Table 1.
Anatomical sites and nosological framework of the different taxa. CNS: central nervous system; ORL: oto-rhino-laryngology; the numbers in the table refer to PMIDs.
| Ascomycota | Basidiomycota | Total | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Candida spp.1 | Magnusiomyces/Saprochaete clade | Others | Saccharomyces spp. | Total | Cryptococcus spp.2 | Malassezia spp. | Others | Rhodotorula spp. | Trichosporon spp. | Total | ||
| Systemic | 682 | 87 | 23 | 95 | 887 | 37 | 70 | 9 | 64 | 242 | 422 | 1309 |
| Anatomical site | ||||||||||||
| Unspecified | 11 | 2 | 1 | 14 | 3 | 4 | 7 | 21 | ||||
| Blood | 664 | 79 | 19 | 90 | 852 | 36 | 70 | 8 | 59 | 220 | 393 | 1245 |
| Bone marrow | 3 | 2 | 1 | 6 | 1 | 7 | 8 | 14 | ||||
| Lymph nodes | 4 | 2 | 3 | 2 | 11 | 1 | 1 | 1 | 7 | 10 | 21 | |
| Semiology | ||||||||||||
| Aortitis | 1 | 2 | 3 | 3 | ||||||||
| Vasculitis | 1 | 1 | 4 | 4 | 5 | |||||||
| CNS | 35 | 4 | 2 | 41 | 19 | 3 | 3 | 12 | 29 | 66 | 107 | |
| Anatomical site | ||||||||||||
| Unspecified | 15 | 1 | 1 | 17 | 2 | 1 | 2 | 8 | 13 | 30 | ||
| Specimen | ||||||||||||
| Brain abscess | 4 | 2 | 6 | 4 | 4 | 10 | ||||||
| Semiology | ||||||||||||
| Encephalitis | 1 | 1 | 1 | |||||||||
| Mass | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | |||||||
| Meningitis | 14 | 14 | 13 | 1 | 3 | 9 | 14 | 40 | 54 | |||
| Meningo-encephalitis | 2 | 2 | 4 | 1 | 1 | 2 | 8 | 10 | ||||
| Ocular | 54 | 8 | 1 | 2 | 65 | 9 | 14 | 1 | 6 | 9 | 39 | 104 |
| Anatomical site | ||||||||||||
| Unspecified | 10 | 1 | 11 | 2 | 4 | 1 | 2 | 9 | 20 | |||
| Conjunctival | 3 | 1 | 4 | 2 | 2 | 6 | ||||||
| Orbital | 4 | 4 | 4 | |||||||||
| Specimen | ||||||||||||
| Lacrimal fluid | 5 | 2 | 7 | 1 | 1 | 8 | ||||||
| Semiology | ||||||||||||
| Blepharitis | 6 | 6 | 6 | |||||||||
| Endophthalmitis | 16 | 1 | 1 | 18 | 1 | 1 | 3 | 5 | 10 | 28 | ||
| Keratitis | 16 | 3 | 2 | 21 | 6 | 1 | 2 | 2 | 11 | 32 | ||
| Auditory system | 35 | 1 | 36 | 1 | 11 | 8 | 20 | 56 | ||||
| Anatomical site | 0 | |||||||||||
| Unspecified | 23 | 23 | 10 | 5 | 15 | 38 | ||||||
| Semiology | ||||||||||||
| Otomycoses | 12 | 1 | 13 | 1 | 1 | 3 | 5 | 18 | ||||
| Dental and gums | 16 | 4 | 4 | 23 | 24 | |||||||
| Anatomical site | ||||||||||||
| Unspecified | 15 | 2 | 2 | 19 | 19 | |||||||
| Specimen | ||||||||||||
| Abscess | 1 | 1 | 2 | 2 | ||||||||
| Semiology | ||||||||||||
| Periodontitis | 1 | 2 | 3 | 3 | ||||||||
| ORL system | 302 | 21 | 3 | 50 | 376 | 7 | 15 | 7 | 51 | 80 | 456 | |
| Anatomical site | ||||||||||||
| Unspecified | 6 | 1 | 7 | 1 | 1 | 8 | ||||||
| Nasal | 14 | 1 | 2 | 17 | 2 | 2 | 2 | 6 | 23 | |||
| Oesophagus | 9 | 3 | 1 | 3 | 16 | 1 | 12 | 13 | 29 | |||
| Oral mucosa | 224 | 11 | 2 | 34 | 271 | 2 | 3 | 6 | 14 | 25 | 296 | |
| Pharyngeal | 12 | 1 | 13 | 1 | 1 | 1 | 3 | 16 | ||||
| Rhino-sinusitis | 3 | 3 | 1 | 3 | 2 | 6 | 9 | |||||
| Tongue | 7 | 1 | 2 | 10 | 1 | 2 | 3 | 13 | ||||
| Tracheal | 22 | 5 | 7 | 34 | 1 | 5 | 17 | 23 | 57 | |||
| Tonsil | 5 | 5 | 5 | |||||||||
