TABLE 1.
PCR primers used to amplify genes in O islands 1, 47, 141, and 154
| Island | Gene | Primer name | Primer sequence (5′-3′) | Island | Gene | Primer name | Primer sequence (5′-3′) | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| OI-1 | Z0020-21 | Z0021-F1 | CGACCAACGCCATTAAAGTTCA | |||||
| Z0020-R1 | GCCCTGGATGCAGTCAAATC | |||||||
| Z0022 | Z0022-F1 | GGGCGAAGTGGAAATGCTAAAG | ||||||
| Z0022-R1 | CACCGGGCCAGACAACTAATC | |||||||
| Z0023 | Z0023-F1 | CTGTTCATGCCGGTGTGGTC | ||||||
| Z0023-R1 | GCGAAAAGGGAGGCAGTAAGATA | |||||||
| Z0024 | Z0024-F1 | GTCGATCAAGGAACACTAACCATT | ||||||
| Z0024-R1 | TTTTTAACCCTGGTCTCATTCTGG | |||||||
| Z0025 | Z0025-F1 | CTCGCCCAGTCGGTTAATAGAG | ||||||
| Z0025-R1 | CGGCCAGGCATAATATCTTCAC | |||||||
| OI-47 | Z1528 | Z1528-F1 | CTGCTATCACCCGCTTTTACTGG | |||||
| Z1528-R1 | TAGGGGGTCAATGCTCCGTTAG | |||||||
| Z1530 | Z1530-F1 | GAGCCATATTGCGTTTCATCAT | ||||||
| Z1530-R1 | GCGTGGTGTCCTGCCTGTAG | |||||||
| Z1531 | Z1531-F1 | AGCGATAGCAGTGCCGATGTC | ||||||
| Z1531-R1 | TTTTTATAGTGTGGGATTTGCTTTGA | |||||||
| Z1533 | Z1533-F1 | GCAGGGGCTAATCTATTGTTGGTTG | ||||||
| Z1533-R1 | GTTGAGCCGGTATACGCCCTTTTA | |||||||
| Z1534 | Z1534-F2 | CCGCCAGAAACTCCCCATCAA | ||||||
| Z1534-R1 | TCGCCGCAACCACACCACTAA | |||||||
| Z1535 | Z1535-F1 | TAATGTCCGCGTCGAGTGTAGTAAC | ||||||
| Z1535-R1 | TTCAACCGGGCGATAAAAGAGTAA | |||||||
| Z1536 | Z1536-F1 | GCCCGCTGCCCGCCATAAATA | ||||||
| Z1536-R1 | ATCCCGTGCTGCCAGGTAAGGTCA | |||||||
| Z1537 | Z1537-F3 | CCATCCAGTTGCGAAATACCAG | ||||||
| Z1537-R3 | GAATTCGCGAGGGGGACTTTTT | |||||||
| Z1538 | Z1538-F1 | CAGCTATTGCATTACCTTTTTCA | ||||||
| Z1538-R1 | CTTCGGTATCGCCAACTTTC | |||||||
| Z1539 | Z1539-F1 | CTTCTTGTCGCAGTGGATGA | ||||||
| Z1539-R1 | GTTTTTAAAACCGGTAAATCTCC | |||||||
| Z1540-41 | Z1540-F4 | TTGCCGAAAGATGATAAACAGAGT | ||||||
| Z1541-R4 | ATTACGGGCAGGCGACATTT | |||||||
| Z1542 | Z1542-F2 | GTGGAATGGTCGGCAAGGAAG | ||||||
| Z1542-R2 | GTCGCCGCCAGCAGAAATA | |||||||
| Z1543 | Z1543-F1 | CACACCGGGGGAAAAACTGG | ||||||
| Z1543-R1 | ATATCCCGCGCCTGTAATGTCA | |||||||
| Z1544 | Z1544-F2 | GATTATGAACGGGCCTCTGGAT | ||||||
| Z1544-R2 | CTGCCCGATAAAAATTTCTTGTAG | |||||||
