Table 2.
Demographics of the 364 test set individuals (according to cancer type and stage) from the Cohen et al. dataset to assess all cancer versus cancer-free using the DEcancer pipeline
| Cancer-free (n = 163) | Lung (n = 20) | Breast (n = 42) | Colorectum (n = 78) | Esophagus (n = 9) | Liver (n = 9) | Ovary (n = 11) | Pancreas (n = 19) | Stomach (n = 13) | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Number of males, n (%) | 80 (49) | 15 (75) | 1 (2) | 38 (49) | 8 (1) | 5 (56) | 0 (0) | 14 (74) | 13 (100) |
| Mean (standard deviation) age, years | 49 (21) | 66 (9) | 60 (13) | 62 (14) | 54 (12) | 56 (15) | 67 (9) | 67 (9) | 69 (13) |
| Number of each stage of cancer, n (%) | |||||||||
| Stage 1 | N/A | 9 (45) | 6 (14) | 16 (21) | 1 (11) | 1 (11) | 2 (18) | 1 (5) | 4 (21) |
| Stage 2 | N/A | 5 (25) | 23 (55) | 38 (49) | 6 (67) | 4 (44) | 1 (9) | 17 (89) | 6 (46) |
| Stage 3 | N/A | 6 (30) | 13 (31) | 24 (31) | 2 (22) | 4 (44) | 8 (73) | 1 (5) | 3 (23) |
| Number of each ethnicity, n (%) | |||||||||
| Asian | 3 (2) | 1 (5) | 15 (36) | 29 (37) | 7 (78) | 6 (67) | 1 (9) | 1 (5) | 5 (38) |
| Black | 34 (21) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (1) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (9) | 0 (0) | 0 (0) |
| Caucasian | 70 (43) | 19 (95) | 27 (64) | 47 (60) | 2 (22) | 2 (22) | 8 (73) | 18 (95) | 7 (54) |
| Hispanic | 13 (8) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| Other | 43 (26) | 0 (0) | 0 (0) | 1 (1) | 0 (0) | 1 (11) | 1 (9) | 0 (0) | 1 (8) |
| Number of each molecular subtype, n (%) | |||||||||
| Not applicable | N/A | 6 (30) | 19 (45) | 0 (0) | 1 (11) | 6 (67) | 10 (91) | 14 (74) | 5 (38) |
| AKT1 | N/A | 0 (0) | 2 (5) | 6 (8) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| APC | N/A | 0 (0) | 0 (0) | 5 (6) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| BRAF | N/A | 0 (0) | 0 (0) | 1 (1) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| CTNNB1 | N/A | 0 (0) | 0 (0) | 2 (3) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| FBXW7 | N/A | 0 (0) | 0 (0) | 1 (1) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| GNAS | N/A | 0 (0) | 0 (0) | 9 (12) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| KRAS | N/A | 4 (20) | 0 (0) | 7 (9) | 0 (0) | 1 (11) | 0 (0) | 2 (11) | 0 (0) |
| PIK3CA | N/A | 0 (0) | 8 (19) | 3 (4) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| PTEN | N/A | 0 (0) | 0 (0) | 2 (3) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) | 0 (0) |
| TP53 | N/A | 10 (5) | 13 (31) | 42 (54) | 8 (89) | 2 (22) | 1 (9) | 3 (16) | 8 (62) |
The test includes patients with one of 8 cancer locations and cancer-free individuals.