Table 2.
Distribution of C. jejuni (on the left) and C. coli (on the right) strains according to the sources, Sequence type (ST) and Clonal Complexes (CC).
| Campylobacter jejuni | Campylobacter coli | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CC | ST | Cattle | Sheep | Poultry | River | Total | CC | ST | Pig | Sheep | Poultry | River | Total | |
| 21 | 19 | 14 | 7 | 1 | 1 | 23 | 828 | 825 | 2 | 3 | 2 | 7 | ||
| 21 | 8 | 5 | 3 | 16 | 828 | 2 | 2 | |||||||
| 50 | 2 | 2 | 829 | 1 | 1 | |||||||||
| 53 | 1 | 1 | 832 | 2 | 2 | |||||||||
| 22 | 22 | 3 | 3 | 854 | 15 | 3 | 4 | 22 | ||||||
| 42 | 42 | 7 | 7 | 860 | 2 | 2 | ||||||||
| 9760 | 2 | 2 | 890 | 1 | 1 | 2 | ||||||||
| 45 | 11 | 2 | 2 | 899 | 1 | 1 | ||||||||
| 45 | 3 | 1 | 3 | 7 | 1016 | 2 | 1 | 3 | ||||||
| 137 | 1 | 1 | 2 | 1061 | 1 | 1 | ||||||||
| 583 | 1 | 1 | 1096 | 2 | 2 | 4 | ||||||||
| 1701 | 1 | 1 | 1103 | 1 | 1 | |||||||||
| 6076 | 1 | 1 | 1107 | 4 | 4 | |||||||||
| 48 | 38 | 5 | 1 | 6 | 1142 | 1 | 1 | |||||||
| 48 | 1 | 1 | 1413 | 2 | 2 | |||||||||
| 52 | 52 | 5 | 5 | 1436 | 1 | 1 | ||||||||
| 61 | 61 | 9 | 9 | 1545 | 1 | 1 | ||||||||
| 179 | 6421 | 1 | 1 | 1556 | 2 | 2 | ||||||||
| 257 | 257 | 4 | 1 | 5 | 1583 | 1 | 1 | |||||||
| 824 | 1 | 1 | 1590 | 2 | 2 | |||||||||
| 2254 | 1 | 1 | 1834 | 2 | 2 | |||||||||
| 283 | 267 | 1 | 1 | 2183 | 1 | 1 | ||||||||
| 353 | 356 | 1 | 1 | 2642 | 1 | 1 | ||||||||
| 400 | 1 | 1 | 2699 | 2 | 8 | 1 | 11 | |||||||
| 2641 | 1 | 1 | 2733 | 1 | 1 | |||||||||
| 354 | 324 | 1 | 1 | 2741 | 2 | 2 | ||||||||
| 354 | 5 | 5 | 4044 | 1 | 1 | |||||||||
| 443 | 51 | 1 | 1 | 4086 | 1 | 1 | ||||||||
| 443 | 2 | 2 | 5306 | 2 | 2 | |||||||||
| 859 | 1 | 1 | 5959 | 1 | 1 | |||||||||
| 446 | 450 | 1 | 1 | 6538 | 1 | 1 | ||||||||
| 464 | 464 | 2 | 2 | 6688 | 1 | 1 | ||||||||
| 574 | 305 | 1 | 1 | 7168 | 1 | 1 | ||||||||
| 607 | 863 | 1 | 1 | 7285 | 1 | 1 | ||||||||
| 658 | 658 | 1 | 1 | 7286 | 1 | 1 | ||||||||
| 1044 | 1 | 1 | 7288 | 1 | 1 | |||||||||
| 952 | 7834 | 1 | 1 | 7289 | 1 | 1 | ||||||||
| 1275 | 3629 | 1 | 1 | 7292 | 1 | 1 | ||||||||
| NA | 586 | 1 | 1 | 7336 | 1 | 1 | ||||||||
| 1409 | 3 | 3 | 9631 | 1 | 1 | |||||||||
| 2274 | 1 | 1 | 9703 | 1 | 1 | |||||||||
| 2324 | 3 | 3 | 9704 | 1 | 1 | |||||||||
| 3766 | 1 | 1 | 9706 | 1 | 1 | |||||||||
| 4282 | 1 | 1 | NA | 1143 | 1 | 1 | ||||||||
| 4490 | 2 | 2 | 1450 | 1 | 1 | |||||||||
| 5053 | 1 | 1 | 1470 | 1 | 1 | |||||||||
| 5210 | 2 | 2 | 1577 | 1 | 1 | |||||||||
| 9632 | 2 | 2 | 1584 | 1 | 1 | |||||||||
| 9633 | 1 | 1 | 1764 | 2 | 2 | |||||||||
| Total | 61 | 27 | 36 | 14 | 138 | 1766 | 3 | 3 | ||||||
| ID | 0.89 | 0.84 | 0.97 | 0.95 | 0.94 | 1981 | 1 | 1 | ||||||
| 95% CI | 0.86–0.93 | 0.80–0.89 | 0.96–0.99 | 0.89–1.02 | 0.93–0.97 | 1990 | 1 | 1 | ||||||
| 1991 | 2 | 2 | ||||||||||||
| 1991 | 2 | 2 | ||||||||||||
| 4951 | 1 | 1 | ||||||||||||
| 5150 | 1 | 1 | ||||||||||||
| 7284 | 1 | 1 | ||||||||||||
| 8487 | 1 | 1 | ||||||||||||
| 9629 | 1 | 1 | ||||||||||||
| 9630 | 1 | 1 | ||||||||||||
| 9705 | 1 | 1 | ||||||||||||
| 9707 | 1 | 1 | ||||||||||||
| 9708 | 1 | 1 | ||||||||||||
| 9709 | 1 | 1 | ||||||||||||
| 9758 | 1 | 1 | ||||||||||||
| 9759 | 1 | 1 | ||||||||||||
| 9946 | 1 | 1 | ||||||||||||
| Total | 60 | 15 | 29 | 21 | 125 | |||||||||
| ID | 0.93 | 0.67 | 0.97 | 0.98 | 0.96 | |||||||||
| 95% CI | 0.88–0.98 | 0.49–0.86 | 0.95–1.00 | 0.95–1.01 | 0.93–0.98 | |||||||||