E + 03 4.9E + 03 7.7E + 02 2.5E + 03 3.1E + 03 2.1E + 03 4.0E + 03
IL2 PBMC 2.5E + 02 2.7E + 02 5.3E + 02 3.1E + 02 2.9E + 02 2.6E + 02 3.7E + 02 < 0.0001 0.89 0.03 0.03
PBMC + BTP2 1.6E + 02 3.4E + 02 4.0E + 02 3.4E + 02 3.4E + 02 2.9E + 02 3.5E + 02
PBMC + PHA 1.7E + 05 1.5E + 04 1.2E + 05 3.5E + 04 7.9E + 04 3.0E + 04 1.4E + 05
PBMC + PHA + BTP2 1.1E + 04 3.7E + 03 1.9E + 03 6.5E + 03 5.1E + 03 3.2E + 03 7.5E + 03
IL2RA PBMC 2.5E + 04 2.9E + 04 3.7E + 04 3.8E + 04 3.3E + 04 2.8E + 04 3.8E + 04 < 0.0001 0.03 0.03 0.03
PBMC + BTP2 6.6E + 03 2.2E + 04 9.9E + 03 2.4E + 04 1.6E + 04 9.1E + 03 2.2E + 04
PBMC + PHA 4.1E + 06 4.9E + 06 5.4E + 06 4.2E + 06 4.5E + 06 4.1E + 06 5.1E + 06
PBMC + PHA + BTP2 1.7E + 06 5.4E + 05 8.2E + 05 1.0E + 06 9.3E + 05 7.5E + 05 1.2E + 06
IFNG PBMC 2.4E + 02 2.1E + 02 5.3E + 02 5.1E + 02 3.7E + 02 2.3E + 02 5.1E + 02 0.0001 0.34 0.03 0.11
PBMC + BTP2 1.6E + 02 2.0E + 02 3.3E + 02 2.6E + 02 2.3E + 02 1.9E + 02 2.8E + 02
PBMC + PHA 5.0E + 05 2.9E + 05 8.5E + 05 2.4E + 05 3.9E + 05 2.7E + 05 5.9E + 05
PBMC + PHA + BTP2 1.9E + 05 1.3E + 04 3.3E + 05 1.1E + 04 1.0E + 05 1.3E + 04 2.3E + 05
CXCL9 PBMC 1.7E + 04 1.8E + 04 2.3E + 04 1.4E + 04 1.8E + 04 1.6E + 04 1.9E + 04 < 0.0001 0.03 0.03 > 0.99
PBMC + BTP2 1.1E + 03 1.3E + 03 2.7E + 02 3.1E + 02 6.9E + 02 3.0E + 02 1.1E + 03
PBMC + PHA 1.7E + 06 1.7E + 06 2.8E + 06 1.2E + 06 1.7E + 06 1.5E + 06 2.0E + 06
PBMC + PHA + BTP2 2.9E + 06 2.3E + 05 4.1E + 06 3.6E + 05 1.7E + 06 3.3E + 05 3.2E + 06
CXCL10 PBMC 3.4E + 03 1.2E + 04 1.8E + 04 1.5E + 04 1.3E + 04 9.5E + 03 1.6E + 04 0.0009 0.69 0.03 0.89
PBMC + BTP2 5.3E + 02 1.6E + 04 1.3E + 04 6.1E + 03 9.6E + 03 4.7E + 03 1.4E + 04
PBMC + PHA 7.8E + 04 2.2E + 05 1.3E + 06 3.1E + 05 2.7E + 05 1.8E + 05 5.5E + 05
PBMC + PHA + BTP2 2.7E + 05 3.2E + 04 2.9E + 06 1.4E + 05 2.1E + 05 1.1E + 05 9.4E + 05
CXCR3 PBMC 3.5E + 04 1.2E + 05 1.7E + 05 6.8E + 04 9.4E + 04 5.9E + 04 1.3E + 05 0.78 0.89 0.69 0.49
PBMC + BTP2 2.7E + 04 2.3E + 05 1.2E + 05 6.6E + 04 9.1E + 04 5.6E + 04 1.5E + 05
PBMC + PHA 6.6E + 04 2.7E + 05 1.5E + 05 8.5E + 04 1.1E + 05 8.0E + 04 1.8E + 05
PBMC + PHA + BTP2 6.7E + 04 9.4E + 04 8.7E + 04 4.7E + 04 7.7E + 04 6.2E + 04 8.9E + 04
PRF1 PBMC 1.8E + 05 6.3E + 04 1.8E + 05 1.7E + 05 1.8E + 05 1.5E + 05 1.8E + 05 0.0007 0.69 0.03 0.49
PBMC + BTP2 1.2E + 05 1.2E + 05 1.2E + 05 1.8E + 05 1.2E + 05 1.2E + 05 1.4E + 05
PBMC + PHA 5.9E + 05 8.7E + 05 6.7E + 05 4.4E + 05 6.3E + 05 5.5E + 05 7.2E + 05
PBMC + PHA + BTP2 7.9E + 05 4.0E + 05 6.1E + 05 3.9E + 05 5.0E + 05 3.9E + 05 6.6E + 05
GZMB PBMC 8.3E + 04 2.8E + 04 5.9E + 04 4.8E + 04 5.3E + 04 4.3E + 04 6.5E + 04 < 0.0001 0.34 0.03 0.03
PBMC + BTP2 5.9E + 04 4.5E + 04 2.7E + 04 3.8E + 04 4.1E + 04 3.5E + 04 4.9E + 04
PBMC + PHA 2.2E + 06 3.1E + 06 4.0E + 06 1.6E + 06 2.7E + 06 2.1E + 06 3.3E + 06
PBMC + PHA + BTP2 1.3E + 06 4.5E + 05 3.3E + 05 2.9E + 05 3.9E + 05 3.2E + 05 6.7E + 05
TGFB1 PBMC 2.7E + 05 2.8E + 05 3.9E + 05 2.3E + 05 2.7E + 05 2.6E + 05 3.1E + 05 0.04 0.49 0.06 >0.99
PBMC + 1.9E 5.1E 2.7E 2.2E 2.4E + 2.1E 3.3E
BTP2 + 05 + 05 + 05 + 05 05 + 05 + 05
PBMC + PHA 5.0E + 05 8.2E + 05 5.6E + 05 3.0E + 05 5.3E + 05 4.5E + 05 6.3E + 05
PBMC + PHA + BTP2 7.0E + 05 4.3E + 05 6.4E + 05 3.4E + 05 5.4E + 05 4.1E + 05 6.6E + 05
IL10 PBMC 2.2E + 03 7.9E + 03 8.8E + 03 9.6E + 03 8.4E + 03 6.5E + 03 9.0E + 03 0.0009 0.89 0.03 0.69
PBMC + BTP2 1.3E + 03 2.5E + 04 6.0E + 03 1.2E + 04 9.2E + 03 4.8E + 03 1.6E + 04
PBMC + PHA 1.7E + 05 1.4E + 05 1.2E + 05 5.2E + 04 1.3E + 05 1.0E + 05 1.5E + 05
PBMC + PHA + BTP2 6.9E + 04 1.7E + 05 2.5E + 04 8.1E + 04 7.5E + 04 5.8E + 04 1.0E + 05
FOXP3 PBMC 1.4E + 04 8.2E + 03 8.0E + 03 7.8E + 03 8.1E + 03 7.9E + 03 9.7E + 03 0.0012 0.69 0.03 0.11
PBMC + BTP2 3.7E + 03 8.7E + 03 4.7E + 03 9.2E + 03 6.7E + 03 4.4E + 03 8.9E + 03
PBMC + PHA 4.4E + 04 8.1E + 04 2.5E + 04 4.5E + 04 4.4E + 04 3.9E + 04 5.4E + 04
PBMC + PHA + BTP2 3.3E + 04 1.3E + 04 1.2E + 04 2.7E + 04 2.0E + 04 1.3E + 04 2.9E + 04
CTLA4 PBMC 2.9E + 03 1.0E + 04 1.5E + 04 1.4E + 04 1.2E + 04 8.2E + 03 1.4E + 04 0.0004 0.89 0.03 0.20
PBMC + BTP2 2.1E + 03 1.8E + 04 7.1E + 03 1.2E + 04 9.3E + 03 5.9E + 03 1.3E + 04
PBMC + PHA 3.4E + 04 2.9E + 05 1.7E + 05 1.8E + 05 1.8E + 05 1.4E + 05 2.1E + 05
PBMC + PHA + BTP2 3.0E + 04 1.4E + 05 1.4E + 05 1.3E + 05 1.3E + 05 1.0E + 05 1.4E + 05

