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. 2025 Mar;195(3):542–560. doi: 10.1016/j.ajpath.2024.11.003

Table 1.

Primer Sequences for Quantitative RT-PCR Analysis

Gene symbol Species Forward primer Reverse primer
Adgre1 Mouse 5′-TGACTCACCTTGTGGTCCTAA-3′ 5′-CTTCCCAGAATCCAGTCTTTCC-3′
Nlrp3 Mouse 5′-GGAGAGACCTTTATGAGAAAGCAA-3′ 5′-GCTGTCTTCCTGGCATATCACA-3′
Casp1 Mouse 5′-AACACTTTGAAGTGCCCAAGC-3′ 5′-CACTCCTTGTTTCTCTCCACG-3′
Il18 Mouse 5′-CCTTTGAGGCATCCAGGACAA-3′ 5′-CGGGGCCTGAGGATTATAGC-3′
Tnf Mouse 5′-ATGGCCTCCCTCTCATCAGT-3′ 5′-TTTGCTACGACGTGGGCTAC-3′
Ccl2 Mouse 5′-CAGGTCCCTGTCATGCTTCT-3′ 5′-GTGGGGCGTTAACTGCATCT-3′
Ppia Mouse 5′-CCCACCGTGTTCTTCGACAT-3′ 5′-CCAGTGCTCAGAGCTCGAAA-3′
Tgfb1 Mouse 5′-TTGCTTCAGCTCCACAGAGA-3′ 5′-TGGTTGTAGAGGGCAAGGAC-3′
Col1a1 Mouse 5′-GGGGCAAGACAGTCATCGAA-3′ 5′-GAGGGAACCAGATTGGGGTG-3′
Col2a1 Mouse 5′-ACTTGCCAAGACCTGAAACTCTG-3′ 5′-AAACTTTCATGGCGTCCAAGG-3′
Mmp2 Mouse 5′-GCCCCCATGAAGCCTTGTTT-3′ 5′-GGTCATAGTCCTCGGTGGTG-3′
Mmp9 Mouse 5′-CAGCCGACTTTTGTGGTCTTC-3′ 5′-CGGTACAAGTATGCCTCTGCCA-3′
Apoa1 Mouse 5′-GGCAGAGACTATGTGTCCCAGT-3′ 5′-GCTGACTAACGGTTGAACCCAG-3′
Abca1 Mouse 5′-GGAGCCTTTGTGGAACTCTTCC-3′ 5′-CGCTCTCTTCAGCCACTTTGAG-3′
Abcg1 Mouse 5′-GACACCGATGTGAACCCGTTTC-3′ 5′-GCATGATGCTGAGGAAGGTCCT-3′
Nceh1 Mouse 5′-CGGTATTTCTGGAGACAGTGCTG-3′ 5′-GGTGTGTTGAAGTCCAAAGCCTG-3′
Cyp7a1 Mouse 5′-CACCATTCCTGCAACCTTCTGG-3′ 5′-ATGGCATTCCCTCCAGAGCTGA-3′
Cyp8b1 Mouse 5′-GGTACGCTTCCTCTATCGCC-3′ 5′-GAGGGATGGCGTCTTATGGG-3′
Cyp2c70 Mouse 5′-AAGCTCTGATTGACCAGGGAG-3′ 5′-GCCGGGTTTGTTTCCATGTT-3′
Abcb11 Mouse 5′-CCTTGGTAGAGAAGAGGCGACA-3′ 5′-ATGGCTACCCTTTGCTTCTGCC-3′
Srebf1 Mouse 5′-CGACTACATCCGCTTCTTGCAG-3′ 5′-CCTCCATAGACACATCTGTGCC-3′
Scd1 Mouse 5′-GCAAGCTCTACACCTGCCTCTT-3′ 5′-CGTGCCTTGTAAGTTCTGTGGC-3′
Fasn1 Mouse 5′-CACAGTGCTCAAAGGACATGCC-3′ 5′-CACCAGGTGTAGTGCCTTCCTC-3′
Fads2 Mouse 5′-TTCCTGGAGAGCCACTGGTTTG-3′ 5′-GAAGAAGGACTGCTCCACATTGC-3′
