Skip to main content
. Author manuscript; available in PMC: 2024 Dec 1.
Published in final edited form as: Clin Chest Med. 2023 Sep 21;44(4):675–721. doi: 10.1016/j.ccm.2023.08.012

Table 3:

NTM isolations from respiratory specimen (I) and NTM pulmonary disease (D) by species and region

North America

Location (dates) N Most Common Species (%)

Canada

Ontario, Canada (1998–2010)131 I: 2631 MAC (50.5) M. xenopi (21.6) M. gordonae (12.8) M. fortuitum (5.0) M. abscessus (2.2)
M. chelonae (1.5)

Toronto, Ontario, Canada (2003–2019)60 D: 252 M. avium (87.3) M. xenopi (12.7) - - -

United States

Florida (2011–2017)56 I: 396 M. abscessus subsp. abscessus (31.8), M. abscessus subsp. bolletii (<1) M. abscessus subsp. massiliense (4.5)
M. chelonae (1.8)
M. gordonae (18.7) M. avium (1.6)
M. chimaera (4.7)
M. intracellulare (1.8)
M. kansasii (4.7) M. szulgai (3.9)

Hawaii (2005–2013)52 455 (I: 201, D: 254+) MAC (63.7) M. fortuitum (24.0) M. abscessus (19.1) - -

Hawaii (2005–2019)53 I: 739 MAC (69) M. fortuitum group (24) M. abscessus (21) M. kansasii (2) -

Illinois, U.S. (2000–2012)135 I: 448 M. avium (54)
M. chimera (28)
M. intracellulare (18)
- - - -

Iowa (1996–2017)136 D: 185 MAC (68.6) M. kansasii (8.1) M. abscessus (7.6)
M. chelonae (5.4)
M. fortuitum (2.2); M. xenopi (2.2) -

North Carolina (2006–2010)58 I: 750 MAC (50.9) M. gordonae (20.4) M. abscessus complex (13.6) M. fortuitum (5) M. mucogenicum (3.9)

Oregon (2007–2012)10 I: 806 M. avium/intracellulare complex (82.8) M. abscessus/chelonae complex (4.1)
M. chelonae (<1)
M. fortuitum complex (2.9) M. lentiflavum (1.0) M. kansasii (<1)
D: 1146+ M. avium/intracellulare complex (85.7) M. abscessus/chelonae complex (5.9)
M. chelonae (1.2)
M. kansasii (1.2) M. lentiflavum (1.0) M. fortuitum complex (<1)

U.S. (2009–2013)48 I: 487 MAC (77) M. abscessus/M. chelonae (9) M. kansasii (6) M. fortuitum (5) -

US-Affiliated Pacific Island Jurisdictions (2007–2011)54 I: 35 MAC (31.4) M. fortuitum (20.0) M. gordonae (14.3) M. abscessus/ chelonae (5.7); M. parascrofulace um/M. fortuitum (5.7) M. florentinum (2.9); M. kansasii (2.9); M. mucogenicum (2.9); M. paraffinicum (2.9); M. simiae (2.9); M. terrae (2.9)

Central and South America

Location (dates) N Most Common Species (%)

Ceará, Brazil (2005–2016)65 I: 42 M. abscessus (4.8); M. avium (4.8); M. fortuitum (4.8) M. kansasii (2.4); M. szulgai (2.4) - - -

French Guiana (2008–2018)61 I: 147 M. fortuitum (23)

M. avium (52)
M. avium (12)
M. intracellulare (17)
M. gordonae (5); M. scrofulaceum (5) M. abscessus (3); M. smegmatis (3) M. interjectum (2); M. kansasii (2)
D: 31 M. intracellulare (29) M. abscessus (16) M. genavense (3) - -

Mexico City, Mexico (2001–2017)62 D: 66 MAC (47) M. abscessus (27.3); M. fortuitum (27.3) M. kansasii (7.6); M. scrofulaceum (7.6) - -

Panama (2012–2014)66 I: 7 M. avium (57.1) M. haemophilum (28.6) M. tusciae (14.3) - -

