Table 2.
Summary of nonsynonymous mutations overall and within B- and T-cell epitopes in virus recovered from nasal swabs.
| Group | Experimental Group | Pig ID | Total Nonsynonymous Mutations | Number of Epitopes with Mutations a | |||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2 | SV | 7785 | 6 | 9 HA | |||
| 7791 | 10 | 25 HA | |||||
| 7800 | 4 | 7 HA | |||||
| 7804 | 2 | 4 HA | |||||
| 7809 | 7 | 12 HA | |||||
| 7813 | 2 | - | |||||
| Average | 5.2 | ||||||
| 3 | OIW | 7786 | 32 | 30 HA | 2 NA | 1 M1 | 2 NP |
| 7793 | 5 | 8 HA | |||||
| 7801 | 10 | 18 HA | 2 NA | ||||
| 7805 | 19 | 17 HA | 1 PB2 | 1 NEP/NS1 | |||
| 7810 | 26 | 50 HA | 5 NA | ||||
| 7814 | 11 | 14 HA | |||||
| Average | 17.2 | ||||||
| 4 | αGC | 7787 | 21 | 33 HA | 2 NA | 1 PB1 | |
| 7795 | 2 | 4 HA | |||||
| 7802 | 18 | 15 HA | 3 NA | 3 NP | |||
| 7806 | 4 | 13 HA | |||||
| 7811 | 12 | 14 HA | |||||
| 7815 | 3 | - | |||||
| Average | 10 | ||||||
| 5 | OIWαGC | 7789 | 7 | 23 HA | 1 M1 | ||
| 7796 | 1 | - | |||||
| 7803 | 10 | 33 HA | 1 M1 | ||||
| 7808 | 23 | 26 HA | 2 M1 | 1 PB2 | |||
| 7812 | 11 | 25 HA | 3 NA | ||||
| 7816 | 4 | 13 HA | |||||
| Average | 9.3 | ||||||
a Immune Epitope Database (IEDB) [42].