TABLE 5.

Relative abundance of transcripts under various conditions of HSV-1 infection of HeLa cells

Cell transcript	Ratio, infected cell/uninfected cell transcript abundancea
	0 h p.i.	2 h p.i.	6 h p.i., KOS	8 h p.i.	6 h p.i., 27lacZ
ATF3	2.23	1.66	2.09	1.71	1.80
CCNA cyclinA	1.60	0.37	0.23	0.22	1.55
CvDC25A	1.61	0.32	0.32	0.38	1.07
CvDC25B	1.44	0.39	0.18	0.28	1.98
CYCLIN B	2.07	0.33	0.21	0.39	1.47
CYCLIND1	2.62	0.11	0.13	0.19	0.97
E2F1	1.70	0.33	0.24	0.24	1.23
E2F2	1.80	0.90	1.50	0.37	1.90
E2F5	2.38	0.30	0.41	0.45	2.05
ELK	1.85	0.34	0.46	0.38	2.05
FAS-1A	1.63	0.24	0.29	0.25	1.56
FAS-2	2.23	0.37	0.45	0.41	1.77
FOS	1.64	0.16	0.21	0.32	1.21
FRA1	3.01	0.31	0.55	0.41	1.51
IL6	1.72	0.11	0.10	0.20	0.85
INF α/β	2.08	3.06	1.73	2.30	7.62
INT6	3.11	0.21	0.47	0.43	2.17
IRF1	2.14	0.25	0.88	0.37	1.87
ISG 54K E1	1.94	1.69	1.29	0.65	2.89
ISG 54K E2	1.76	0.30	0.33	0.32	2.71
ISG F3g p48	2.11	0.44	1.16	0.62	2.32
JAK3	2.55	0.46	0.85	0.56	1.78
JNK	1.95	0.26	0.43	0.82	1.77
JUN B	2.55	0.39	0.54	0.62	2.30
JUNBta	2.30	0.44	0.58	0.60	4.09
JUNC	2.36	0.60	2.13	1.71	0.65
JUND	2.08	0.20	0.26	0.22	2.96
MAPK	2.20	0.25	0.36	0.35	1.64
MBP-2	1.57	0.46	0.64	0.33	1.99
MHC-1	2.23	0.47	0.43	0.30	1.55
MHC-2	1.31	0.60	0.25	0.45	0.69
mlkBa	2.83	0.21	0.72	0.51	1.92
NFAT1	1.90	0.28	0.33	0.59	1.73
NF-Y	1.61	0.15	0.16	0.27	1.25
NF-YB	1.80	0.13	0.18	0.26	1.27
N-SHC	1.16	1.67	1.00	3.03	2.56
p107	1.98	0.87	1.07	0.88	1.49
p130 HSP130K	1.90	0.14	0.12	0.21	0.99
p15	2.28	0.37	0.44	0.34	2.72
p16	2.80	0.16	0.46	0.39	2.40
p18	1.88	0.45	0.70	0.51	1.38
p19	1.90	0.19	0.33	0.53	1.52
p21 (PAK1)	2.00	0.39	1.19	0.71	2.31
p27	1.70	0.13	0.28	0.12	4.11
p300	2.47	0.27	0.27	0.12	1.22
p38 (RPP38)	2.18	0.28	0.32	0.45	1.88
p53	2.22	0.18	0.26	0.27	1.41
p65NFkB	2.36	1.26	1.27	0.90	2.26
RARa1	1.33	0.14	0.15	0.24	1.36
RARb	1.72	0.12	0.13	0.20	0.66
RXRb	1.70	0.45	0.22	0.24	1.21
SRF	2.19	0.50	0.92	0.98	2.59
STAT2	2.43	0.22	0.56	0.83	2.40
STAT5	1.85	1.33	2.79	1.29	2.06
STAT6	2.35	0.29	0.43	0.63	1.96
TAP1	1.84	1.78	4.72	0.99	3.12
UNG	1.94	0.13	0.10	0.17	1.01

^aBased on at least two separate experiments.