| Lung | 215 | 66 | 13 | 37 | 331 | 23 | 8 | 5 | 5 | 143 | 184 | 515 |
| Anatomical site | ||||||||||||
| Unspecified | 6 | 7 | 1 | 14 | 3 | 3 | 4 | 10 | 24 | |||
| Lower respiratory tract | 68 | 23 | 4 | 17 | 112 | 10 | 5 | 1 | 58 | 74 | 186 | |
| Lymph nodes | 1 | 5 | 1 | 7 | 4 | 4 | 11 | |||||
| Mediastinum | 1 | 2 | 1 | 4 | 2 | 2 | 6 | |||||
| Parenchymal cavity | 2 | 2 | 2 | 2 | 4 | |||||||
| Pleura | 15 | 2 | 1 | 4 | 22 | 2 | 2 | 15 | 19 | 41 | ||
| Upper respiratory tract | 108 | 15 | 3 | 11 | 137 | 4 | 1 | 1 | 1 | 38 | 45 | 182 |
| Specimen | ||||||||||||
| Abscess | 1 | 1 | 2 | 2 | ||||||||
| Semiology | ||||||||||||
| Interstitial pneumonitis | 1 | 1 | 1 | |||||||||
| Invasive | 2 | 1 | 2 | 5 | 3 | 3 | 8 | |||||
| Pneumonia | 12 | 12 | 3 | 27 | 3 | 2 | 1 | 1 | 15 | 22 | 49 | |
| Breast | 1 | 2 | 3 | 2 | 1 | 3 | 6 | |||||
| Anatomical site | ||||||||||||
| Breast implant | 1 | 1 | 1 | |||||||||
| Nipples | 1 | 1 | 1 | |||||||||
| Specimen | ||||||||||||
| Milk | 1 | 2 | 3 | 1 | 1 | 4 | ||||||
| Heart | 31 | 4 | 1 | 6 | 42 | 2 | 4 | 40 | 46 | 88 | ||
| Anatomical site | ||||||||||||
| Unspecified | 2 | 1 | 1 | 4 | 1 | 17 | 18 | 22 | ||||
| Myocardium | 1 | 1 | 5 | 5 | 6 | |||||||
| Pericardium | 4 | 1 | 5 | 4 | 4 | 9 | ||||||
| Semiology | ||||||||||||
| Implanted device endocarditis | 7 | 2 | 9 | 2 | 11 | 13 | 22 | |||||
| Native valve endocarditis | 18 | 2 | 1 | 2 | 23 | 2 | 1 | 3 | 6 | 29 | ||
| Enteric | 155 | 35 | 7 | 60 | 257 | 8 | 15 | 12 | 89 | 124 | 381 | |
| Anatomical site | ||||||||||||
| Unspecified | 73 | 23 | 4 | 40 | 140 | 3 | 6 | 1 | 28 | 38 | 178 | |
| Appendix | 1 | 1 | 1 | |||||||||
| Biliary tract | 12 | 2 | 3 | 17 | 2 | 2 | 19 | |||||
| Colitis | 2 | 2 | 1 | 1 | 3 | |||||||
| Enteritis | 1 | 1 | 1 | |||||||||
| Gastric | 6 | 1 | 2 | 9 | 1 | 5 | 6 | 15 | ||||
| Pancreas | 1 | 1 | 2 | 1 | 4 | 5 | 7 | |||||
| Spleen | 6 | 5 | 2 | 13 | 2 | 24 | 26 | 39 | ||||
| Specimen | ||||||||||||
| Abscess | 25 | 2 | 27 | 27 | ||||||||
| Peritoneal fluid | 5 | 5 | 1 | 1 | 6 | |||||||
| Semiology | ||||||||||||
| Cholecystitis | 2 | 2 | 2 | |||||||||
| Peritonitis | 25 | 4 | 3 | 8 | 40 | 5 | 10 | 19 | 34 | 74 | ||
| Liver | 17 | 8 | 7 | 32 | 1 | 1 | 1 | 37 | 40 | 72 | ||
| Anatomical site | ||||||||||||
| Unspecified | 6 | 5 | 2 | 13 | 1 | 27 | 28 | 41 | ||||
| Specimen | ||||||||||||
| Abscess | 3 | 1 | 3 | 7 | 1 | 1 | 2 | 4 | 11 | |||
| Ascites fluid | 7 | 1 | 2 | 10 | 7 | 7 | 17 | |||||
| Semiology | ||||||||||||
| Hepatitis | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 3 | ||||||
| Urinary tract | 199 | 20 | 1 | 24 | 244 | 3 | 9 | 1 | 108 | 121 | 365 | |
| Anatomical site | ||||||||||||
| Unspecified | 5 | 5 | 1 | 1 | 6 | |||||||
| Bladder | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | |||||||
| Kidney | 11 | 3 | 3 | 17 | 1 | 23 | 24 | 41 | ||||
| Prostate gland | 1 | 1 | 1 | |||||||||
| Specimen | ||||||||||||
| Urine | 162 | 14 | 17 | 193 | 3 | 8 | 1 | 58 | 70 | 263 | ||
| Semiology | 0 | |||||||||||
