Table 3.
cag pathogenicity island (cagPAI) genotyping of H. pylori strains isolated from Alaskans, 1998–2005 and 2011–2013
| cagPAI gene | Total (n=263) | No/mild gastritis (n=22) | Moderate gastritis (n=121) | Severe gastritis (n=40) | PUD* (n=38) | IM* (n=30) | GC* (n=12) | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| P-value clinical spectrum | P-value gastritis vs PUD vs. IM/GC | P-value IM/GC vs others | |||||||||
| cagPAI left end | 159 (60 %) | 11 (50 %) | 70 (58 %) | 22 (55 %) | 23 (61 %) | 22 (73 %) | 11 (92 %) | 0.03 | 0.02 | 0.007 | |
| cagPAI right end | 156 (59 %) | 11 (50 %) | 67 (55 %) | 22 (55 %) | 23 (61 %) | 22 (73 %) | 11 (92 %) | 0.02 | 0.01 | 0.004 | |
| cagA | 158 (60 %) | 11 (50 %) | 67 (55 %) | 25 (63 %) | 23 (61 %) | 22 (73 %) | 10 (83 %) | 0.02 | 0.06 | 0.02 | |
| cagE | 162 (62 %) | 11 (50 %) | 71 (59 %) | 24 (60 %) | 22 (58 %) | 22 (73 %) | 12 (100 %) | 0.02 | 0.01 | 0.003 | |
| cagT | 158 (60 %) | 11 (50 %) | 68 (56 %) | 23 (58 %) | 22 (58 %) | 22 (73 %) | 12 (100 %) | 0.01 | 0.007 | 0.002 | |
| virD4 | 162 (62 %) | 11 (50 %) | 72 (60 %) | 24 (60 %) | 22 (58 %) | 22 (73 %) | 11 (92 %) | 0.04 | 0.04 | 0.01 | |
| Intact cagPAI† | 150 (57 %) | 11 (50 %) | 63 (52 %) | 22 (55 %) | 22 (58 %) | 22 (73 %) | 10 (83 %) | 0.02 | 0.02 | 0.006 | |
| Partially deleted cagPAI‡ | 21 (8 %) | 0 (0 %) | 15 (12 %) | 3 (8 %) | 1 (3 %) | 0 (0 %) | 2 (17 %) | 0.31 | 0.20 | 0.54 | |
| Completely deleted cagPAI§ | 92 (35 %) | 11 (50 %) | 43 (36 %) | 15 (38 %) | 15 (39 %) | 8 (27 %) | 0 (0 %) | 0.01 | 0.02 | 0.006 | |
| EPIYA | AB | 4 (2 %) | 0 (0 %) | 1 (1 %) | 1 (4 %) | 0 (0 %) | 2 (9 %) | 0 (0 %) | 0.45‖ | 0.69‖ | 0.77‖ |
| ABC | 133 (84 %) | 11 (100 %) | 56 (84 %) | 22 (88 %) | 19 (83 %) | 17 (77 %) | 8 (80 %) | ||||
| ABCC | 15 (9 %) | 0 (0 %) | 9 (13 %) | 1 (4 %) | 1 (4 %) | 3 (14 %) | 1 (10 %) | ||||
| ABD | 3 (2 %) | 0 (0 %) | 1 (1 %) | 0 (0 %) | 2 (9 %) | 0 (0 %) | 0 (0 %) | ||||
| ABCCC | 2 (1 %) | 0 (0 %) | 0 (0 %) | 0 (0 %) | 1 (4 %) | 0 (0 %) | 1 (10 %) | ||||
| ACC | 1 (1 %) | 0 (0 %) | 0 (0 %) | 1 (4 %) | 0 (0 %) | 0 (0 %) | 0 (0 %) | ||||
| B-TPM¶ | EPIYA | 74 | 5 (45 %) | 32 (48 %) | 13 (54 %) | 10 (43 %) | 9 (41 %) | 5 (50 %) | 0.77 | 0.84 | 0.64 |
| EPIYT | 58 | 3 (27 %) | 28 (42 %) | 5 (21 %) | 8 (35 %) | 11 (50 %) | 3 (30 %) | ||||
| Other# | 25 | 3 (27 %) | 7 (10 %) | 6 (25 %) | 5 (22 %) | 2 (9 %) | 2 (20 %) | ||||
Significant P-values are bolded.
*
PUD, peptic ulcer disease; IM, intestinal metaplasia; GC, gastric cancer.
†
Presence of all six cagPAI regions (cagPAI left end, cagPAI right end, cagA, cagE, cagT, virD4).
‡
Presence of ≥1 but <6 cagPAI regions.
§
Absence of all cagPAI regions.
‖
P-values for AB, ABC vs all others.
¶
Tyrosine phosphorylation motif.
#
ESIYT (n=12), EDSIYT (n=6), EDPIYT (n=6) and ESIYA (n=1).