Srebf2 Mouse 5′-AGAAAGAGCGGTGGAGTCCTTG-3′ 5′-GAACTGCTGGAGAATGGTGAGG-3′
Hmgcr Mouse 5′-GTGCGTAAGCGCAGTTCCTT-3′ 5′-CACAGTCCTTGGATCCTCCG-3′
Ldlr Mouse 5′-CCAATCGACTCACGGGTTCA-3′ 5′-CAACCACCATTGGGGAGGAG-3′
Pparg1 Mouse 5′-GAAAGACAACGGCAAATCACC-3′ 5′-GGGGGTGATATGTTTGAACCTG-3′
Pparg2 Mouse 5′-TGCTGTTATGGGTGAAACTCTG-3′ 5′-CTGTGTCAACCATGGTAAATTTCTT-3′
Cd36 Mouse 5′-GATGAATGGTTGAGACCCCGT-3′ 5′-ATTTCAGAAGGCAGCAACTTC-3′
Lpl Mouse 5′-GCGTAGCAGGAAGTCTGACCAA-3′ 5′-AGCGTCATCAGGAGAAAGGCGA-3′
Pnpla2 Mouse 5′-ACCTTCGCAATCTCTACCGC-3′ 5′-TGGGTTGGTTCAGTAGGCCA-3′
Hprt1 Mouse 5′-GTTGGGCTTACCTCACTGCT-3′ 5′-TAATCACGACGCTGGGACTG-3′
SREBF2 Human 5′-CTCCATTGACTCTGAGCCAGGA-3′ 5′-GAATCCGTGAGCGGTCTACCAT-3′
HMGCR Human 5′-TGATTGACCTTTCCAGAGCAAG-3′ 5′-CTAAAATTGCCATTCCACGAGC-3′
PPARG1 Human 5′-GACAGGAAAGACAACAGACAAATC-3′ 5′-GGGGTGATGTGTTTGAACCTG-3′
PPARG2 Human 5′-TCCATGCTGTTATGGGTGAA-3′ 5′-TGTGTCAACCATGGTATTTTC-3′
CD36 Human 5′-GGCTGTGACCGGAACTGTG-3′ 5′-AGGTCTCCAACTGGCATTAGAA-3′
FATP5 Human 5′-TGGAGGAGATCCTTCCCAAGC-3′ 5′-TGGTCCCCGAGGTATAGATGAA-3′
FGF21 Human 5′-CTGTGGGTTTCTGTGCTGG-3′ 5′-CCGGCTTCAAGGCTTTCAG-3′
ABCA1 Human 5′-ACCCACCCTATGAACAACATGA-3′ 5′-GAGTCGGGTAACGGAAACAGG-3′
APOB Human 5′-TGCTCCACTCACTTTACCGTC-3′ 5′-TAGCGTCCAGTGTGTACTGAC-3′
APOE Human 5′-GTTGCTGGTCACATTCCTGG-3′ 5′-GCAGGTAATCCCAAAAGCGAC-3′
TM6SF2 Human 5′-GCATTGATGAGCGCCCTAATC-3′ 5′-AGTGGGTCATAGGAGACCTCG-3′
HPRT1 Human 5′-CCTGGCGTCGTGATTAGTGA-3′ 5′-CGAGCAAGACGTTCAGTCCT-3′
FITM2 Human 5′-GTCTGTGCTGCATGAGGTGAA-3′ 5′-CCAGATGAAAGTCAGAATGCCC-3′
BECN1 Human 5′-GAAGACGTGGAAAAGAACCGC-3′ 5′-CAGCCTGAAGTTATTGATTGTGC-3′
ATG3 Human 5′-GCCGTTAAAGAGATCACACTGG-3′ 5′-CATAGCCAAACAACCATAATCGTGG-3′
ATG5 Human 5′-CAGCTCTTCCTTGGAACATC-3′ 5′-GGCTGTGGGATGATACTAATATG-3′
ATG12 Human 5′-CTGCTGGCGACACCAAGAAA-3′ 5′-CGTGTTCGCTCTACTGCCC-3′
LC3 Human 5′-AAGGCGCTTACAGCTCAATG-3′ 5′-CTGGGAGGCATAGACCATGT-3′
SQSTM1 Human 5′-ATCGGAGGATCCGAGTGT-3′ 5′-TGGCTGTGAGCTGCTCTT-3′