Rio Grande do Sul, Brazil (2003–2013)63 D: 100 M. avium (26)
M. intracellulare (9)
M. kansasii (17) M. abscessus (12) M. fortuitum (4) M. gordonae (3)

São Paulo, Brazil (2011–2014)64 I: 2843 M. avium (18.3)
M. intracellulare (14.9)
M. kansasii (15.9) M. gordonae (13.2) M. fortuitum (10.9) M. abscessus (7.7)
M. chelonae (3.4)
D: 448+ M. kansasii (29.2) M. avium (20.8)
M. intracellulare (19.6)
M. abscessus (17.2)
M. chelonae (<1)
M. gordonae (4.5) M. fortuitum (3.6)

Uruguay (2006–2018)67 I: 255 M. avium (23.9)
M. intracellulare (33.7)
M. kansasii (8.2) M. gordonae (5.9) M. peregrinum (4.7) M. abscessus (1.2)
M. chelonae (3.1); M. fortuitum (3.1)

Europe

Location (dates) N Most Common Species (%)

Belgium (2015–2018)137 I: 264 M. avium (12.1)
M. chimaera/M. intracellulare (20.8)
M. abscessus (12.9)
M. chelonae (6.1)
M. gordonae (3.4) M. fortuitum (1.9); M. xenopi (1.9) M. paragordonae (1.5)

Belgium (2010–2017)138 I: 384 M. avium (25)
M. chimaera (4.4)
M. intracellulare (16.7)
M. marseillense (<1)
M. gordonae (14.6) M. xenopi (7.6) M. fortuitum (3.9) M. abscessus (3.1)
M. chelonae (2.9)
D: 165 M. avium (31.5)
M. chimaera (4.2)
M. intracellulare (24.8)
M. marseillense (<1)
M. xenopi (8.5) M. abscessus (6.7)
M. chelonae (<1)
M. kansasii (4.2) M. malmoense (3.6)

I: 1926 M. gordonae (42.6) M. xenopi (15.3) M. fortuitum (11.4) M. terrae (6.6) M. abscessus (2.1)

Croatia (2006–2015)139 D: 137 M. xenopi (39.4) M. avium (22.6)
M. chimaera (1.5)
M. intracellulare (14.6)
M. kansasii (5.8) M. abscessus (4.4) M. chelonae (5.0)

M. fortuitum (1.5); M. gordonae (1.5)

Czech Republic (2012–2018)81 I: 2176 M. xenopi (36.4) M. avium-intracellulare complex (17.7) M. gordonae (15.7) M. fortuitum (9.7) M. kansasii (6.2)
D: 303 M. avium-intracellulare complex (47.2) M. kansasii (23.8) M. xenopi (18.2) M. abscessus (1.3)
M. chelonae (2.3)
M. fortuitum (2); M. malmoense (2)

England, Wales and Northern Ireland (January 2007-July 2012)77 I: 16294 MAC (35.6) M. gordonae (16.7) M. abscessus (5.0)
M. chelonae (9.7)
M. fortuitum (8.2) M. kansasii (5.9); M. xenopi (5.9)

France (2002–2013)140 D: 92 M. avium (29.3)
M. intracellulare (29.3)
M. kansasii (17.4) M. xenopi (16.3) M. abscessus (2.2) M. fortuitum (1.1)

France (2009–2014)141 D: 477 M. avium (31.2)
M. intracellulare (28.1)
M. xenopi (19.7) M. kansasii (5.7) M. abscessus complex (3.8)
M. chelonae (<1)
M. fortuitum (2.7)

Germany (2006–2016) 142 I: 216 MAC (33.3) M. gordonae (23.6) M. xenopi (15.2) M. abscessus complex (9.3) -

Greece (January 2007-May 2013)84 I: 122 M. gordonae (13.9) M. avium (13.1)
M. intracellulare (9.8)
M. fortuitum (12.2) M. lentiflavum (4.9); M. peregrinum (4.9) M. abscessus (1.6)
M. chelonae (2.4); M. xenopi (2.4)
D: 12 M. avium (25)
M. intracellulare (25)
M. abscessus (8.3); M. fortuitum (8.3); M. gordonae (8.3); M. xenopi (8.3) - - -

