Appendix 1—table 3. Summary of evaluation metric for all target datasets at resolution = 1.0 analyzed in this paper.

	Normal Prostate			3 K PBMC			Pancreas			In-house CITE-seq
	ARI	NMI	SI(Cell type)	ARI	NMI	SI(Cell type)	ARI	NMI	SI(Cell type)	ARI	NMI	SI(Cell type)
SCellBOW	0.26	0.56	0.13	0.49	0.52	0.11	0.56	0.82	0.53	0.65	0.72	0.06
Scanpy	0.16	0.53	0.13	0.36	0.5	0.1	0.38	0.73	0.24	0.51	0.66	0.08
Seurat	0.15	0.52	0.21	0.31	0.48	0.1	0.52	0.79	0.53	0.47	0.66	0.04
ItClust	0.01	0.02	–0.05	0.33	0.46	–0.05	0.31	0.29	–0.05	0.43	0.55	–0.13
scETM	0.11	0.37	0.04	0.38	0.5	0.08	0.35	0.67	0.46	0.41	0.61	–0.03
scBERT	0.18	0.51	0.22	0.32	0.47	0.07	0.35	0.72	0.35	0.58	0.70	0.06
scPhere	0.04	0.42	0.05	0.19	0.38	0.04	0.23	0.63	0.33	0.24	0.55	0.21
DESC	0.17	0.52	0.02	0.46	0.49	–0.06	0.39	0.72	0.2	0.54	0.65	0.01