Table 4.

Influence of estimated number of sites per sequence on the nucleotide level prediction accuracy (nPC)

Site no/seq	1	2	3	4	5	Default
AlignACE	0.144	0.141	0.134	0.126	0.121	0.144
MEME	0.194	0.186	0.167	0.142	0.114	0.177
MotifSampler	0.126	0.136	0.142	0.148	0.143	0.149