Skip to main content
. 2023 Nov 2;26(12):108383. doi: 10.1016/j.isci.2023.108383

Table 3.

Quantification of mRNA counts and ribosome-protected mRNA fragments (RPFs) in selected pathways

Acetogen Dataset MDN(log2(RNA))
 MAD(log2(RNA))
 Mdn(log2(RPF))
 MDN(log2(RPF))
 RNA vs. RPF (p value)
AUTO HETERO AUTO HETERO AUTO HETERO AUTO HETERO AUTO HETERO
WLP carbonyl branch
 A. woodii Shin et al.45 12.42 10.38 2.31 1.37 14.19 14.81 1.54 1.28 0.03 5.41e-06
 A. woodii Song et al.44 11.98 10.07 2.43 1.60 13.80 14.46 1.53 1.46 0.04 2.17e-05
 E. limosum Song et al.46 13.59 9.48 1.13 0.58 14.51 14.15 2.13 1.61 0.04 2.06e-05
 E. limosum Song et al.44 12.15 9.90 1.19 0.59 14.51 14.16 2.13 1.62 3.90e-03 2.42e-04
 C. drakei Song et al.44 14.66 12.36 1.08 1.03 10.72 9.53 2.09 0.90 0.03 2.30e-03
 C. ljungdahlii Al-Bassam et al.24 11.16 11.32 2.64 1.67 10.97 10.20 3.50 4.28 0.51 0.62
Formate dehydrogenase
 A. woodii Shin et al.45 9.67 7.15 2.75 1.49 11.97 9.91 2.04 2.13 0.10 0.05
 A. woodii Song et al.44 9.24 6.71 2.97 1.94 11.39 9.39 2.25 1.98 0.10 0.05
 E. limosum Song et al.46 7.78 5.44 1.14 0.87 7.14 7.20 0.97 0.06 0.50 0.20
 E. limosum Song et al.44 6.11 5.86 0.60 0.88 7.13 7.20 0.96 0.06 0.20 0.20
 C. drakei Song et al.44 12.84 10.01 0.28 1.72 9.82 7.21 0.41 0.60 0.05 0.05
 C. ljungdahlii Al-Bassam et al.24 10.47 7.91 0.64 1.23 10.52 7.58 1.07 0.51 0.50 0.50
WLP methyl branch
 A. woodii Shin et al.45 11.33 8.71 0.57 1.10 13.74 13.03 0.93 1.20 1.00e-03 1.10e-03
 A. woodii Song et al.44 9.34 7.08 2.86 1.14 11.73 10.57 1.91 1.11 0.05 0.03
 E. limosum Song et al.46 11.22 11.14 1.69 1.62 14.32 12.63 1.12 1,19 3.97e-03 0.05
 E. limosum Song et al.44 12.13 11.56 0.94 1.61 14.31 12.63 1.12 1.18 0.02 0.08
 C. drakei Song et al.44 14.20 11.83 0.12 0.30 9.43 8.43 1.88 0.67 3.97e-03 3.97e-03
 C. ljungdahlii Al-Bassam et al.24 12.59 11.77 0.38 0.37 11.45 11.81 0.85 1.44 0.03 0.42
Rnf complex
 A. woodii Shin et al.45 9.83 8.73 0.45 0.27 11.66 11.68 0.81 0.52 1.00e-03 1.00e-03
 A. woodii Song et al.44 9.38 8.43 0.57 0.42 11.22 11.26 0.83 0.68 1.00e-03 1.00e-03
 E. limosum Song et al.46 10.34 7.47 1.34 0.91 11.58 10.86 1.03 0.51 0.05 1.00e-03
 E. limosum Song et al.44 8.25 7.89 0.98 0.92 11.58 10.87 1.03 0.51 1.00e-03 4.00e-03
 C. drakei Song et al.44 11.17 8.15 1.42 1.32 3.79 7.31 0.60 1.20 2.00e-03 0.15
 C. ljungdahlii Al-Bassam et al.24 11.63 9.83 0.18 0.63 11.99 10.16 0.14 0.40 0.15 0.41
ATP synthase complex
 A. woodii Shin et al.45 10.64 8.39 1.42 0.81 11.40 11.77 1.03 1.19 0.03 1.42e-06
 A. woodii Song et al.44 9.99 7.88 1.90 0.75 11.06 11.23 1.38 1.62 0.05 2.16e-05
