Table 2.
Linkage Disequilibrium Coefficients (Δ') | |||||||||
SNP | Genotype Frequency | Variant Allele Frequency | -800 | -509 | Codon 10 | Codon 25 | 713- 8DelC | Codon 263 | |
GG | 564 | ||||||||
-800 | GA | 85 | 0.07 | ||||||
AA | 4 | ||||||||
CC | 280 | ||||||||
-509 | CT | 310 | 0.33 | -0.53*** | |||||
TT | 63 | ||||||||
Codon 10 | TT | 212 | |||||||
TC | 337 | 0.41 | -0.47*** | 0.88*** | |||||
CC | 97 | ||||||||
Codon 25 | GG | 555 | |||||||
GC | 92 | 0.08 | -0.66** | -0.44*** | 0.48*** | ||||
CC | 5 | ||||||||
713- 8delC | CC | 626 | |||||||
C - | 18 | 0.04 | -0.61 | -0.77** | -0.80*** | -1.00** | |||
- - | 0 | ||||||||
Codon 263 | CC | 369 | |||||||
CT | 242 | 0.01 | -0.25 | 0.46*** | 0.50*** | -0.32 | -1.00** | ||
TT | 41 | ||||||||
C861-20T | CC | 608 | |||||||
CT | 43 | 0.25 | -0.26 * | 0.007 | -0.10* | -0.37** | 0.22* | -0.49** | |
TT | 2 |
* P <0.05, ** P < 0.01, *** P <0.001