Table 5.

R2 score on raw count datasets

Dataset	raw${}^{\ast }$	SIMLR	ZINB-WaVE	scImpute	DrImpute	SAVER	MAGIC	NE	scVI	DCA	scScope	SAUCIE
ILC	$-$0.01	0.31	$-$0.01	0.20	0.52	$-$0.01	0.42	0.58	$-$1.35	0.71	$-$0.01	0.45
HCC	$-$0.09	0.22	$-$0.05	$-$9.07	0.54	$-$0.09	0.35	0.61	$-$3.79	0.76	$-$0.09	0.46
CRC	$-$0.07	0.13	$-$0.04	$-$3.74	0.59	$-$0.07	0.31	0.65	0.73	0.77	0.40	0.38
NSCLC	$-$0.07	0.11	$-$0.04	$-$5.51	0.56	$-$0.07	0.31	0.59	$-$0.02	0.77	0.37	0.38
PBMC	$-$0.22	0.18	$-$0.24	$-$2.93	0.70	0.00	0.64	0.73	0.82	0.80	0.55	0.63
BCC	$-$0.05	0.14	$-$1.92	$-$	$-$	$-$0.03	0.09	0.35	0.20	0.22	0.11	0.13
ITC	$-$0.11	0.05	$-$0.17	0.16	0.81	0.04	0.95	0.82	0.67	0.85	$-$0.08	0.28
DC.human	$-$0.07	0.23	$-$0.07	$-$0.05	0.90	0.02	0.96	0.87	0.81	0.94	$-$0.04	0.55
DC.mouse	$-$0.06	0.23	$-$0.06	$-$1.23	0.75	0.00	0.94	0.78	0.80	0.90	0.97	0.61
Melanoma.1	$-$0.06	0.23	$-$0.09	$-$12.01	0.48	$-$0.01	0.48	0.67	0.65	0.65	0.01	0.44
Sim1	$-$0.14	0.24	$-$0.71	0.60	0.84	$-$0.13	0.82	0.77	$-$773	0.96	0.96	0.74
Sim2	$-$0.19	0.22	$-$0.57	0.59	0.84	$-$0.18	0.82	0.80	$-$99.2	0.96	0.80	0.79
Sim3	$-$0.25	0.16	$-$0.41	0.52	0.81	$-$0.24	0.80	0.75	$-$1.99	0.93	0.76	0.75
Sim4	$-$0.48	$-$0.02	$-$0.46	$-$0.10	0.74	$-$0.48	0.71	0.46	0.47	0.91	0.91	0.53

${}^{\ast }$ ’raw’ indicates data before imputation

${}^{\ast \ast }$ ’-’ means a method failed to finish imputation