Table 4.

Annotation results: Total contigs, Contigs w. Blast hits, Contigs with hits within Magnoliopsida, Contigs annotated with GO-Terms.

Species name	Sample ID	Contigs	Total hits	% hits	Hits within Magnoliopsida	% of hits within Magnoliopsida	Hits within Magnoliopsida annotated w. GO-terms.	% of hits annotated with GO-terms
Agrostemma githago L.	P451_124	112989	32988	29,2	20866	63,3	20287	61,5
Atocion armeria (L.) Raf.	P451_102	58474	19867	34,0	17620	88,7	17095	86,0
Atocion rupestre (L.) Oxelman	P451_121	82529	22919	27,8	19323	84,3	18769	81,9
Eudianthe laeta Rchb. ex Willk.	P451_128	67976	23028	33,9	17712	76,9	17235	74,8
Heliosperma macranthum Pančić	P451_115	65136	21571	33,1	18761	87,0	18219	84,5
Petrocoptis crassifolia Rouy	P451_126	88757	28312	31,9	18450	65,2	17956	63,4
Silene acaulis (L.) L.	P451_125	91333	28269	31,0	20578	72,8	19894	70,4
Silene ajanensis (Regel & Tiling) Vorosch	BOX5120	87421	34298	39,2	19899	58,0	19306	56,3
Silene assyriaca Hausskn. & Bornm. ex Lazkov	P451_103	41395	22079	53,3	19076	86,4	18636	84,4
Silene atocioides Boiss.	P451_104	36083	18787	52,1	15639	83,2	15307	81,5
Silene behen L.	P451_127	70524	26537	37,6	18152	68,4	17632	66,4
Silene ciliata Pourr.	P451_101	70986	26838	37,8	20113	74,9	19500	72,7
Silene colorata Poir.	P451_105	31586	17927	56,8	15247	85,1	14999	83,7
Silene commelinifolia Boiss.	P451_106	57043	22018	38,6	19018	86,4	18427	83,7
Silene conoidea L.	P1844_105	88259	38833	44,0	21197	54,6	20668	53,2
Silene conoidea L.	P451_107F	26144	16057	61,4	12994	80,9	12770	79,5
Silene dichotoma Ehrh.	P451_135	89354	28533	31,9	19900	69,7	19180	67,2
Silene echinospermoides Hub.-Mor.	P451_111	54081	21180	39,2	18128	85,6	17561	82,9
Silene eriocalycina Boiss.	P451_108F	77185	24085	31,2	20069	83,3	19388	80,5
Silene ertekinii Aydin & Oxelman	P451_109	22451	13538	60,3	12208	90,2	11956	88,3
Silene ertekinii Aydin & Oxelman	P451_110	58149	21005	36,1	18573	88,4	18005	85,7
Silene exsudans Boiss. & Heldr.	P451_129	67199	21650	32,2	17875	82,6	17437	80,5
Silene flos-cuculi L.	P451_112	32538	18865	58,0	16826	89,2	16487	87,4
Silene fraudatrix Meikle	P451_113	18657	12072	64,7	10925	90,5	10733	88,9
Silene involucrata (Cham. & Schltdl.) Bocquet	BOX4909	77296	25367	32,8	22540	88,9	21817	86,0
Silene involucrata (Cham. & Schltdl.) Bocquet subsp. furcata (Raf.) V.V.Petrovsky & Elven	BOX4906	92092	31445	34,1	23750	75,5	23014	73,2
Silene involucrata (Cham. & Schltdl.) Bocquet subsp. involucrata	BOX5115	72828	29968	41,1	19534	65,2	18896	63,1
Silene involucrata (Cham. & Schltdl.) Bocquet subsp. furcata (Raf.) V.V.Petrovsky & Elven	BOX4907	91084	39572	43,4	22355	56,5	21668	54,8
Silene involucrata (Cham. & Schltdl.) Bocquet subsp. tenella (Tolmatchew) Bocquet	BOX4908	80289	27325	34,0	22869	83,7	22129	81,0
Silene laxa Boiss. & Kotschy	P451_114	1852	616	33,3	532	86,4	519	84,3
Silene linneana Voroschilov	BOX4911	59027	23255	39,4	20592	88,5	19920	85,7
Silene muscipula L.	P451_136	90084	26197	29,1	19196	73,3	18655	71,2
Silene noctiflora L.	P451_117	76525	22838	29,8	19390	84,9	18869	82,6
Silene nutans L.	P451_118	64147	26269	41,0	18865	71,8	18278	69,6
Silene odontopetala Fenzl	P451_119	102476	33481	32,7	20585	61,5	19914	59,5
Silene sachalinensis F. Schmidt	BOX5117	74045	26713	36,1	22083	82,7	21425	80,2
Silene sedoides Poir.	P451_122	78619	22727	28,9	18647	82,0	18144	79,8
Silene soczaviana Schischk.	BOX4885	72234	27429	38,0	21580	78,7	20861	76,1
Silene vittata Stapf	P451_123	65215	21172	32,5	18562	87,7	17943	84,7
Viscaria vulgaris Bernh.	P1844_106	73776	28644	38,8	20858	72,8	20201	70,5