Ireland (January 2007-July 2012)143 I: 37 M. avium (59.5)
M. intracellulare (10.8)
M. gordonae (10.8) M. abscessus (5.4)
M. chelonae (5.4); M. szulgai (5.4)
M. malmoense (2.7) -

The Netherlands (2008 – 2013)144 D: 63 M. avium (36.5)
M. chimera (4.8)
M. intracellulare (12.7)
M. malmoense (11.1) M. kansasii (9.5) M. abscessus (6.3) M. simiae (4.8)

Poland (2010–2015)145 I: 73 M. avium (22)
M. intracellulare (8); M. kansasii (22)
M. gordonae (19) M. xenopi (11) M. fortuitum (6) M. abscessus (3)
D: 36 M. kansasii (36) M. avium (28)
M. intracellulare (11)
M. xenopi (8) M. abscessus (6) M. gordonae (3)

Poland (2013–2017)146 I: 2799 M. kansasii (27.2) M. avium (22)
M. intracellulare (6.2)
M. xenopi (16) M. gordonae (14.5) M. fortuitum (5.9)

Portugal (2005–2014)147 I: 365 MAC (48.2) M. gordonae (13.7) M. peregrinum (11) M. abscessus (1.6)
M. chelonae (7.9)
M. kansasii (5.8)

Scotland (2000–2010)86 I: 933 MAC (44.8) M. malmoense (21.7) M. abscessus (13.7)
M. chelonae (2.6)
M. xenopi (4.5) M. kansasii (3.9)

Serbia (2009–2016)148 I: 296 M. gordonae (22.3) M. fortuitum (21.3) M. xenopi (13.5) M. peregrinum (12.2) MAC (9.8))
D: 83 MAC (30.1) M. xenopi (24.1) M. kansasii (18.1) - -

Serbia (2010–2015)74 I: 565 M. xenopi (17.3) M. gordonae (12.9) M. fortuitum (11.3) M. abscessus (4.6)
M. chelonae (4.1)
M. kansasii (4.2)
D: 126+ M. xenopi (28.6) M. abscessus (15.1)
M. chelonae (2.4)
M. kansasii (11.1) M. fortuitum (10.3) M. avium (7.9)
M. intracellulare (6.3)

Spain (1994–2014)75 I: 680 M. kansasii (28.5) MAC (20.4) M. xenopi (14.1) M. abscessus (2.5) -
D: 257** M. kansasii (59.9) MAC (26.1) M. xenopi (6.2) M. abscessus (4.3) -

Spain (1994–2015)76 (only RGM) I:116 M. fortuitum (45.7) M. abscessus (5.2)
M. chelonae (33.6)
M. mucogenicum (8.6) M. mageritense (1.7); M. peregrinum (1.7) -
D: 15 M. abscessus (40)
M. chelonae (26.7)
M. fortuitum (26.7) M. mucogenicum (6.7) - -

Spain (1997–2016)78 D: 327 M. kansasii (83.8) MAC (13.1) - - -

Spain (2007–2013)149 I: 156

D: 34+
MAC (64.1)

MAC (79.4)
M. gordonae (12.2)

M. genavense (8.8)
M. abscessus (1.9)
M. chelonae (8.3)

M. abscessus (2.9)
M. chelonae (5.9)
M. fortuitum (5.8)

M. malmoense (2.9); M. xenopi (2.9)
M. lentiflavum (4.5); M. scrofulaceum (4.5)

-

Spain (2013–2017)150 I: 314 M. avium (48.4)
M. intracellulare (16.6)
M. fortuitum (12.1) M. gordonae (8.0) M. lentiflavum (4.1) M. abscessus (<1)
M. chelonae (3.2)

Switzerland (2015–2020)151 I: 236 M. gordonae (24.6) M. avium (23.3)
M. chimera (3.4)
M. intracellulare (6.8)
M. xenopi (11.9) M. abscessus subsp. abscessus (6.4)
M. chelonae (4.2)
M. fortuitum (4.2)

The United Kingdom (2007–2014)152 I: 853 M. avium (21.2)
M. intracellulare (31.3)
M. gordonae (15.2) M. abscessus (8.4)
M. chelonae (8.4)
M. xenopi (7.9) M. malmoense (4.7)

