Table 4.
The composition of amino acids in CRF07_BC HIV-1 gp120 V3 loop.
| The composition of amino acids in CRF07_BC HIV-1 gp120 V3 loop / % | ||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CCR5-using (sequences = 163) | Amino acid | CXCR4-using (sequences = 7) | ||||||||||||||||||||||||||||
| 100.0 | C | 1 | C | 100.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| 0.6 | L | 1.2 | V | 1.8 | A | 11.7 | I | 84.7 | T | 2 | T | 85.7 | A | 14.3 | ||||||||||||||||
| 0.6 | G | 99.4 | R | 3 | R | 100.0 | ||||||||||||||||||||||||
| 1.2 | L | 1.8 | T | 97.0 | P | 4 | P | 100.0 | ||||||||||||||||||||||
| 0.6 | C | 1.2 | D | 1.2 | A | 8.0 | S | 36.8 | G | 52.2 | N | 5 | S | 85.7 | G | 14.3 | ||||||||||||||
| 100.0 | N | 6 | N | 85.7 | D | 14.3 | ||||||||||||||||||||||||
| 100.0 | N | 7 | N | 100.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| 0.6 | A | 99.4 | T | 8 | T | 85.7 | I | 14.3 | ||||||||||||||||||||||
| 0.6 | S | 99.4 | R | 9 | R | 100.0 | ||||||||||||||||||||||||
| 2.5 | E | 3.7 | Q | 5.5 | T | 6.7 | R | 81.6 | K | 10 | T | 42.9 | K | 42.8 | Q | 14.3 | ||||||||||||||
| 1.8 | G | 98.2 | S | 11 | S | 57.1 | R | 28.6 | G | 14.3 | ||||||||||||||||||||
| 1.2 | M | 1.8 | T | 14.7 | V | 82.3 | I | 12 | V | 42.8 | I | 28.6 | T | 28.6 | ||||||||||||||||
| 0.6 | S | 0.6 | P | 1.2 | H | 2.5 | G | 95.1 | R | 13 | T | 28.6 | R | 28.6 | A | 14.3 | G | 14.3 | H | 14.3 | ||||||||||
| 1.2 | M | 98.8 | I | 14 | I | 71.4 | M | 28.6 | ||||||||||||||||||||||
| 100.0 | G | 15 | G | 100.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| 100.0 | P | 16 | P | 100.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| 100.0 | G | 17 | G | 100.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| 0.6 | K | 0.6 | R | 98.8 | Q | 18 | Q | 71.4 | R | 28.6 | ||||||||||||||||||||
| 1.2 | S | 1.2 | M | 1.2 | I | 1.8 | V | 10.4 | A | 84.2 | T | 19 | V | 71.4 | A | 14.3 | T | 14.3 | ||||||||||||
| 1.2 | L | 4.3 | I | 94.5 | F | 20 | F | 71.4 | I | 28.6 | ||||||||||||||||||||
| 3.7 | F | 96.3 | Y | 21 | Y | 100.0 | ||||||||||||||||||||||||
| 1.2 | T | 2.5 | R | 96.3 | A | 22 | R | 28.6 | A | 28.6 | K | 28.5 | S | 14.3 | ||||||||||||||||
| 0.6 | S | 0.6 | Q | 0.6 | P | 0.6 | I | 0.6 | A | 1.2 | R | 1.2 | H | 1.8 | Y | 1.8 | M | 91.0 | T | 23 | T | 85.7 | R | 14.3 | ||||||
| 0.6 | E | 0.6 | K | 98.8 | G | 24 | G | 85.7 | K | 14.3 | ||||||||||||||||||||
| 0.6 | V | 0.6 | T | 0.6 | S | 0.6 | R | 3.7 | Q | 5.5 | A | 8.6 | G | 25.8 | E | 54.0 | D | 25 | E | 42.9 | D | 28.6 | A | 14.3 | Q | 14.3 | ||||
| 7.4 | V | 92.6 | I | 26 | I | 100.0 | ||||||||||||||||||||||||
| 1.8 | V | 3.1 | T | 95.1 | I | 27 | I | 85.7 | V | 14.3 | ||||||||||||||||||||
| 100.0 | G | 28 | G | 100.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| 0.6 | E | 16.0 | N | 83.4 | D | 29 | D | 100.0 | ||||||||||||||||||||||
| 1.2 | P | 98.8 | I | 30 | I | 100.0 | ||||||||||||||||||||||||
| 0.6 | K | 99.4 | R | 31 | R | 100.0 | ||||||||||||||||||||||||
| 0.6 | Y | 0.6 | S | 0.6 | G | 1.2 | N | 1.2 | H | 1.8 | L | 3.7 | E | 5.5 | K | 6.7 | R | 78.1 | Q | 32 | K | 57.1 | Q | 28.6 | N | 14.3 | ||||
| 100.0 | A | 33 | A | 100.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| 1.2 | F | 21.5 | Y | 77.3 | H | 34 | H | 57.1 | Y | 28.6 | S | 14.3 | ||||||||||||||||||
| 100.0 | C | 35 | C | 100.0 | ||||||||||||||||||||||||||
Abbreviations: A, alanine; C, cysteine; D, aspartic acid; E, glutamic acid; F, phenylalanine; G, glycine; H, histidine; I, isoleucine; K, lysine; L, leucine; M, methionine; N, asparagine; P, proline; Q, glutamine; R, arginine; S, serine; T, threonine; V, valine; Y, tyrosine. The colors indicate different percentage of amino acids. The lower the percentage of amino acid, lighter the color.