Table 3.
Examples of commercial Mycobacterium identification kit.
|
Technique |
Product | Target gene | Manufacturer | Pathogen(s) detected | Detection time | Detection type | Sensitivity, specificity | Concordance | Ref. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Real-time PCR | AdvanSure™ TB/NTM Detection Kit | MTBC: IS6110 NTM: ITS |
LG Life Sciences | MTB and NTM | 140 min | cultures | NA | 100 % | [66] |
| GENEDIA® MTB/NTM Detection Kit | MTBC: IS6110 NTM: ITS and rpoB |
Green Cross Medical Science Corp | MTB and NTM | 140 min | cultures | NA | 98.8 % | [66] | |
| Real-Q MTB & NTM kit | MTBC: IS6110 NTM: ITS |
BioSewoom, Seoul | MTB and NTM | 135 min | cultures | NA | 98.8 % | [66] | |
| Real Myco-ID® | rpoB | Optipharm | MTBC, M. avium/intracellulare, M. abscessus/massiliense, M. chelonae, M. fortuitum complex, M. ulcerans/marinum, M. kansasii/gastri, M. celatum, M. terrae/nonchromogenicum, M. gordonae/szulgai, and M. mucogenicum | 4 h | cultures | NA | 100 % | [67] | |
| Melting curve analysis | LightCycler® Mycobacterium Detection Kit | 16SrRNA | Roche | M. tuberculosis, M. avium and M. kansasii | 90 min | clinical samples | NA | NA | [68] |
| MeltPro Myco assay (MMCA®) | ITS | Zeesan Biotech | MTBC, M. avium, M. intracellulare, M. absessus, M. chelonae, M. kansasii, M. fortuitum, M. gordonae, M. scrofulaceum/intracellulare, M. malmoense, M. interjectum, M. szulgai, M. marinum/ulcerans, and M. xenopi, M. simiae, M. terrae, M. nonchromogenicum, M. malmoense, M. lentiflavum, M. bovis/BCG |
4 h | clinical samples | NA | NA | [69] | |
| Biochip assay | Mycobacterial Species Identification Kit | 16SrRNA | CapitalBio | M. tuberculosis, M. intracellulare, M. chelonae/abscessus, M. kansasii, M. avium, M. gordonae, M. fortuitum, M. scrofulaceum, M. gilvum, M. terrae, M. phlei, M. nonchromogenicum, M. marinum/ulcerans, M. aurum, M. szulgai/malmoense, M. xenopi, and M. smegmatis | 6 h | clinical samples | 82 %, 99.6 % |
NA | [70] |
| Line Probe assay | INNO-LiPA Mycobacteria V2 assay |
ITS | Innogenetics | MTBC, M. avium, M. intracellulare, M. scrofulaceum, M. kansasii, M. xenopi, M. chelonae, M. gordonae, M. fortuitum complex, M. malmoense, M. genavense, M. simiae, M. smegmatis, M. haemophilum, M. marinum/ulcerans and M. celatum | 2 h | cultures | 100 %, 94.4 % |
NA | [71] |
| GenoType Mycobacterium CM/AS assay | 23SrRNA | Hain Lifescience GmbH | CM: MTBC, M. avium, M. chelonae, M. abscessus, M. fortuitum, M. gordonae, M. intracellulare, M. scrofulaceum, M. interjectum, M. kansasii, M. malmoense, M. marinum/ulcerans, M. peregrinum, M. xenopi AS: M. simiae, M. mucogrnicum, M. goodii, M. celatum, M. smegmatis, M. genavense, M. lentiflavum, M. szulgai, M. phlei, M. heckeshornense, M. haemophilum, M. kansasii, M. ulcerans, M. gastri, M. asiaticum, M. shimoidei |
CM:6 h AS:5 h |
cultures | 93.7～100 %, 100 %. | NA | [72,73] | |
| GenoType Mycobacterium NTM-DR assay | 23SrRNA | Hain Lifescience GmbH |