Africa

Location (dates) N Most Common Species (%)

Botswana (Aug 2012–Nov 2014) (HIV–infected)89 I: 228 M. avium (2.2)
M. intracellulare (47.8)
M. gordonae (7) M. malmoense (3.9) M. simiae (3.5) M. asiaticum (2.6); M. fortuitum (2.6); M. scrofulaceum (2.6)

Ethiopia (2017)93 I: 35 M. simiae (42.9) M. abscessus complex (14.3) M. fortuitum (11.4) M. avium complex (5.7)
M. intracellulare (8.6); M. gordonae (8.6)
M. kansasii (2.9); M. scrofulaceum (2.9); M. szulgai (2.9)

Gabon (Jan 2018–Dec 2020)97 I: 137 M. avium (5.1)
M. intracellulare (54)
M. fortuitum (21.9) M. abscessus (6.6)
M. chelonae (2.2)
M. kansasii (4.4) M. mucogenicum (1.5)

Ghana (2012–2014)90 I: 43 M. avium subsp. paratuberculosis (30.2); M. colombiense (7); M.
intracellulare (41.9)
M. abscessus (11.3) M. mucogenicum (7) M. simiae (2.3) -

Ghana (Jan 2013–
Mar 2014)91
I: 38 MAC (23.7) M. chelonae complex (7.9); M. simiae (7.9) M. fortuitum complex (5.3) M. arupense (2.6); M. flavescens (2.6); M. kansasii (2.6); M. terrae (2.6) -

Kenya (2020)94 I: 146 MAC (31) M. fortuitum complex (20) M. abscessus complex (14) - -

Mali (2006–2013)92 I:41 M. avium (24.4) M. specie (7.3) M. simiae (4.9) - -

Nigeria, Cameroon, Ghana (Jan-Dec 2017)153 I: 14 M. fortuitum (35.7) M. engbaekii (14.3); M. avium (7.1)
M. colombiense (7.1)
M. intracellulare (14.3)
M. gordonae (7.1); M. paraense (7.1); M. peregrinum (7.1) - -

Tanzania (Nov 2012–Jan 2013)95 I: 36 M. gordonae (16.7); M. interjectum (16.7) M. avium (5.5)
M. colombiense (2.8)
M. intracellulare (11.1)
M. scrofulaceum (8.3) M. fortuitum (5.5); M. kumamotonense (5.5) -

Tanzania (Nov 2019 - Aug 2020)154 I: 24 M. avium (8.3)
M. intracellulare (16.7)
M. abscessus subsp. abscessus (12.5)
M. abscessus subsp. bolletii (4.2)
M. fortuitum
group (8.3)
M. kansasii (4.2); M. simiae (4.2); M. szulgai (4.2) -

Tunisia (2002–2016)88 I: 30 M. kansasii (23.3) M. fortuitum (16.7); M. novocastrense (16.7) M. chelonae (10) M. gadium (6. 6); M. gordonae (6. 6) M. flavescens (3.3); M. peregrinum (3.3); M. porcinum (3.3)

East Asia

Location (dates) N Most Common Species (%)

China (2008–2012)155 I: 616 M. kansasii (45) M. avium (3.6)
M. intracellulare (20.8)
M. chelonae-abscessus complex (14.9) M. fortuitum (4.5) -

China (2009–2019)156 I: 1102 M. avium (13.2)
M. intracellulare (54.8)
M. chelonae-abscessus complex (16.5) M. kansasii (8.2) M. gordonae (3.3) M. fortuitum (<1)

China (2010–2015)120 I: 232 M. avium (4.7)
M. intracellulare (40.5)
M. abscessus (28.4) M. kansasii (9.9) M. fortuitum (8.6) M. gordonae (4.3)
D: 72* M. avium (2.8)
M. intracellulare (52.8)
M. abscessus (33.3) M. kansasii (9.7) M. szulgai (1.4) -

China (2013–2016)157 D: 607 M. avium (16.3)
M. intracellulare (28.2)
M. abscessus subsp. abscessus (23.9)
M. abscessus subsp. massiliense (16.6)
M. kansasii (10.0) M. fortuitum (2.8) M. gordonae (1.0)

