TABLE 3.
Correlation between beer spoilage ability and the presence of genetic markersa
| Strain no.b | Species | horB | horC | ORF5 | horA | Beer spoilage ability | Strain no. | Species | horB | horC | ORF5 | horA | Beer spoilage ability | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ABBC3 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC34 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC37 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC42 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC43 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC44 | L. brevis | − | − | + | + | + | ||||||||
| ABBC45 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC45C | L. brevis | + | + | + | − | + | ||||||||
| ABBC46 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC56 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC64 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC69 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC70 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC76 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC77 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC78 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC79 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC84 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC85 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC86 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC99 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC100 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC104 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC400 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC402 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC403 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC404 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC405 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC407 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC408 | L. brevis | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC4 | L. brevis | − | − | − | + | − | ||||||||
| ABBC12 | L. brevis | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC36 | L. brevis | − | − | − | + | − | ||||||||
| ABBC65 | L. brevis | − | − | − | + | − | ||||||||
| ABBC67 | L. brevis | − | − | − | + | − | ||||||||
| ABBC406 | L. brevis | − | − | − | + | − | ||||||||
| JCM 1059T | L. brevis | − | − | − | − | − | ||||||||
| DSM 1267 | L. brevis | − | − | − | − | − | ||||||||
| DSM 2647 | L. brevis | − | − | − | − | − | ||||||||
| DSM 20556 | L. brevis | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC44NB | L. brevis | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC45CC | L. brevis | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC46NB | L. brevis | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC64NB | L. brevis | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC104NB | L. brevis | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC400NB | L. brevis | − | − | − | − | − | ||||||||
| DSM 15502T | L. paracollinoides | + | + | + | + | + | ||||||||
| LA3 | L. paracollinoides | + | + | + | + | + | ||||||||
| LA4 | L. paracollinoides | + | + | + | + | + | ||||||||
| LA7 | L. paracollinoides | + | + | + | − | + | ||||||||
| LA8 | L. paracollinoides | + | + | + | − | + | ||||||||
| LA9 | L. paracollinoides | + | + | + | + | + | ||||||||
| LA10 | L. paracollinoides | + | + | + | + | + | ||||||||
| LA11 | L. paracollinoides | + | + | + | + | + | ||||||||
| LA12 | L. paracollinoides | + | + | + | + | + | ||||||||
| LA13 | L. paracollinoides | + | + | + | + | + | ||||||||
| LA14 | L. paracollinoides | + | + | + | + | + | ||||||||
| LA15 | L. paracollinoides | + | + | + | + | + | ||||||||
| ATCC 8291 | L. paracollinoides | − | − | − | − | − | ||||||||
| DSM 15502NB | L. paracollinoides | − | − | − | − | − | ||||||||
| LA9NB | L. paracollinoides | − | − | − | − | − | ||||||||
| DSM 20690T | L. lindneri | − | − | − | + | + | ||||||||
| DSM 20692 | L. lindneri | + | + | − | + | + | ||||||||
| HC92 | L. lindneri | + | + | − | + | + | ||||||||
| HC95 | L. lindneri | + | + | − | + | + | ||||||||
| HC98 | L. lindneri | + | + | − | + | + | ||||||||
| LA16 | L. lindneri | + | + | − | + | + | ||||||||
| DSM 20692NB | L. lindneri | − | − | − | + | − | ||||||||
| ABBC478 | P. damnosus | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC500 | P. damnosus | + | + | + | + | + | ||||||||
| VTT E-76065 | P. damnosus | + | + | + | + | + | ||||||||
| ABBC39 | L. casei | − | − | + | − | − | ||||||||
| ABBC52 | L. casei | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC72 | L. casei | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC73 | L. casei | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC96 | L. casei | − | − | + | + | − | ||||||||
| ABBC204 | L. casei | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC206 | L. casei | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC222 | L. casei | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC223 | L. casei | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC224 | L. casei | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC226 | L. casei | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC279 | L. casei | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC376 | L. casei | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC410 | L. casei | − | − | + | − | − | ||||||||
| ABBC413 | L. casei | − | − | + | − | − | ||||||||
| ABBC426 | L. casei | − | − | + | − | − | ||||||||
| ABBC428 | L. casei | − | − | + | − | − | ||||||||
| ABBC430 | L. casei | − | − | + | − | − | ||||||||
| ABBC38 | L. plantarum | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC55 | L. plantarum | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC58 | L. plantarum | − | − | + | − | − | ||||||||
| ABBC80 | L. plantarum | − | − | + | − | − | ||||||||
| ABBC87 | L. plantarum | − | − | + | + | − | ||||||||
| ABBC97 | L. plantarum | − | − | + | − | − | ||||||||
| ABBC203 | L. plantarum | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC213 | L. plantarum | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC235 | L. plantarum | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC377 | L. plantarum | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC94 | L. coryniformis | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC95 | L. coryniformis | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC101 | L. coryniformis | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC102 | L. coryniformis | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC251 | L. coryniformis | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC252 | L. coryniformis | − | − | − | − | − | ||||||||
| JCM 1123T | L. collinoides | − | − | − | − | − | ||||||||
| ATCC 27610 | L. collinoides | − | − | − | − | − | ||||||||
| ATCC 27611 | L. collinoides | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC219 | L. buchneri | − | − | − | + | − | ||||||||
| ABBC222 | L. paracasei | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC228 | L. fermentum | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC257 | L. fructivorans | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC275 | L. rhamnosus | − | − | − | − | − | ||||||||
| ABBC281 | L. delbrueckii | − | − | − | − | − | ||||||||
| JCM 8573T | L. parakefiri | − | − | − | − | − | ||||||||
| DSM 5707 | L. parabuchneri | − | − | − | − | − | ||||||||
| HC311 | Lactococcus lactis | − | − | − | − | − | ||||||||
| HC367 | Serratia marcescens | − | − | − | − | − | ||||||||
| HC417 | Citrobacter freundii | − | − | − | − | − | ||||||||
| HC432 | Enterobacter cloaceae | − | − | − | − | − | ||||||||
| HC437 | Staphylococcus warneri | − | − | − | − | − | ||||||||
| HC440 | Propionibacterium acnes | − | − | − | − | − | ||||||||
| HC442 | Bacillus thuringiensis | − | − | − | − | − | ||||||||
| HC453 | Pantoea agglomerans | − | − | − | − | − | ||||||||
| HC459 | Paenibacillus amylolyticus | − | − | − | − | − | ||||||||
| HC466 | Paenibacillus jamilae | − | − | − | − | − | ||||||||
| HC472 | Clostridium beijerinckii | − | − | − | − | − | ||||||||
| HC475 | Staphylococcus epidermidis | − | − | − | − | − | ||||||||
| HC523 | Sporolactobacillus racemicus | − | − | − | − | − | ||||||||
| HC534 | Klebsiella oxytoca | − | − | − | − | − |
a
Primer pairs specific to horB, horC, ORF5, and horA were used. All positive amplicons were subjected to Southern blot analysis to determine whether the PCR products were homologs of the genetic markers. All PCR results were found to be consistent with those of Southern blot analysis. The superscripts NB and CC indicate hop-sensitve variants obtained from beer spoilage wild-type strains with the same strain number (31, 33, 34).
b
ABBC, HC, and LA: our culture collections, consisting principally of brewery isolates; ATCC, American Type Culture Collection; DSM, Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH; JCM, Japan Collection of Microorganisms; VTT, culture collection obtained from the Technical Research Center of Finland.