M. abscessus subsp. abscessus, M. abscessus subsp.massiliense, M. abscessus subsp. Bolletii, M. chelonae, M. avium, M. intercelleulare, M. chimaera |
5 h | cultures | 100 %, 100 % |
100 % | [74] | |
| Speed-oligo Mycobacteria assay | 16SrRNA and ITS | Vircell | MTBC, M. abscessus, M. marinum/ulcerans complex, M. kansasii, M. xenopi, M. intracellulare, M. avium, M. scrofulaceum, M. malmoense, M. gordonae, M. interjectum, M. chelonae, M. fortuitum and M. peregrinum |
2 h30 min | cultures | NA | 93.5 % | [75] | |
| AdvanSure Mycobacteria GenoBlot assay | ITS | LG Life Sciences Inc. | MTBC, M. avium, M. intracellulare, M. scroflaceum, M. abscessus, M. chelonae, M. kansasii, M. szulgai, M. gordonae, M. celatum, M. marinum/ulcerans, M. simiae, M. lentiflavum/genavense, M. xenopi, M. smegmatis, M. malmoense, M. gastri, M. flavescennse, M. vaccae, M. fortuitum complex |
NA | clinical samples | 100 %, 98.5 % |
89.7 % | [76] | |
| PCR-reverse blot hybridization assay | MolecuTech REBA Myco-ID® | rpoB | YD Diagnostics | MTBC, M. avium, M. intracellulare, M. scroflaceum, M. abscessus, M. massilience, M. chelonae, M. fortuitum complex, M. marinum/ulcerans, M. kansasii, M. genavense/simiae, M. celatum, M. terrae/nonchromogenicum, M. gordonae, M. szulgai, M. mucogenicum, and M. aubagnense |
NA | cultures | NA | 94.3 % | [67,77] |
| PCR-REBA Myco-ID | 16S rRNA | Yaneng BioSciences | MTB, M. smegmatis, M. intracellulare, M. kansasii, M. chelonae, M. marinum, M. fortuitum, M. terrae, M. nonchromogenicum, M. avium, M. scrofulaceum, M. abscessus, M. xenopi, M. gilvum, M. phlei, M. triviale, M. gordonae, M. gastri, M. vaccae, M. szulgai, M. diernhoferi, M. simiae | 4 h | clinical samples | 99 %, 100 % |
NA | [78] | |
| Myco-Panel | NA | Medical & Biological Laboratories Co., Ltd. | M. tuberculosis var. tuberculosis, M. tuberculosis var. BCG, M. avium, M. intracellulare, M. kansasii, M. abscessus subsp. abscessus, M. abscessus subsp. bolletii, M. abscessus subsp. massiliense, M. chelonae, M. gordonae, M. xenopi, M. fortuitum, M. szulgai, M. marinum/ulcerans, M. scrofulaceum, M. simiae, M. asiaticum, M. lentiflavum, M. nonchromogenicum, M. shimoidei, M. terrae, M. shinjukuense, M. mucogenicum, M. peregrinum, M. triviale, M. malmoense, M. chimaera, and M. heckeshornense | NA | clinical samples and cultures |
NA | 83.1 % | [79] | |
| DNA-DNA hybridization test | Genotype CM Direct® (GTCMD) | NA | Bruker, Billerica | MTBC, M. avium, M. intracellulare, M. absessus complex, M. chelonae, M. kansasii, M. fortuitum group, M. gordonae, M. scrofulaceum/intracellulare, M. malmoense, M. interjectum, M. szulgai, M. marinum/ulcerans, and M. xenopi | NA | clinical samples | 89.2 %, 81.5 % |
NA | [80] |
| VisionArray MyCo®(VAM) 2.0 |
NA | ZytoVision, | MTBC, M. avium complex, M. chimaera, M. absessus complex, M. chelonae, M. kansasii, M. fortuitum, M. gordonae, M. malmoense, M. scrofulaceum/parascrofulaceum, M. haemophilum, M. genavense, M. marinum/ulcerans, M. smegmatis, M. simiae, and M. xenopi | NA | clinical samples | 73.0 %, 96.3 % |
NA | [80] |