REAGENT or RESOURCE	SOURCE	IDENTIFIER
Antibodies
Living Colors JL-8 primary monoclonal antibody	Takara Bio	Cat#632381; RRID: AB_2313808
Goat anti-mouse HRP secondary antibody	Thermo Scientific	Prod#31430; RRID: AB_2548904
Bacterial and virus strains
Escherichia coli OP50	Caenorhabditis Genetics Center	WB OP50: RRID: WB-STRAIN: OP50; NCBI TaxID: 637912; DC199
Pseudomonas aeruginosa PAO1	Shuman Lab (University of Chicago)	PAO1; DC3
Acetobacteraceae sp.	BEI Resources	HM-648
Achromobacter xylosoxidans	BEI Resources	HM-235
Acidaminococcus sp.	BEI Resources	HM-81
Acidaminococcus sp.	BEI Resources	HM-853
Acinetobacter radioresistens	BEI Resources	HM-107
Actinomyces cardiffensis	BEI Resources	HM-147
Actinomyces gerencseriae	BEI Resources	HM-97
Actinomyces graevenitzii	BEI Resources	HM-236
Actinomyces israelii	BEI Resources	HM-98
Actinomyces johnsonii	BEI Resources	HM-1070
Actinomyces massiliensis	BEI Resources	HM-814
Actinomyces neuii	BEI Resources	HM-1266
Actinomyces odontolyticus	BEI Resources	HM-94
Actinomyces sp.	BEI Resources	HM-1090
Actinomyces sp.	BEI Resources	HM-146
Actinomyces urogenitalis	BEI Resources	HM-1089
Actinomyces viscosus	BEI Resources	HM-238
Aggregatibacter aphrophilus	BEI Resources	HM-206
Akkermansia sp.	BEI Resources	HM-844
Alloscardovia omnicolens	BEI Resources	HM-1282
Anaerococcus hydrogenalis	BEI Resources	HM-1292
Anaerococcus lactolyticus	BEI Resources	HM-1034
Anaerostipes sp.	BEI Resources	HM-220
Arcobacter butzleri	BEI Resources	HM-298
Arthrobacter albus	BEI Resources	HM-1152
Atopobium parvulum	BEI Resources	HM-1035
Atopobium parvulum	BEI Resources	HM-1084
Atopobium sp.	BEI Resources	HM-839
Bacteroides caccae	BEI Resources	HM-728
Bacteroides cellulosilyticus	BEI Resources	HM-726
Bacteroides dorei	BEI Resources	HM-717
Bacteroides eggerthii	BEI Resources	HM-210
Bacteroides finegoldii	BEI Resources	HM-727
Bacteroides fragilis	BEI Resources	HM-20
Bacteroides fragilis	BEI Resources	HM-709
Bacteroides ovatus	BEI Resources	HM-222
Bacteroides salyersiae	BEI Resources	HM-725
Bacteroides sp.	BEI Resources	HM-18
Bacteroides stercoris	BEI Resources	HM-1036
Bacteroides vulgatus	BEI Resources	HM-720
Bacteroidetes	BEI Resources	HM-4
Bifidobacterium adolescentis	BEI Resources	HM-633
Bifidobacterium angulatum	BEI Resources	HM-1189
Bifidobacterium breve	BEI Resources	HM-856
Bifidobacterium longum	BEI Resources	HM-846
Bifidobacterium sp.	BEI Resources	HM-30
Campylobacter coli	BEI Resources	HM-296
Campylobacter upsaliensis	BEI Resources	HM-297
Capnocytophaga ochracea	BEI Resources	HM-15
Capnocytophaga sp.	BEI Resources	HM-840
Capnocytophaga sputigena	BEI Resources	HM-1037
Cardiobacterium valvarum	BEI Resources	HM-477
Catabacter hongkongensis	BEI Resources	HM-1192
Citrobacter portucalensis	BEI Resources	HM-299
Citrobacter sp.	BEI Resources	HM-34
Clostridiales bacterium	BEI Resources	HM-1098
Clostridiales bacterium	BEI Resources	HM-793
Clostridiales sp.	BEI Resources	HM-1182
Clostridium bolteae	BEI Resources	HM-318
Clostridium cadaveris	BEI Resources	HM-1039
Clostridium cadaveris	BEI Resources	HM-1041
Clostridium citroniae	BEI Resources	HM-315
Clostridium clostridioforme	BEI Resources	HM-306
Clostridium difficile	BEI Resources	HM-745
Clostridium difficile	BEI Resources	HM-746
Clostridium difficile	BEI Resources	HM-88
Clostridium innocuum	BEI Resources	HM-173
Clostridium orbiscindens	BEI Resources	HM-1044