China (2014–2021)119 I: 1755 M. avium (7.8)
M. intracellulare (51.6)
M. abscessus (22.2) M. kansasii (8.3) M. fortuitum (2.1); M. gordonae (2.1) M. paragordonae (1.3)

China (2015–2020)118 I: 789 M. abscessus (35.1) M. avium (6.8)
M. intracellulare (12.8)
M. fortuitum (10.1) M. kansasii (10.0) M. gordonae (9.4)

China (2017–2018)158 D: 87 M. avium (11.5)
M. intracellulare (70.1)
M. chelonae-abscessus complex (11.5) M. kansasii (7.5) M. gordonae (1.1) -

China (2018)159 I: 24 M. avium (4.2)
M. intracellulare (66.7)
M. abscessus (12.5) M. kansasii (8.3) M. fortuitum (4.2); M. szulgai (4.2) -

China (2019–2020)117 D: 458 M. avium (8.5)
M. intracellulare (52.6)
M. abscessus complex (23.1) M. kansasii (8.1) M. szulgai (2.6) -

Japan (2000–2013)108 D: 592+ M. avium (70.6)
M. intracellulare (22.3)
- - - -

Japan (2001–2009)132 D: 975 M. avium (42.6)
M. intracellulare (44.3)
M. abscessus (3.1)
M. chelonae (<1)
M. gordonae (2.1); M. kansasii (2.1) - -

Japan (2006–2016)109 I: 3620 MAC (82.2) M. abscessus complex (4.5)
M. chelonae (<1)
M. kansasii (3.7) M. fortuitum (2.1) M. peregrinum (<1)
D: 2155+ MAC (87.2) M. abscessus complex (5.5) M. kansasii (3.9) M. fortuitum (1.3) -

Japan (2009–2015)160 I: 416 M. abscessus (31)
M. chelonae (11)
M. avium (5)
M. intracellulare (20)
M. gordonae (18) M. fortuitum (11) -
D: 114 M. abscessus (36)
M. chelonae (10)
M. avium (6)
M. intracellulare (27)
M. fortuitum (10) M. gordonae (6) -

Japan (2012–2013)105 I: 26059 M. avium (61.8)
M. intracellulare (31.1)
M. kansasii (2.1) M. abscessus (2.0)
M. chelonae (<1)
M. fortuitum (1.1) M. terrae (<1)
D: 7167+ M. avium (65.1)
M. intracellulare (32.4)
M. kansasii (3.4) M. abscessus (2.7) - -

South Korea (2001–2015)104 D: 2329 MAC (75) M. abscessus (22) M. kansasii (3) - -

South Korea (2006–2016)100 D: 1017 MAC (63.6) M. abscessus complex (10.8) M. fortuitum (2.1); M. kansasii (2.1) - -

South Korea (2007–2019)102 I: 2807 M. avium (19.2)
M. intracellulare (50.6)
M. fortuitum complex (4.7) M. abscessus (4.5)
M. chelonae (1.0)
M. gordonae (3.5) M. kansasii (1.1)

South Korea (2009–2015)103 I: 5558 M. avium (23.1)
M. intracellulare (38.9)
M. abscessus (8.4) M. kansasii (7.7) - -

South Korea (2014–2019)101 I: 4962 M. avium (17.5)
M. intracellulare (42.3)
M. abscessus (7.0)
M. chelonae (3.3)
M. fortuitum (5.5) M. kansasii (3.6) M. mucogenicum (2.7)

Taiwan (2000–2012)115 D: 3317 MAC (41.5) M. abscessus (21.4)
M. chelonae (9.4)
M. fortuitum (13.4) M. kansasii (7.1) M. gordonae (5.0)

Taiwan (2007–2010)114 I: 894 MAC (32.4) M. abscessus complex (9.2)
M. chelonae complex (17.6)
M. fortuitum complex (17) M. kansasii (9.8) M. gordonae (7.0)

Taiwan (2010–2014)116 D: 1674 MAC (34.4) M. abscessus (24.3) M. kansasii (11) M. fortuitum (9.8) M. gordonae (4.7)

