Skip to main content
. 2023 Jun 30;39(Suppl 1):i534–i543. doi: 10.1093/bioinformatics/btad219

Table 4.

Query time in average nanoseconds per k-mer.

Method k Yeast
Elegans
Cod
Kestrel
Human
stream random stream random stream random stream random stream random
LPHash 31 29 110 40 118 79 144 84 145 107 162
35 28 125 35 124 65 147 69 149 90 166
39 27 130 32 131 60 149 63 153 82 166
43 25 137 30 135 52 152 54 155 73 169
47 24 145 28 143 47 155 49 159 69 172
51 24 152 28 150 45 159 46 162 63 174
55 23 157 26 157 41 165 42 167 59 176
59 23 165 25 165 39 171 39 173 57 182
63 22 174 24 172 37 180 37 179 53 188

PTHash-v1 24 46 67 72 72
PTHash-v2 38 64 130 155 175
BBHash-v1 42 118 170 175 175
BBHash-v2 42 125 180 190 190