Clostridium orbiscindens	BEI Resources	HM-303
Clostridium sp.	BEI Resources	HM-287
Clostridium sp.	BEI Resources	HM-36
Clostridium symbiosum	BEI Resources	HM-309
Collinsella sp.	BEI Resources	HM-304
Coprobacillus sp.	BEI Resources	HM-85
Coprococcus sp.	BEI Resources	HM-794
Corynebacterium amycolatum	BEI Resources	HM-109
Corynebacterium sp.	BEI Resources	HM-1295
Corynebacterium sp.	BEI Resources	HM-784
Corynebacterium tuscaniense	BEI Resources	HM-1153
Deinococcus grandis	BEI Resources	HM-111
Dermabacter sp.	BEI Resources	HM-857
Dorea formicigenerans	BEI Resources	HM-300
Eggerthella sp.	BEI Resources	HM-1099
Enterococcus faecalis	BEI Resources	HM-432
Enterococcus faecium	BEI Resources	HM-968
Erysipelotrichaceae sp.	BEI Resources	HM-180
Escherichia coli	BEI Resources	HM-340
Escherichia coli	BEI Resources	HM-341
Escherichia sp.	BEI Resources	HM-38
Eubacterium infirmum	BEI Resources	HM-369
Eubacterium sp.	BEI Resources	HM-766
Facklamia sp.	BEI Resources	HM-289
Faecalibacterium prausnitzii	BEI Resources	HM-473
Finegoldia magna	BEI Resources	HM-1285
Fusobacterium gonidiaformans	BEI Resources	HM-1274
Fusobacterium nucleatum	BEI Resources	HM-75
Fusobacterium nucleatum	BEI Resources	HM-260
Fusobacterium sp.	BEI Resources	HM-871
Fusobacterium ulcerans	BEI Resources	HM-57
Gardnerella vaginalis	BEI Resources	HM-1105
Gemella asaccharolytica	BEI Resources	HM-1242
Gemella haemolysans	BEI Resources	HM-239
Gemella morbillorum	BEI Resources	HM-240
Gemella sanguinis	BEI Resources	HM-241
Granulicatella adiacens	BEI Resources	HM-1047
Helicobacter pullorum	BEI Resources	HM-124
Helicobacter pylori	BEI Resources	HM-273
Hungatella hathewayi	BEI Resources	HM-308
Klebsiella oxytoca	BEI Resources	HM-624
Klebsiella pneumoniae	BEI Resources	HM-751
Klebsiella sp.	BEI Resources	HM-354
Klebsiella sp.	BEI Resources	HM-44
Lachnoanaerobaculum sp.	BEI Resources	HM-780
Lactobacillis oris	BEI Resources	HM-560
Lactobacillus crispatus	BEI Resources	HM-375
Lactobacillus gasseri	BEI Resources	HM-399
Lactobacillus gasseri	BEI Resources	HM-647
Lactobacillus iners	BEI Resources	HM-702
Lactobacillus jensenii	BEI Resources	HM-646
Lactobacillus johnsonii	BEI Resources	HM-643
Lactobacillus parafarraginis	BEI Resources	HM-478
Lactobacillus rhamnosus	BEI Resources	HM-106
Leptotrichia goodfellowii	BEI Resources	HM-12
Listeria monocytogenes	BEI Resources	HM-1048
Mageeibacillus indolicus	BEI Resources	HM-1095
Megasphaera micronuciformis	BEI Resources	HM-1172
Microbacterium sp.	BEI Resources	HM-841
Micrococcus luteus	BEI Resources	HM-114
Mobiluncus mulieris	BEI Resources	HM-125
Neisseria flavescens	BEI Resources	HM-115
Neisseria mucosa	BEI Resources	HM-242
Neisseria sp.	BEI Resources	HM-91
Olsenella sp.	BEI Resources	HM-1239
Olsenella uli	BEI Resources	HM-877
Oribacterium sinus	BEI Resources	HM-13
Oscillibacter sp.	BEI Resources	HM-1030
Oxalobacter formigenes	BEI Resources	HM-1
Paenibacillus barengoltzii	BEI Resources	HM-1049
Paenisporosarcina sp.	BEI Resources	HM-788
Parabacteroides goldsteinii	BEI Resources	HM-1050
Parabacteroides merdae	BEI Resources	HM-729
Parvimonas micra	BEI Resources	HM-1052
Parvimonas sp.	BEI Resources	HM-1253
Parvimonas sp.	BEI Resources	HM-207
Peptoniphilus lacrimalis	BEI Resources	HM-1161
Peptoniphilus sp.	BEI Resources	HM-825
Peptoniphilus sp.	BEI Resources	HM-263
Peptostreptococcaceae bacterium	BEI Resources	HM-483
Peptostreptococcus sp.	BEI Resources	HM-1051
