TABLE 3.
Detection of Streptococcus pneumoniae in clinical isolates of oral streptococci by PCR and LAMP methods
| Isolate no. | Results of:
|
Identificationd | Results ofe:
|
||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| API testa | Optochin testb | Bile testc | PCR
|
LAMP | |||
| lytA | ply | ||||||
| 1 | S. oralis | − | + | S. oralis | − | + | − |
| 2 | S. mitis | − | + | S. mitis | + | − | − |
| 3 | S. mitis | − | + | S. mitis | − | + | − |
| 4 | S. mitis | − | + | S. mitis | − | + | − |
| 5 | S. mitis | − | + | S. mitis | − | + | − |
| 6 | S. oralis | − | + | S. oralis | − | + | − |
| 7 | S. mitis | − | + | S. mitis | − | + | − |
| 8 | S. mitis | − | + | S. mitis | − | + | − |
| 9 | S. mitis | − | + | S. mitis | − | + | − |
| 10 | S. mitis | − | − | S. mitis | − | + | − |
| 11 | S. mitis | − | − | S. mitis | − | + | − |
| 12 | S. pneumoniae | + | + | S. pneumoniae | + | + | + |
| 13 | S. pneumoniae | + | + | S. pneumoniae | + | + | + |
| 14 | S. pneumoniae | + | + | S. pneumoniae | + | + | + |
| 15 | Not identified | − | − | Streptococcus species | + | − | − |
| 16 | S. mitis | − | − | S. mitis | − | + | − |
| 17 | S. mitis | − | + | S. mitis | − | + | − |
| 18 | S. oralis | − | − | S. oralis | − | + | − |
| 19 | S. pneumoniae | + | + | S. pneumoniae | + | + | + |
| 20 | S. mitis | − | − | S. mitis | + | − | − |
| 21 | S. mitis | − | + | S. mitis | − | + | − |
| 22 | S. mitis | − | + | S. mitis | − | + | − |
| 23 | S. mitis | − | + | S. mitis | − | + | − |
| 24 | S. mitis | − | + | S. mitis | − | + | − |
| 25 | S. mitis | − | − | S. mitis | + | − | − |
a
Classification based on the API 20 Strep test.
b
+, optochin sensitive; −, optochin resistant.
c
+, bile soluble; −, bile insoluble.
d
Identification via consideration of all three conventional identification methods: API 20 Strep testing, optochin sensitivity, and bile solubility.
e
+, amplification occurred; −, amplification did not occur.