| Mass | 5 | 1 | 6 | 6 | ||||||||
| Pyelonephritis | 2 | 1 | 1 | 4 | 1 | 1 | 5 | |||||
| Urinary tract infection | 12 | 2 | 1 | 2 | 17 | 24 | 24 | 41 | ||||
| Genital | 110 | 3 | 55 | 168 | 3 | 13 | 4 | 11 | 31 | 199 | ||
| Anatomical site | ||||||||||||
| Unspecified | 8 | 2 | 10 | 1 | 1 | 4 | 2 | 8 | 18 | |||
| Endometrium | 1 | 1 | 1 | |||||||||
| Epididymis | 1 | 1 | 1 | |||||||||
| External genitalia | 1 | 2 | 3 | 3 | ||||||||
| Glans | 3 | 1 | 4 | 10 | 10 | 14 | ||||||
| Ovaries | 1 | 1 | 1 | |||||||||
| Vaginal mucosa | 98 | 53 | 151 | 2 | 1 | 5 | 8 | 159 | ||||
| Specimen | ||||||||||||
| Sperm | 1 | 1 | 1 | |||||||||
| Semiology | ||||||||||||
| Urethral infection | 1 | 1 | 1 | |||||||||
| Osteo-articular system | 47 | 7 | 2 | 56 | 2 | 4 | 16 | 22 | 78 | |||
| Anatomical site | ||||||||||||
| Unspecified | 12 | 12 | 1 | 1 | 2 | 4 | 16 | |||||
| Joint | 5 | 1 | 6 | 1 | 4 | 5 | 11 | |||||
| Specimen | ||||||||||||
| Synovial fluid | 5 | 1 | 6 | 1 | 2 | 3 | 9 | |||||
| Semiology | ||||||||||||
| Arthritis | 8 | 3 | 11 | 3 | 3 | 14 | ||||||
| Mass (including mycetoma) | 1 | 1 | 1 | |||||||||
| Osteomyelitis | 10 | 1 | 2 | 13 | 1 | 3 | 4 | 17 | ||||
| Prosthesis-associated Osteitis | 1 | 1 | 1 | |||||||||
| Spondylodiscitis | 6 | 1 | 7 | 2 | 2 | 9 | ||||||
| Skeletal muscles | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | |||||||
| Anatomical site | ||||||||||||
| Unspecified | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | |||||||
| Soft tissue | 4 | 4 | 5 | 5 | 9 | |||||||
| Anatomical site | ||||||||||||
| Unspecified | 4 | 4 | 5 | 5 | 9 | |||||||
| Skin | 204 | 30 | 5 | 7 | 246 | 26 | 355 | 5 | 18 | 183 | 587 | 833 |
| Anatomical site | ||||||||||||
| Unspecified | 10 | 1 | 2 | 13 | 3 | 6 | 8 | 17 | 30 | |||
| Nails | 48 | 1 | 3 | 2 | 54 | 1 | 9 | 5 | 28 | 43 | 97 | |
| Subcutaneous | 8 | 1 | 1 | 10 | 2 | 1 | 1 | 10 | 14 | 24 | ||
| Superficial cutaneous | 133 | 25 | 2 | 1 | 161 | 18 | 302 | 2 | 5 | 121 | 448 | 609 |
| Semiology | ||||||||||||
| Dermatitis | 1 | 1 | 43 | 1 | 44 | 45 | ||||||
| Mycetoma | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | |||||||
| Tinea capitis | 1 | 10 | 11 | 11 | ||||||||
| Tinea cruris | 1 | 1 | 1 | |||||||||
| Tinea genitalis | 1 | 1 | 1 | |||||||||
| Tinea pedis | 2 | 2 | 4 | 1 | 1 | 5 | ||||||
| Ulcer | 1 | 1 | 2 | 1 | 4 | 7 | 8 | |||||
| Endocrine gland | 1 | 15 | 16 | 16 | ||||||||
| Anatomical site | ||||||||||||
| Adrenal | 1 | 4 | 5 | 5 | ||||||||
| Thymus | 2 | 2 | 2 | |||||||||
| Thyroid | 9 | 9 | 9 | |||||||||
| Placental infection | 3 | 1 | 4 | 4 | ||||||||
| Anatomical site | ||||||||||||
| Placenta | 1 | 1 | 1 | |||||||||
| Semiology | ||||||||||||
| Chorioamnionitis | 3 | 3 | 3 | |||||||||
| Total | 2110 | 298 | 55 | 354 | 2816 | 138 | 519 | 24 | 138 | 988 | 1808 | 4624 |
1 Excluding Candida albicans, C. tropicalis, C. glabrata, C. parapsilosis, and P. kudriavzevii (syn. C. krusei). 2 Excluding Cryptococcus neoformans species complex and Cryptococcus gattii species complex.