TABLE 3.
Comparison of the vaginal microbiome relative abundance in disease state with healthy controls.
| Reproductive condition | Author (Year) | Genital microbiome relative abundance (%) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Actinobacteria | Bacteroidetes | Candidatus Saccharibacteria | Firmicutes | Fusobacteria | Proteobacteria | Tenericutes | Verrucomicrobia | ||
| Tubal pregnancy | Ruan (2021) [47] | Gardnerella ↑ | Prevotella ↑ | Lactobacillus | Sneathia | ||||
| Atopobium | Megasphaera | Leptotrichiaceae a ↑ | |||||||
| Clostridia a ↑ | |||||||||
| Chronic endometritis | Lozano (2021) [48] | Prevotella | Lactobacillus ↓ | Escherichia | |||||
| Streptococcus ↑ | |||||||||
| Dialister | |||||||||
| Veillonella | |||||||||
| Chlamydia trachomatis | Ceccarani (2019) [34] | Gardnerella | Prevotella | Lactobacillus | Sneathia ↑ | Escherichia ↑ | Akkermansia | ||
| Atopobium ↑ | Bacteroides ↑ | Roseburia ↑ | Haemophilus | ||||||
| Bifidobacterium ↑ | Megasphaera ↑ | ||||||||
| Coriobacteriaceae, unclassified a ↑ | Faecalibacterium ↑ | ||||||||
| Ruminococcaceae a ↑ | |||||||||
| Clostridiales, unclassified a | |||||||||
| Ruminococcaceae, unclassified a | |||||||||
| Blautia ↑ | |||||||||
| Coprococcus ↑ | |||||||||
| Clostridium ↑ | |||||||||
| Lachnospiraceae, unclassified a ↑ | |||||||||
| Ruminococcus | |||||||||
| Dialister ↑ | |||||||||
| Oscillospira | |||||||||
| Shuttleworthia ↑ | |||||||||
| Streptococcus ↑ | |||||||||
| Aerococcus ↑ | |||||||||
| Peptoniphilus | |||||||||
| Vulvovaginal candidiasis | Ceccarani (2019) [34] | Gardnerella ↑ | Prevotella ↑ | Lactobacillus ↓ | Sneathia | Haemophilus | Ureaplasma | Akkermansia | |
| Atopobium ↑ | Bacteroides ↑ | Roseburia | Escherichia ↑ | ||||||
| Bifidobacterium ↑ | Faecalibacterium ↑ | ||||||||
| Alloscardovia ↑ | Ruminococcaceae a ↑ | ||||||||
| Coriobacteriaceae, unclassified a ↑ | Aerococcus | ||||||||
| Clostridiales, unclassified a | |||||||||
| Megasphaera ↑ | |||||||||
| Streptococcus ↑ | |||||||||
| Ruminococcaceae, unclassified a | |||||||||
| Dialister ↑ | |||||||||
| Blautia ↑ | |||||||||
| Coprococcus ↑ | |||||||||
| Ruminococcus | |||||||||
| Lachnospiraceae, unclassified a ↑ | |||||||||
| Oscillospira | |||||||||
| Gemellaceae, unclassified a | |||||||||
| Veillonella ↑ | |||||||||
| Anaerococcus | |||||||||
| Finegoldia ↑ | |||||||||
| Gemella | |||||||||
| Clostridium | |||||||||
| Shuttleworthia ↑ | |||||||||
| Parvimonas | |||||||||
| Peptoniphilus | |||||||||
| LR-HPV Infection | Zhou (2019) [39] | Gardnerella ↑ | Prevotella | Lactobacillus ↓ | Sneathia ↑ | Pseudomonas | |||
| Atopobium | Bacteroides | Saccharofermentans | Fusobacterium | Hydrogenophilus | |||||
| Bifidobacterium | Megasphaera | Burkholderia | |||||||
| Corynebacterium | Peptostreptococcus | Escherichia/Shigella | |||||||
| Stenotrophomonas | |||||||||