 E. limosum Song et al.46 11.14 7.95 2.33 1.74 12.30 11.63 1.27 1.40 0.07 3.47e-05
 E. limosum Song et al.44 10.26 8.37 1.67 1.72 12.29 11.63 1.27 1.40 3.70e-04 5.35e-05
 C. drakei Song et al.44 12.93 11.76 2.02 2.45 4.27 9.16 2.08 1.45 1.50e-04 0.04
 C. ljungdahlii Al-Bassam et al.24 10.36 12.33 0.30 0.37 8.31 9.05 1.54 0.77 7.77e-05 7.77e-05
Bifurcating hydrogenase
 A. woodii Shin et al.45 10.38 9.11 2.31 1.04 12.5 11.03 0.53 0.31 0.03 4.00e-03
 A. woodii Song et al.44 9.94 8.76 2.73 1.10 12.12 10.87 0.68 0.84 0.05 4.00e-03
 E. limosum Song et al.46 10.93 8.83 2.26 1.50 13.62 10.67 0.63 1.02 4.00e-03 0.02
 E. limosum Song et al.44 9.50 9.25 1.14 1.51 13.78 10.86 0.88 1.20 4.00e-03 0.05
 C. drakei Song et al.44 13.29 6.24 1.91 3.08 7.18 3.17 1.10 1.15 1.00e-03 0.03
 C. ljungdahlii Al-Bassam et al.24 10.66 9.62 0.36 0.57 11.87 10.96 0.46 0.65 0.06 0.06
Lactate oxidation
 A. woodii Shin et al.45 7.86 8.02 0.65 0.90 13.77 8.43 0.94 1.38 1.00e-03 0.19
 A. woodii Song et al.44 7.41 7.78 0.80 1.03 13.28 7.89 0.99 1.,38 1.00e-03 0.29
 E. limosum Song et al.46 5.57 4.43 1.62 1.48 10.30 8.94 0.10 0.47 3.00e-03 0.13
 E. limosum Song et al.44 6.86 4.86 3.20 1.50 10.29 8.94 0.98 0.47 0.08 0.13
 C. drakei Song et al.44 10.27 3.96 1.05 1.96 4.65 2.92 1.79 1.54 2.00e-04 0.06
 C. ljungdahlii Al-Bassam et al.24 4.37 2.41 2.33 1.58 4.06 2.19 2.19 2.53 0.27 0.15
2,3-BDO metabolism
 A. woodii Shin et al.45 6.96 8.63 0.10 0.23 9.84 8.83 0.35 0.34 0.048 0.35
 A. woodii Song et al.44 6.82 8.48 0.27 0.24 9.37 8.21 0.34 0.32 0.047 0.85
 E. limosum Song et al.46 5.81 5.70 3.76 3.12 8.19 7.41 1.81 1.95 0.15 0.12
 E. limosum Song et al.44 6.44 6.12 2.09 3.12 8.18 7.42 1.80 1.95 0.066 0.12
 C. drakei Song et al.44 6.02 8.66 0.35 1.18 5.99 5.17 4.69 1.04 0.50 0.03
 C. ljungdahlii Al-Bassam et al.24 6.74 7.16 1.47 1.27 6.13 6.68 2.13 1.17 1.00 0.06
EG metabolism
 A. woodii Shin et al.45 11.57 11.85 1.93 0.98 14.64 14.13 1.05 1.04 1.27e-05 3.47e-06
 A. woodii Song et al.44 11.22 11.44 2.24 0.97 13.97 13.56 1.38 1.27 1.00e-04 2.98e-05
 C. drakei Song et al.44 7.17 4.60 2.11 2.22 1.91 3.30 0.25 2.51 0.07 0.10

Table showing the mRNA counts and ribosome-protected fragments in autotrophic and heterotrophic condition in each acetogen for pathways where translational efficiency was found differentially regulated. Shown are the median (MDN) value and the median absolute deviation (MAD) for each pathway in each dataset. The table also displays the Wilcoxon's rank-sum test p value carried out to assess the statistical significance of the difference between RNA and RPF in each growth condition for each pathway. Abbreviations: BDO: butanediol; EG: ethylene glycol.