Table 3.
Bacterial species identification based on 16S rRNA sequence homology compared to the assembled whole genome analyzed using multiple pipelines and databases.
| Sample ID | 16s rRNA * | MLST | PubMLST | TYGS | RAPT | DFAST | Conclusion |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BN1956 | M. mucogenicum | Mycobacteria | M. phocaicum | Potential new species | Inconclusive | Inconclusive | M. mucogenicum subsp. phocaicum sp. nov. |
| BN1983 | M. chelonae | Mycobacteria | M. chelonae | M. chelonae | M. chelonae | M. chelonae | M. chelonae |
| BN1984 | M. cosmeticum | Mycobacteria | M. cosmeticum | M. cosmeticum | M. cosmeticum | M. cosmeticum | M. cosmeticum |
| BN1985 | M. senegalense | Mycobacteria | M. conceptionense | M. senegalense | M. conceptionense | M. conceptionense | M. conceptionense |
| SNSK5 | M. farcinogenes | Mycobacteria | M. conceptionense | M. senegalense | M. conceptionense | M. conceptionense | M. conceptionense |
| N041 | M. cosmeticum | Mycobacteria | M. cosmeticum | M. cosmeticum | M. cosmeticum | M. cosmeticum | M. cosmeticum |
* based on the work of Dinh-Hung et al. [11].