Table 5.
Interactions of phytochemicals with Acetylcholinesterase, BACE-1 and γ –Secretase proteins.
| Ligand | BA (kcal/mol) | Ki (μM) | Hydrogen bonding | Hydrophobic interactions |
|---|---|---|---|---|
| Acetylcholinesterase | ||||
| P1 | −5.0 | 215 | A:TYR124, A:TYR124 | A:LEU76, A:TYR72, A:TRP286, A:TRP286, A:TRP286, A:HIS287, A:TYR337, A:PHE338, A:TYR341, A:TYR341 |
| P3 | −5.2 | 154 | A:ARG247 | A:PRO235, A:PRO235, A:PRO235, A:PRO235, A:VAL370, A:PRO410, A:PRO537, A:LEU536, A:LEU540, A:CYS409, A:PRO410, A:VAL239, A:VAL300, A:HIS405, A:HIS405, A:HIS405, A:TRP532 |
| P4 | −5.2 | 154 | A:PHE295, A:ARG296 | A:LEU76, A:TRP286, A:TRP286, A:TRP286, A:PHE297, A:PHE338, A:TYR341 |
| P5 | −5.1 | 182 | B:GLN291 | B:TRP286, B:TRP286, B:LEU76, B:TYR72, B:TRP286, B:TRP286, B:TRP286, B:TYR341, B:TYR341 |
| BACE-1 | ||||
| P2 | −5.7 | 66 | A:THR231 | A:LEU30, A:TYR71, A:TRP115, A:TRP115 |
| P4 | −5.2 | 154 | A:ASP228 | A:TYR71, A:TYR71, A:PHE108, A:TYR198 |
| P5 | −6.0 | 40 | A:GLY230 | A:TYR71, A:ILE118, A:TYR71, A:PHE108 |
| P6 | −5.2 | 154 | A:ASP32 | A:VAL332, A:TYR71, A:TYR71, A:PHE108, A:TRP115 |
| γ- Secretase | ||||
| P3 |
−6.0 |
40 |
B:TYR181 |
B:MET228, B:LEU232, B:LEU182, B:LEU182, B:LEU201, B:ILE202, B:LEU201, B:TYR181, B:TYR181, B:PHE205, B:PHE205, B:PHE205, B:PHE205, D:PHE28, D:PHE28. |
|
Standards | ||||
| Acetylcholinesterase | ||||
| SD3 | −8.9 | 0.3 | A:PHE338, A:TYR337 | A:TYR341, A:TRP286, A:TRP286, A:TYR341, A:TYR72, A:TYR72, A:TRP286 |
| BACE-1 | ||||
| SD4 | −4.2 | 984 | A:ASP32, A:GLY34 | A:TYR71 [o], A:TYR71, A:PHE108 |
| γ- Secretase | ||||
| SD5 | −7.6 | 3 | B:ASN204, B:LEU201 | B:LEU182 |
BA-binding affinity, [o]- other interaction. Donepezil –SD3, Atabecestat SD4, Semagacestat-SD5.