Table 1.
Peptide spectrum counts showing proteins that specifically bind to the five fSNPs on the HLA-DQA1/DRB1 locus. Each SNP was performed in duplicate.
| Gene name | rs9271198 | rs9271200 | rs9281945 | rs9271243 | rs9271247 | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| repeat1 | repeat2 | repeat1 | repeat2 | repeat1 | repeat2 | repeat1 | repeat2 | repeat1 | repeat2 | |
| GATA2 | 8 | 14 | 1 | 1 | ||||||
| GATA3 | 5 | 8 | ||||||||
| DLX6 | 4 | 5 | ||||||||
| HOXD9 | 2 | 2 | ||||||||
| PRRX2 | 3 | 3 | ||||||||
| TEAD1 | 2 | 1 | ||||||||
| E9PSI1 | 1 | 2 | ||||||||
| RPS9 | 2 | 1 | ||||||||
| ELAVL1 | 1 | 1 | 5 | 2 | ||||||
| HNRNPA0 | 3 | 5 | 5 | 7 | ||||||
| TCOF1 | 8 | 6 | 22 | 15 | ||||||
| PCBP1 | 2 | 2 | 6 | 1 | ||||||
| SRP14 | 2 | 2 | 5 | 5 | ||||||
| NOLC1 | 3 | 3 | 6 | 6 | ||||||
| HNRNPK | 1 | 1 | 2 | 5 | 5 | 4 | ||||
| ILF2 | 1 | 0 | 9 | 9 | ||||||
| ILF3 | 17 | 16 | ||||||||
| DHX9 | 25 | 8 | ||||||||
| TMPO | 3 | 1 | ||||||||
| HNRNPR | 3 | 2 | ||||||||
| ASH2L | 6 | 2 | ||||||||
| LRP2 | 1 | 3 | ||||||||
| POLDIP3 | 1 | 2 | 5 | 4 | 2 | 2 | ||||
| PRPF19 | 1 | 1 | 6 | 4 | 2 | 2 | ||||
| ADAR | 3 | 5 | ||||||||
| TOP2A | 6 | 5 | ||||||||
| HNRNPC | 8 | 7 | 3 | 3 | ||||||
| PTBP1 | 3 | 1 | ||||||||
| DEK | 7 | 10 | 5 | 1 | 7 | 8 | ||||
| ZNF638 | 1 | 2 | ||||||||
| MATR3 | 10 | 3 | ||||||||
| RECQL | 5 | 4 | ||||||||
| NFIB | 3 | 8 | 30 | 31 | ||||||
| NFIC | 1 | 4 | 20 | 25 | ||||||
| NFIX | 8 | 6 | ||||||||
| NFIA | 7 | 7 | ||||||||
| U2AF1 | 4 | 4 | ||||||||
| KHDRBS1 | 5 | 3 | 1 | 1 | ||||||
| SSBP1 | 2 | 3 | ||||||||
| HNRNPH1 | 1 | 2 | ||||||||
| CUX1 | 48 | 50 | ||||||||