Table 3.
Heatmap of the number and percentage of each geographical strain that exhibited SNPs in genes with virulence, growth or cell wall functionality, when compared to the BCG-Pasteur 1173 P2 reference genome
|
Early |
Late |
||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
Gene |
SNP |
Russia |
Japan |
Danish |
Prague |
Glaxo |
Pasteur |
|
Mb0107 |
p.Glu189Gly |
1 (100 %) |
1 (13 %) |
0 (0 %) |
0 (0 %) |
0 (0 %) |
1 (20 %) |
|
tcrY |
p.Pro379Pro |
0 (0 %) |
2 (25 %) |
2 (29 %) |
0 (0 %) |
1 (50 %) |
3 (60 %) |
|
pepN |
p.Met18Ile |
1 (100 %) |
7 (88 %) |
7 (100 %) |
1 (100 %) |
2 (100 %) |
2 (40 %) |
|
sigK |
p.Ile1Met |
1 (100 %) |
8 (100 %) |
0 (0 %) |
0 (0 %) |
0 (0 %) |
1 (20 %) |
|
pcaA |
p.Thr154Pro |
1 (100 %) |
5 (63 %) |
0 (0 %) |
0 (0 %) |
0 (0 %) |
1 (20 %) |
|
mmaA3 |
p.Asp98Gly |
0 (0 %) |
8 (100 %) |
0 (0 %) |
0 (0 %) |
0 (0 %) |
1 (20 %) |
|
eccC5 |
p.Met647Ile |
0 (0 %) |
5 (63 %) |
0 (0 %) |
0 (0 %) |
0 (0 %) |
0 (0 %) |
|
eccC5 |
p.Val692Ala |
1 (100 %) |
8 (100 %) |
0 (0 %) |
0 (0 %) |
0 (0 %) |
1 (20 %) |
|
BCG_RS09420-BCG_RS09425 |
. |
0 (0 %) |
7 (88 %) |
0 (0 %) |
0 (0 %) |
0 (0 %) |
1 (20 %) |
|
Mb2278c |
p.Ala93Ala |
0 (0 %) |
7 (88 %) |
0 (0 %) |
0 (0 %) |
0 (0 %) |
1 (20 %) |
|
Mb3159 |
p.Lys213Glu |
1 (100 %) |
7 (88 %) |
0 (0 %) |
0 (0 %) |
0 (0 %) |
1 (20 %) |
|
carD |
p.His13Arg |
0 (0 %) |
6 (75 %) |
0 (0 %) |
0 (0 %) |
0 (0 %) |
1 (20 %) |
|
BCG_RS16215 |
p.Ser14Leu |
0 (0 %) |
0 (0 %) |
6 (86 %) |
0 (0 %) |
2 (100 %) |
0 (0 %) |