Phascolarctobacterium sp.	BEI Resources	HM-179
Plesiomonas sp.	BEI Resources	HM-791
Porphyromonas gingivalis	BEI Resources	HM-1071
Porphyromonas gingivalis	BEI Resources	HM-1073
Porphyromonas sp.	BEI Resources	HM-1064
Porphyromonas sp.	BEI Resources	HM-781
Porphyromonas uenonis	BEI Resources	HM-130
Prevotella amnii	BEI Resources	HM-138
Prevotella bivia	BEI Resources	HM-1165
Prevotella bivia	BEI Resources	HM-1270
Prevotella bivia	BEI Resources	HM-1286
Prevotella buccae	BEI Resources	HM-45
Prevotella corporis	BEI Resources	HM-1294
Prevotella denticola	BEI Resources	HM-1173
Prevotella denticola	BEI Resources	HM-208
Prevotella disiens	BEI Resources	HM-1171
Prevotella histicola	BEI Resources	HM-471
Prevotella melaninogenica	BEI Resources	HM-80
Prevotella nigrescens	BEI Resources	HM-271
Prevotella oralis	BEI Resources	HM-1054
Prevotella oralis	BEI Resources	HM-849
Prevotella oris	BEI Resources	HM-93
Prevotella sp.	BEI Resources	HM-1103
Prevotella sp.	BEI Resources	HM-16
Prevotella sp.	BEI Resources	HM-5
Prevotella timonensis	BEI Resources	HM-136
Prevotella veroralis	BEI Resources	HM-92
Propionibacterium acidifaciens	BEI Resources	HM-8
Propionibacterium acnes	BEI Resources	HM-491
Propionibacterium propionicum	BEI Resources	HM-209
Propionibacterium sp.	BEI Resources	HM-843
Pseudomonas sp.	BEI Resources	HM-860
Psychrobacter sp.	BEI Resources	HM-332
Ralstonia sp.	BEI Resources	HM-158
Rhodococcus erythropolis	BEI Resources	HM-116
Rothia aeria	BEI Resources	HM-818
Rothia dentocariosa	BEI Resources	HM-245
Rothia mucilaginosa	BEI Resources	HM-1055
Ruminococcaceae sp.	BEI Resources	HM-79
Ruminococcus gnavus	BEI Resources	HM-1056
Ruminococcus lactaris	BEI Resources	HM-1057
Scardovia wiggsiae	BEI Resources	HM-470
Selenomonas noxia	BEI Resources	HM-270
Selenomonas sp.	BEI Resources	HM-564
Shigella sp.	BEI Resources	HM-87
Shuttleworthia sp.	BEI Resources	HM-882
Sneathia amnii	BEI Resources	NR-50515
Solobacterium moorei	BEI Resources	HM-1058
Solobacterium moorei	BEI Resources	HM-1059
Sporosarcina sp.	BEI Resources	HM-331
Staphylococcus aureus	BEI Resources	HM-466
Staphylococcus capitis	BEI Resources	HM-117
Staphylococcus caprae	BEI Resources	HM-143
Staphylococcus epidermidis	BEI Resources	HM-140
Staphylococcus haemolyticus	BEI Resources	HM-1164
Staphylococcus hominis	BEI Resources	HM-119
Staphylococcus lugdunensis	BEI Resources	HM-141
Staphylococcus warneri	BEI Resources	HM-120
Stomatobaculum longum	BEI Resources	HM-480
Streptococcus anginosus	BEI Resources	HM-282
Streptococcus cristatus	BEI Resources	HM-163
Streptococcus downei	BEI Resources	HM-475
Streptococcus gallolyticus	BEI Resources	HM-272
Streptococcus intermedius	BEI Resources	HM-368
Streptococcus mitis	BEI Resources	HM-262
Streptococcus parasanguinis	BEI Resources	HM-1060
Streptococcus pneumoniae	BEI Resources	HM-145
Streptococcus salivarius	BEI Resources	HM-121
Streptococcus sobrinus	BEI Resources	HM-1063
Streptococcus sp.	BEI Resources	HM-885
Streptococcus vestibularis	BEI Resources	HM-561
Sutterella wadsworthensis	BEI Resources	HM-852
Tissierellia bacterium	BEI Resources	HM-1096
Treponema denticola	BEI Resources	HM-569
Treponema denticola	BEI Resources	HM-575
Varibaculum cambriense	BEI Resources	HM-1190
Veillonella atypica	BEI Resources	HM-1301
Veillonella montpellierensis	BEI Resources	HM-1157
Veillonella sp.	BEI Resources	HM-778
Weissella cibaria	BEI Resources	HM-1200