| Z1545 | Z1545-F1 | GCGGGCATCGTTAAAGACAGC | ||||||
| Z1545-R1 | AGACGGCGTAACGGGATGGTA | |||||||
| Z1546 | Z1546-F1 | CCTCGAAATGGGCGGCTG | ||||||
| Z1546-R1 | CGGTGAATGCGTGCGTGAA | |||||||
| Z1547 | Z1547-F2 | ACCATGAATGACGCTATTGAACAG | ||||||
| Z1547-R2 | CGGGTCGTCACTTTCGCTGAT | |||||||
| Z1548 | Z1548-F1 | GGCGGAGCAGTGGGAAAAAC | ||||||
| Z1548-R1 | TGACGCGTCGATATAACTGTGCTC | |||||||
| Z1549 | Z1549-F1 | GCAATAGGCCACACGCTCAAC | ||||||
| Z1549-R1 | GCCGCCAACCAATACCTGC | |||||||
| Z1550 | Z1550-F1 | GATGCCGTATGCCGAAGACTG | ||||||
| Z1550-R1 | CAATCCCGCCCTGCTCAATG | |||||||
| Z1551 | Z1551-F2 | ACAACAAATGCCGACTAAAGAACG | ||||||
| Z1551-R2 | CACGCTGGCTGAGAATAAAACAAC | |||||||
| Z1552 | Z1552-F1 | TGGGGCAGGAAAGGTTGATG | ||||||
| Z1552-R1 | GCCCGATAGTTGCCCAGGTTTA | |||||||
| Z1553 | Z1553-F1 | TGACCGAGGCGTTAAAGAAAGAGT | ||||||
| Z1553-R1 | GGTCGCGGATCGTTGTCGT | |||||||
| Z1554 | Z1554-F1 | CTGGGGGTCGAGCCGTTAC | ||||||
| Z1554-R1 | GACTGCGCCAATCACACCAA | |||||||
| Z1555 | Z1555-F2 | CGCAACCCAGCCAGAGAATAAAC | ||||||
| Z1555-R2 | CGGCTGGAAATCCTGATACAACAC | |||||||
| Z1556 | Z1556-F1 | GTCACAACGGTTATCAGGAGGCG | ||||||
| Z1556-R1 | GTATGACACTCGCCGAAAACGC | |||||||
| OI-141 | Z4965 | Z4965-R1 | AGTGGCCTGAGTGTTGACGAC | |||||
| Z4965-F1 | GTTGCCTGCGGGGTGAATG | |||||||
| Z4966 | Z4966-R1 | GTGACACGCCCCTGAATAGATAC | ||||||
| Z4966-F1 | CGCGGATGGCACGACTTA | |||||||
| Z4968m | Z4968m-F1 | CAAAAGCAACGCCGAAGTCAG | ||||||
| Z4968m-R1 | GGCTATCGCGATCGTTATTCAG | |||||||
| Z4969 | Z4969-F1 | GTAAATTTGTTGCGTTGGCTCTC | ||||||
| Z4969-R1 | ATTTGGCGCGGTTTTTACATC | |||||||
| Z4971 | Z4971-F1 | TACAGGCGAGATCGTGGATTCAC | ||||||
| Z4971-R1 | GACCTGCGCATTGCCGTAAC | |||||||
| OI-154 | Z5220 | Z5220-F1 | CCTGCTCCCGGTATGGTTTAT | |||||
| Z5220-R1 | CTTGCCCGGCGGTAGATG | |||||||
| Z5221 | Z5221-F1 | TATGGTTTCGCCGCTAATGGTG | ||||||
| Z5221-R1 | GGCGACTTCCGTTGTGGGTAT | |||||||
| Z5222 | Z5222-F1 | GGGGCTACCTGGTTACTGGAC | ||||||
| Z5222-R1 | ATCGCCGCCGCTACTGGT | |||||||
| Z5223-24 | Z5224-F | CGCAGATGTCGATGGCTACG | ||||||
| Z5223-R1 | CGTCTTTATCATCCACCGTCACA | |||||||
| Z5225 | Z5225-F1 | CCTTTAGTGGCGTCGATGATGT | ||||||
| Z5225-R1 | CTGCGAGTCGGCGTTAGC |