Table 5.

Influence of background Markov models on the nucleotide level prediction accuracy (nPC)

Background sequences	Markov order	0	1	2	3	4	5	Mean
Whole genome	BioProspector	0.174	0.173	0.172	0.174	N/A	N/A	0.173
	MEME	0.152	0.158	0.149	0.157	0.141	0.156	0.152
	MotifSampler	0.146	0.140	0.139	0.143	0.144	0.146	0.143
Intergenic region	BioProspector	0.168	0.173	0.170	0.158	N/A	N/A	0.167
	MEME	0.137	0.136	0.140	0.140	0.141	0.146	0.140
	MotifSampler	0.144	0.151	0.145	0.152	0.150	0.152	0.149