Chemicals, peptides, and recombinant proteins
Levamisole	Fisher Scientific	Cat#ICN15522805
Cholesterol	MP Biomedicals	Cat#101382
Powdered nonfat milk	Research Products International	M17200-1000
Tween 20	Fisher BioReagents	Cat#BP337-100
Trans-Blot Turbo Midi-size Transfer Stacks	BioRad	Cat#1704273
Trans-Blot Turbo Midi-size PDVF membrane	BioRad	Cat#10026933
Trans-Blot Turbo 5× transfer buffer	BioRad	Cat#10026938
Criterion XT Precast Gel	BioRad	Cat#3450124
XT 4× Sample Buffer	BioRad	Cat#1610791
20× Reducing Agent	BioRad	Cat#1610792
XT MOPS	BioRad	Cat#1610788
Clarity Western ECL	BioRad	Cat#1705061
Oxyrase	OXYRASE	Cat#OB-0100
Experimental models: organisms/strains
C. elegans: Strain AM738: rmIs297[vha-6p::q44::yfp; rol-6(su1006)]	Morimoto Lab (Northwestern University)	AM738; intestinal polyQ44
C. elegans: Strain 712: rmIs281[vha-6p::q33::yfp; rol-6(su1006	Morimoto Lab (Northwestern University)	AM712; intestinal polyQ33
C. elegans: Strain AM141: rmIs133[unc-54p::q40::yfp]	Morimoto Lab (Northwestern University)	AM141; muscle polyQ40
C. elegans: Strain AM140: rmIs132[unc-54p::q35::yfp]	Morimoto Lab (Northwestern University)	AM140; muscle polyQ35
C. elegans: Strain AM134: rmIs126[unc-54p::q0::yfp]	Morimoto Lab (Northwestern University)	AM134; muscle polyQ0
C. elegans: Strain AM101: rmIs110[F25B3.3p::q40::yfp]	Morimoto Lab (Northwestern University)	AM101; neuronal polyQ40
C. elegans: Strain AM52: rmIs182[F25B3.3p::q0::yfp]	Morimoto Lab (Northwestern University)	AM52; neuronal polyQ0
C. elegans: Strain JKM7: Is[myo-3p::Signalpeptide-Abeta(1–42)::hsp-3(IRES)::wrmScarlet-Abeta(1–42)::unc-54(3′UTR)+rps-0p::HygroR]	Kirstein Lab (University of Bremen, Germany)	JKM7; muscle Aβ1-42
C. elegans: Strain JKM8: Ex[myo-3p::wrmScarlet-Abeta::unc-54(3′UTR)+rps-0p::HygroR]	Kirstein Lab (University of Bremen, Germany)	JKM8, no Aβ1-42
C. elegans: Strain DDP1: uonEx1[unc-54::alpha-synuclein::CFP+unc-54::alpha-synuclein::YFP(Venus)]	Caenorhabditis Genetics Center	WB Strain: DDP1 WormBaseID: WBStrain00005628 This paper: α-syn1
C. elegans: Strain NL5901: pkIs2386[unc-54p::alphasynuclein::YFP+unc-119(+)]	Caenorhabditis Genetics Center	WB Strain: NL5901 WormBase ID: WBStrain00029035 This paper: α-syn2
C. elegans: Strain N2	Caenorhabditis Genetics Center	WB Strain: N2 WormBase ID: WBStrain00000001 This paper: WT
C. elegans: Strain CB1301: unc-54(e1301)	Caenorhabditis Genetics Center	WB Strain: CB1301 WormBase ID: WBStrain00004294 This paper: unc-54(ts)
C. elegans: Strain CX51: dyn-1(ky51) X.	Caenorhabditis Genetics Center	WB Strain: CX51 WormBase ID: WBStrain00005217 This paper: dyn-1(ts)
C. elegans: Strain AM446: rmIs223[C12C8.1p::gfp; rol-6(su1006)]	Morimoto Lab (Northwestern University)	AM446; hsp70p::GFP
Software and algorithms
GraphPad Prism v8.4.0	GraphPad Software, Inc	http://www.graphpad.com
BioRender	BioRender	www.biorender.com
RStudio	RStudio Integrated Development for R	http://www.rstudio.com/
BV-BCR	Bacterial and Viral Bioinformatics Resources Center	https://www.bv-brc.org/
Unicycler	N/A	https://doi.org/10.1371/JOURNAL.PCBI.1005595
Prokka	N/A	https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu153
MAFFT	N/A	https://doi.org/10.1093/nar/gkf436
RAxML	N/A	https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu033
Other
Thermo Scientific- Anaeropack	Fisher Scientific	Cat#23-246-376
ProSignal Blotting Film	Prometheus	Cat#30-810L