Peripheral blood mononuclear cells (PBMC, 1x106 cells/ml of RPMI 1640+ 5% heat inactivated fetal bovine serum) were incubated without BTP2 or PHA (PBMC), with 1000 nM BTP2 (PBMC + BTP2), with 2 μg/ml PHA (PBMC + PHA), or with 1000 nM BTP2 + 2 μg/ml PHA (PBMC + PHA + BTP2) for 16 hours at 37°C in 95% air and 5% CO2 atmosphere. At the end of incubation, total RNA was isolated from PBMC, reverse transcribed to cDNA and absolute copy number of mRNA was quantified using the preamplification enhanced RT-qPCR assay. The sequence and location of the oligonucleotide primers and gene specific TaqMan probes designed at the Weill Cornell Medicine Gene Expression Monitoring Core, NY to quantify transcripts are listed in Supplementary Table S5. Absolute copy number of 18S rRNA per microgram of total RNA and absolute copy number of mRNA per microgram of total RNA from each experimental condition and from the four consecutive experiments are shown along with the median and 25th and 75th percentile copy numbers.

†

P values calculated using Kruskal-Wallis test of no differences in mRNA copy number (dependent variable) among the PBMC incubated without BTP2 or PHA, PBMC incubated with 1000 nM BTP2, PBMC incubated with 2 μg/ml PHA or PBMC incubated with 1000 nM BTP2+ 2 μg/ml PHA groups.

‡

P values calculated using Mann-Whitney test of no difference between two groups.