| Dialister | |||||||||
| Aerococcus | |||||||||
| Anaerococcus | |||||||||
| Bacterial vaginosis | Ceccarani (2019) [34] | Gardnerella ↑ | Prevotella ↑ | Rs-045, unclassified a | Lactobacillus ↓ | Sneathia ↑ | Escherichia | Akkermansia | |
| Atopobium ↑ | Bacteroides ↑ | Megasphaera ↑ | |||||||
| Coriobacteriaceae, unclassified a ↑ | Porphyromonas | Shuttleworthia ↑ | |||||||
| Mobiluncus ↑ | Roseburia | ||||||||
| Bifidobacterium | Clostridium | ||||||||
| Faecalibacterium | |||||||||
| Aerococcus ↑ | |||||||||
| Dialister ↑ | |||||||||
| Ruminococcaceae a | |||||||||
| Clostridiales, unclassified a | |||||||||
| Parvimonas | |||||||||
| Peptoniphilus | |||||||||
| Ruminococcaceae, unclassified a | |||||||||
| Blautia | |||||||||
| Peptostreptococcus ↑ | |||||||||
| Coprococcus | |||||||||
| Oscillospira | |||||||||
| Ruminococcus | |||||||||
| Streptococcus | |||||||||
| Lachnospiraceae, unclassified a ↑ | |||||||||
| Anaerococcus | |||||||||
| Gemella ↑ | |||||||||
| Finegoldia | |||||||||
| Vaginosis | Campisciano (2017) [29] | Actinobacteria a | Bacteroidia a | Bacilli a ↓ | Fusobacteria a | Gammaproteobacteria a ↑ | Tenericutes a ↑ | ||
| Clostridia a | |||||||||
| Aerobic vaginitis | Wang (2019) [41] | Gardnerella ↑ | Prevotella ↑ | Lactobacillus ↓ | Sneathia | Klebsiella | Ureaplasma | ||
| Atopobium ↑ | Bacteroidetes a | Streptococcus ↑ | Escherichia | Mycoplasma | |||||
| Bifidobacterium | Aerococcus ↑ | ||||||||
| Alloscardovia | Anaerococcus | ||||||||
| Actinobacteria a | Eubacterium | ||||||||
| Veillonella | |||||||||
| Megasphaera | |||||||||
| Dialister | |||||||||
| Embryonic miscarriage | Xu (2020) [50] | Bifidobacterium | Bacteroides | Lactobacillus | Fusobacteria a ↓ | Escherichia-Shigella | |||
| Gardnerella | Parabacteroides | Faecalibacterium | |||||||
| Alistipes | Lachnospiraceae a ↑ | ||||||||
| Roseburia ↑ | |||||||||
| IUI failure | Amato (2020) [46] | Bifidobacteriaceae a ↑ | Lactobacillaceae a ↓ | ||||||
| Idiopathic infertility | Campisciano (2017) [29] | Actinobacteria a ↑ | Bacteroidia a | Bacilli a | Gammaproteobacteria a | Tenericutes a | |||
| Clostridia a | |||||||||
| PCOS | Tu (2020) [25] | Gardnerella | Prevotella ↑ | Lactobacillus | Sneathia | Escherichia-Shigella | Ureaplasma | ||
| Atopobium | Porphyromonas ↑ | Streptococcus | Fusobacterium | Campylobacter | Mycoplasma ↑ | ||||
| Bifidobacterium | Aerococcus | Acinetobacter | |||||||
| Corynebacterium | Dialister | ||||||||
| Lawsonella | Peptoniphilus ↑ | ||||||||
| Finegoldia | |||||||||
| Anaerococcus | |||||||||
| Veillonella | |||||||||
| Megasphaera | |||||||||
| Peptostreptococcus | |||||||||
| Varibaculum | |||||||||
| Staphylococcus | |||||||||
| Ezakiella | |||||||||
| Intrauterine adhesion | Liu (2019) [37] | Actinobacteria a | Bacteroidetes a ↑ | Firmicutes a | Proteobacteria a | ||||
a
Unknown genera.