Table 2.

Genes identified by VBASS but not extTADA. dn_LGD, de novo LGD variants; dn_Dmis, de novo Dmis variants.

Gene symbol	dn_LGD	dn_Dmis	VBASS FDR	Expression rank	extTADA FDR
CHD4	0	3	0.033	0.990	0.119
FRYL	2	0	0.036	0.837	0.123
GANAB	1	1	0.039	0.934	0.133
SETD5	1	1	0.043	0.949	0.138
FLT4	2	0	0.047	0.734	0.102
CAD	0	3	0.051	0.853	0.161
MINK1	0	2	0.054	0.875	0.144
ANK3	2	0	0.062	0.948	0.177
SLIT3	1	1	0.066	0.860	0.183
KMT2C	1	2	0.069	0.792	0.188
IQGAP1	0	2	0.073	0.856	0.172
TSC1	1	1	0.080	0.728	0.110
KDM5A	0	2	0.084	0.859	0.194
FBN1	0	3	0.089	0.928	0.212