Table 3.

Correlation analysis between PTPN11 and markers of immune cells in TIMER.

Description	Gene markers	COAD				READ
		None	Purity	None	Purity	None	Purity	None	Purity
		Cor	P	Cor	P	Cor	P	Cor	P
CD8 + T cell	CD8A	0.117	*	0.12	*	0.064	0.415	0.031	0.713
	CD8B	0.042	0.368	0.027	0.587	0.116	0.137	0.081	0.344
T cell (general)	CD3D	-0.004	0.931	-0.018	0.714	-0.045	0.568	-0.112	0.188
	CD3E	0.076	0.105	0.085	0.089	0.004	0.963	-0.061	0.479
	CD2	0.133	**	0.148	**	0.128	0.100	0.103	0.228
B cell	CD19	-0.009	0.853	-0.017	0.736	-0.102	0.190	-0.114	0.182
	CD79A	0.033	0.482	0.035	0.487	-0.01	0.899	-0.044	0.611
Monocyte	CD86	0.227	***	0.237	***	0.258	***	0.235	**
	CD115 (CSF1R)	0.159	***	0.153	**	0.063	0.419	-0.009	0.917
TAM	CCL2	0.238	***	0.237	***	0.193	*	0.177	*
	CD68	0.095	*	0.113	*	0.035	0.650	-0.017	0.842
	IL10	0.117	*	0.125	*	0.020	0.799	-0.066	0.442
M1 Macrophage	INOS (NOS2)	-0.067	0.151	-0.046	0.351	0.050	0.526	0.058	0.501
	IRF5	0.062	0.184	0.082	0.099	0.010	0.612	0.066	0.441
	COX2(PTGS2)	0.194	***	0.174	***	0.316	***	0.269	**
M2 Macrophage	CD163	0.257	***	0.264	***	0.244	**	0.209	*
	VSIG4	0.094	*	-0.081	0.104	-0.055	0.478	-0.118	0.168
	MS4A4A	0.137	**	0.135	**	0.116	0.137	0.067	0.431
Neutrophils	CD66b (CEACAM8)	-0.244	***	-0.273	***	-0.418	***	-0.393	***
	CD11b (ITGAM)	0.129	***	0.125	*	0.128	0.100	0.096	0.262
	CCR7	0.110	*	0.116	*	0.041	0.598	0.020	0.813
Natural killer cell	KIR2DL1	0.024	0.608	0.013	0.797	0.046	0.558	0.044	0.607
	KIR2DL3	0.056	0.232	0.054	0.282	0.018	0.813	0.014	0.875
	KIR2DL4	0.020	0.663	0.024	0.636	-0.029	0.713	-0.076	0.374
	KIR3DL1	0.055	0.239	0.042	0.401	0.036	0.648	0.024	0.780
	KIR3DL2	0.039	0.408	0.030	0.553	-0.070	0.372	-0.131	0.125
	KIR3DL3	0.013	0.788	0.027	5.81-01	-0.069	0.380	-0.098	0.253
	KIR2DS4	0.080	0.087	0.076	0.128	0.046	0.558	0.044	0.607
Dendritic cell	HLA-DPB1	-0.023	0.626	-0.035	0.483	-0.110	0.159	-0.192	0.024
	HLA-DQB1	-0.015	0.755	-0.041	0.411	-0.151	0.052	-0.172	*
	HLA-DRA	0.059	0.207	0.060	0.280	-0.026	0.742	-0.110	0.195
	HLA-DPA1	0.098	*	0.106	*	0.015	0.844	-0.060	0.480
	BDCA-1(CD1C)	0.063	0.176	0.045	0.365	-0.147	0.059	-0.182	*
	BDCA-4(NRP1)	0.413	***	0.444	***	0.491	***	0.506	***
	CD11c (ITGAX)	0.206	***	0.212	***	0.130	0.095	0.128	0.134
Th1	T-bet (TBX21)	0.166	***	0.178	***	0.132	0.090	0.103	0.230
	STAT4	0.164	***	0.155	**	0.158	*	0.135	0.114
	STAT1	0.359	***	0.382	***	0.527	***	0.489	***
	IFN-γ (IFNG)	0.155	***	0.162	**	0.207	**	0.150	0.078
	TNF-α (TNF)	0.066	0.157	0.083	0.095	0.186	*	0.147	0.083
	IL12A	0.160	***	0.159	**	0.180	*	0.212	*
	IL12B	0.113	*	0.112	*	0.205	**	0.198	*
Th2	GATA3	0.115	*	0.120	*	0.095	0.225	0.034	0.695
	STAT6	0.268	***	0.251	***	0.242	**	0.201	*
	STAT5A	0.184	***	0.190	***	0.068	0.383	0.112	0.190
	IL13	0.112	*	0.113	*	-0.075	0.335	-0.119	0.162
Tfh	BCL6	0.338	***	0.356	***	0.313	***	0.300	***
	IL21	0.075	0.107	0.083	0.096	0.178	*	0.139	0.104
Th17	STAT3	0.489	***	0.511	***	0.554	***	0.544	***
	IL17A	0.012	0.803	0.026	0.601	-0.012	0.873	-0.015	0.857
Treg	FOXP3	0.165	***	0.019	***	0.103	0.186	0.070	0.410
	CCR8	0.305	***	0.325	***	0.322	***	0.341	***
	STAT5B	0.529	***	0.543	***	0.574	***	0.620	0.000
	TGFβ (TGFB1)	0.079	0.092	0.071	0.156	-0.087	0.262	-0.171	*
T cell exhaustion	PD-1 (PDCD1)	0.053	0.256	0.066	0.185	-0.015	0.846	-0.094	0.269
	PDL1(CD274)	0.245	***	0.247	***	0.340	***	0.308	***
	CTLA4	0.195	***	0.212	***	0.289	***	0.226	**
	LAG3	0.099	*	0.114	*	0.014	0.858	0.038	0.657
	TIM-3 (HAVCR2)	0.169	***	0.165	***	0.125	0.110	0.086	0.316
	GZMB	0.083	0.076	0.087	0.079	-0.043	0.585	-0.040	0.637

COAD colon adenocarcinoma; READ rectum adenocarcinoma; TAM tumor-associated macrophage; Th, T helper cell; Tfh, Follicular helper T cell; Treg, regulatory T cell; Cor, R value of Spearman’s correlation; None, correlation without adjustment; Purity; correlation adjusted by purity. *P < 0.05; **P < 0.01; ***P < 0.001