. 2024 Jul 16;90(8):e01497-23. doi: 10.1128/aem.01497-23

TABLE 5.

Characteristic SNPs in the NTD and RBM amplicon regions associated with SARS-CoV-2 VOC^a^,^b

	Alpha B.1.1.7	Beta B.1.351	Gamma P.1	Delta AY.X	Omicron BA.1
A67V	^—	^—	^—	^—	⁺
Δ69/70	⁺	^—	^—	^—	⁺
D80A	^—	⁺	^—	^—	^—
T95I	^—	^—	^—	⁺	⁺
D138Y	^—	^—	⁺	^—	^—
G142D	^—	^—	^—	⁺	⁺
Δ144	⁺	^—	^—	^—	^—
Δ143/145	^—	^—	^—	^—	⁺
E156G	^—	^—	^—	⁺	^—
Δ157/158	^—	^—	^—	⁺	^—
K417N	^—	⁺	^—	^—	⁺
K417T	^—	^—	⁺	^—	^—
N440K	^—	^—	^—	^—	⁺
G446S	^—	^—	^—	^—	⁺
L452R	^—	^—	^—	⁺	^—
S477N	^—	^—	^—	^—	⁺
T478K	^—	^—	^—	⁺	⁺
E484A	^—	^—	^—	^—	⁺
E484K	^—	⁺	⁺	^—	^—
Q493R	^—	^—	^—	^—	⁺
G496S	^—	^—	^—	^—	⁺
Q498R	^—	^—	^—	^—	⁺
N501Y	⁺	⁺	⁺	^—	⁺

^{^a}

SNP prevalence information was sourced from https://outbreak.info on 8 December 2021. BA.1 sequences are highly in flux; therefore, SNPs associated with this variant are subject to change as more sequences are reported. The table is intended as a reference only and is not exhaustive.

^{^b}

+, SNP observed at >75% prevalence of lineage sequences; —, SNP observed at <75% prevalence of lineage sequences.