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. 2025 May 3;15:15559. doi: 10.1038/s41598-025-99048-y

Table 3.

Gene communities and their associated genes identified in normal kidney samples through network analysis.

Community Gene symbol (Ensembl ID)
3 SLC35F5 (ENSG00000115084), KHDRBS3 (ENSG00000131773), MCHR1 (ENSG00000128285), BAIAP3 (ENSG00000007516), LACTB (ENSG00000103642), IFT22 (ENSG00000128581), PMPCB (ENSG00000105819), SUCO (ENSG00000094975), GLRB (ENSG00000109738), AP1S1 (ENSG00000106367), HSDL1 (ENSG00000103160), POLQ (ENSG00000051341), PRPH2 (ENSG00000112619), MRPL44 (ENSG00000135900), CAP2 (ENSG00000112186), EHHADH (ENSG00000113790), SMS (ENSG00000102172), MXD1 (ENSG00000059728)
4 APOA1 (ENSG00000118137), KCNIP3 (ENSG00000115041), CEMIP2 (ENSG00000135048), PGLYRP1 (ENSG00000008438), MCM8 (ENSG00000125885), TGM5 (ENSG00000104055), POLR3H (ENSG00000100413), HOMER2 (ENSG00000103942), TSPAN32 (ENSG00000064201), BPIFB9P (ENSG00000125997), IL20RA (ENSG00000016402), CLNK (ENSG00000109684), CLEC4M (ENSG00000104938), TENM1 (ENSG00000009694), BCKDK (ENSG00000103507), CEP250 (ENSG00000126001), MFSD11 (ENSG00000092931), P3H3 (ENSG00000110811), C22orf23 (ENSG00000128346), SLC7A9 (ENSG00000021488), BRD1 (ENSG00000100425), PRMT7 (ENSG00000132600), HOXC8 (ENSG00000037965), MAG (ENSG00000105695), ADGRE2 (ENSG00000127507), G6PC1 (ENSG00000131482), TRHDE (ENSG00000072657), TNNT3 (ENSG00000130595), DNAAF11 (ENSG00000129295), LLGL2 (ENSG00000073350), EHD3 (ENSG00000013016), DDX39A (ENSG00000123136)
5 POPDC3 (ENSG00000132429), COX6A1 (ENSG00000111775), KLF12 (ENSG00000118922), RBM3 (ENSG00000102317), SUMF2 (ENSG00000129103), SP100 (ENSG00000067066), PUS7L (ENSG00000129317), SLC4A11 (ENSG00000088836), DIMT1 (ENSG00000086189), CREBL2 (ENSG00000111269), PLA2G12A (ENSG00000123739), RCBTB2 (ENSG00000136161), FGF14 (ENSG00000102466), RRAS (ENSG00000126458), GALNT15 (ENSG00000131386), PPP2CA (ENSG00000113575), ASPHD2 (ENSG00000128203), DCBLD2 (ENSG00000057019), DYNLRB1 (ENSG00000125971), HLTF (ENSG00000071794), LRRC4B (ENSG00000131409), CUL2 (ENSG00000108094), SKAP2 (ENSG00000005020), WIPI1 (ENSG00000070540), PNO1 (ENSG00000115946), SLC8A2 (ENSG00000118160), CCNP (ENSG00000105219), AQP6 (ENSG00000086159), KDM5A (ENSG00000073614), CDKL5 (ENSG00000008086), EBF3 (ENSG00000108001), BYSL (ENSG00000112578), UTP18 (ENSG00000011260), NDC80 (ENSG00000080986), SORT1 (ENSG00000134243), NDUFS7 (ENSG00000115286), TSGA10 (ENSG00000135951), SLC9A2 (ENSG00000115616), CSDE1 (ENSG00000009307), TREM1 (ENSG00000124731), GSKIP (ENSG00000100744), PHF20 (ENSG00000025293), ARFGEF2 (ENSG00000124198), CCDC88C (ENSG00000015133), NSFL1C (ENSG00000088833), LSR (ENSG00000105699)

The gene communities identified through network analysis in normal kidney samples, categorized as Communities 3, 4, and 5. Each community comprises distinct genes associated with specific biological functions that are essential for maintaining normal kidney physiology, including structural integrity, immune balance, and metabolic pathways. This table lists the gene IDs and corresponding proteins within each community, highlighting their potential roles in normal kidney function.