Table 2.
Primers used for mutagenesis of P domain loops
| Name | Sequence (5ʹ-3ʹ)* | Length (nt) | Sense |
|---|---|---|---|
| L1-Ast89-F |
CATGACCGTGGTAgTGCAAGCTATCCGGGTAaCAa CgcCAcTAATGTTCTGcAAtTtTGGTATGCCAGCGC |
71 | + |
| L1-Ast89-R |
GCGCTGGCATACCAaAaTTgCAGAACATTAgTGgcG tTGtTACCCGGATAGCTTGCAcTACCACGGTCATG |
71 | - |
| L2-Ast89-F1 |
CTGTGGTATGCCAaCGCAGGTAGCGCAatCGA TAATCCGATTAGCCAGgTTGCACCGGATG |
61 | + |
| L2-Ast89-R1 |
CATCCGGTGCAAcCTGGCTAATCGGATTA TCGatTGCGCTACCTGCgTTGGCATACCACAG |
61 | - |
| L2-Ast89-F2 |
GAGCTTTGTTCCGTTTAaCGGCcCCggCaTTCCGgCC GCAGGTTGGGTTGGTTTTGG |
57 | + |
| L2-Ast89-R2 |
CCAAAACCAACCCAACCTGCGGcCGGAAtGccGGg GCCGtTAAACGGAACAAAGCTC |
57 | − |
| L3-Ast89-F |
GGTATTTGGAATAGCAaCAgTGGTGCACCGaaTGT TACCACCGTGCAGGCATATGAACTGGGTTTTG |
67 | + |
| L3-Ast89-R |
CAAAACCCAGTTCATATGCCTGCACGGTGGTAACA ttCGGTGCACCAcTGtTGCTATTCCAAATACC |
67 | − |
| L4-Ast89-F |
CATATGAACTGGGTTTTGCAACAGGTGCACCGgGC AATCtGCAGCCGACCACCACCACCTCAGGTGC |
67 | + |
| L4-Ast89-R |
GCACCTGAGGTGGTGGTGGTCGGCTGCaGATTGCc CGGTGCACCTGTTGCAAAACCCAGTTCATATG |
67 | − |
| L5-Ast89-F |
GCCAAAAGCATTTATGcTGTTGtCACCGGTAcTgc TCAGaatcCCGCAGGTCTGTTTGTTATGGC |
65 | + |
| L5-Ast89-R |
GCCATAACAAACAGACCTGCGGgattCTGAgcAgT ACCGGTGaCAACAgCATAAATGCTTTTGGC |
65 | − |
* Lowercase indicated the modified nucleotides respect to RHDVGI.2/b wild type sequence.