Table 3.
Comparative analysis of the amino acid residues in the antigenic sites of the hemagglutinin-neuraminidase (HN) protein of the Tanzanian NDVs identified in the current study (shown in italics) with other strains.
| Sub-genotype | Strain | Site 1 | Site 2 | Site 3 | Site 4 | Site 12 | Site 14 | Site 23 | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 345 | 513 | 514 | 521 | 569 | 263 | 287 | 321 | 333 | 356 | 494 | 516 | 347 | 350 | 353 | 193 | 194 | 201 | ||
| Consensus | P | R | V | S | D | R | D | K | K | K | D | R | E | Y | R | L | S | H | |
| V.3 | OR230621/ck/TZ/Dar es Salaam/2110-K103/1/18 | · | · | I | · | N | · | E | · | R | · | N | · | · | · | · | · | · | · |
| MK583011/ck/TZ/Mbeya/MT15/12 | · | · | I | · | N | · | · | · | · | · | N | · | · | · | · | · | · | · | |
| MN685354/ck/KE/KE001/15 | · | · | I | · | N | · | · | · | R | · | N | · | · | · | · | · | · | · | |
| MN685355/ck/KE/KE0811/16 | · | · | I | · | N | · | · | · | R | · | N | · | K | · | · | · | · | · | |
| MW342790/ck/KE/Bomet/34 MB09/17 | · | · | I | · | N | · | · | · | R | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
| VII.2 | OR230617/ck/TZ/Morogoro/2014-E734/18 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| OR230627/ck/TZ/Iringa/2152-IM184/19 | · | · | · | · | G | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
| OR230628/ck/TZ/Morogoro/2159-ME50/19 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
| OR230618/ck/TZ/Morogoro/2015-E735/18 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
| OR230616/ck/TZ/Morogoro/2007-E713/18 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
| R230619/ck/TZ/Morogoro/2016-E736/18 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
| OR230620/ck/TZ/Morogoro/2017-E740/18 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
| OR230611/ck/TZ/Dar es Salaam/1996-B03/18 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
| OR230612/ck/TZ/Dar es Salaam/1997-B06/18 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
| OR230625/ck/TZ/Dar es Salaam/2144-BD117/19 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
| OR230622/ck/TZ/Dar es Salaam/2110-K103/2/18 | · | · | · | · | G | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
| OR230626/ck/TZ/Arusha/2145-CA127/19 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
| OR230624/ck/TZ/Morogoro/2115-M581/18 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
| JN986837/ck/NL/152608/93 (ancestral) | · | · | · | · | · | K | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
| KR074406/ck/MY/MB076/05 | · | · | · | · | N | K | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
| HQ697255/ck/ID/Sukorejo/019/10 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
| KR074404/ck/MY/IBS002/11 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
| KR815908/tk/ZA/N2057/13 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
| XIII.1.1 | OR230623/ck/TZ/Dar es Salaam/2111-K104/18 | · | · | · | · | V | K | · | · | · | · | · | · | G | · | · | · | · | · |
| OR230613/ck/TZ/Dar es Salaam/1998-B08/18 | · | · | · | · | V | K | · | · | · | · | · | · | G | · | · | · | · | · | |
| OR230614/ck/TZ/Dar es Salaam/2000-B18/18 | · | · | · | · | V | K | · | · | · | · | · | · | G | · | · | · | · | · | |
| OR230615/ck/TZ/Dar es Salaam/2001-B20/18 | · | · | · | · | V | K | · | · | · | · | · | · | G | · | · | · | · | · | |
| GU585905/ck/SE/97 | · | · | · | · | A | K | · | · | · | · | · | Q | · | · | · | · | · | · | |
| MK633953/ck/TZ/Tanga/N34/12 | · | · | · | · | V | K | · | · | · | · | · | · | G | · | · | · | · | · | |
| MK633935/ck/TZ/Iringa/IM40/12 | · | · | · | · | V | K | · | · | · | · | · | · | G | · | · | · | · | · | |
| MK633944/ck/TZ/Arusha/AC53/12 | · | · | · | · | V | K | · | · | · | · | · | · | G | · | · | · | · | · | |
| MK633933/ck/TZ/Mbeya/MT1/12 | · | · | A | · | V | K | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
| KF727980/ck/IN/Bareilly/06 | · | · | · | · | A | K | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | |
Dots (“·”) indicate identical residues. Amino acid substitutions in the Tanzanian strains compared to other strains are in bold and underlined.