South & Southeast Asia

Location (dates) N Most Common Species (%)

India (1981–2020)161 I: 2071 MAC (18.9) M. abscessus (8.8)
M. chelonae (10.3)
M. fortuitum (9.8) M. gordonae (6.9) M. terrae (6.3)

India (2013–2015)126 I: 209 M. abscessus (31.1)
M. chelonae (8.1)
M. fortuitum (20.6) M. avium (8.1)
M. intracellulare (13.4)
M. interjectum (4.3); M. simiae (4.3) M. gordonae (3.3)

India (2014–2015)127 I: 164 M. chelonae (26.8) M. fortuitum (12.8) M. gordonae (9.1) M. kansasii (6.1) M. simiae (4.9)

India (2015–2020)125 I: 43 M. abscessus complex (37.2)
M. chelonae (2.3)
M. fortuitum (23.3) M. chimaera (2.3)
M. colombiense (2.3)
M. intracellulare (7.0)
M. marseillense (2.3)
M. parascrofulace um (4.7); M. simiae (4.7) -

Pakistan (2016–2019)122 I: 169 MAC (61) M. abscessus (24) M. fortuitum (5.5); M. kansasii (5.5) M. gordonae (1.8); M. szulgai (1.8) -

Singapore (2011–2012)162 I: 511 M. abscessus (39.5)
M. chelonae (1.8)
M. fortuitum (16.6) M. kansasii (15.5) M. avium (15.1) M. gordonae (7.0)

Singapore (2012–2016)163 I: 2026 M. chelonae-abscessus complex (49.9) M. fortuitum (17) MAC (15.4) M. kansasii (11.5) M. haemophilum (2.0)
D: 352 M. chelonae-abscessus complex (56) MAC (28.1) M. fortuitum group (25.9) M. kansasii (20.2) M. scrofulaceum (2.3)

West and Central Asia

Location (dates) N Most Common Species (%)

Iran (2011–2017)124 I: 236 M. abscessus (19.1) - - - -

Iran (2016–2018)123 I: 95 M. fortuitum (48.4) M. simiae (16.8) M. kansasii (15.7) M. abscessus (7.3) M. thermoresistibile (4.2)

Turkey (2015–2019)121 I: 45 M. fortuitum (24.4) M. abscessus (17.7)
M. chelonae (8.9)
M. lentiflavum (11.1); M. simiae (11.1) M. avium (4.4)
M. intracellulare (8.9)
M. gordonae (6.7)

Saudi Arabia (2006–2012)164 I: 142 MAC (35) M. fortuitum (24) M. chelonae-abscessus complex (17) M. gordonae (6) M. kansasii (4)
D: 40 MAC (47.5) M. abscessus (25) M. kansasii (10) M. fortuitum (7.5) M. szulgai (5)

Oceania

Location (dates) N Most Common Species (%)

Australia (2001–2016)41 I: 12219 M. avium (9.8)
M. intracellulare (39.1)
M. abscessus (8.5)
M. chelonae (3.3)
M. fortuitum (8.3) M. kansasii (2.4) -

French Polynesia (2008–2013)128 I: 87 M. fortuitum (11.5)
M. porcinum (18.4)
M. senegalense (13.8)
M. abscessus (29.9)
M. bolletii (1.1)
M. massiliense (1.1)
M. mucogenicum complex (9.2) M. avium (1.1)
M. chimaera (3.4)
M.intracellular e (1.1)
-

Papua New Guinea (2010–2012)129 I: 9 M. avium (33.3)
M. intracellulare (22.2); M. fortuitum (33.3)
M. terrae (22.2) - - -

MAC – Mycobacterium avium complex

RGM – rapidly growing nontuberculous mycobacterial species

*

Included only patients whose radiographic disease pattern could be classified as cavitary, bronochiectatic, or consolidative

**

≥2 positive cultures or antimicrobial chemotherapy

#

M. avium and M. intracellulare concurrently isolated

Included patients with NTM isolated from extrapulmonary sites/specimens from extrapulmonary sites

Sub-analysis of study population

+

NTM-PD defined using ATS microbiologic criteria