Table 1.
Related study analysis
| Study | Computational factors | Biological factors | Datasets | Omics | Method | Estimation method | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Sample size | Feature selection | Preprocessing | Noise | Balance | Number of classes | Cancer subtype combination | Omics combination | Clinical feature | |||||
| Chauvel et al. [28] | S | S | X | S | X | S | X | X | X | BRCA (348) | GE | BCC | ARI |
| ME | MDI | ||||||||||||
| MI | iCluster | ||||||||||||
| Protein | moCluster | ||||||||||||
| JIVE | |||||||||||||
| iNMF | |||||||||||||
| Rappoport et al. [30] | X | X | X | X | X | O | X | X | O | AML (170) | GE | k-means | Survival analysis (logrank) |
| BIC (621) | ME | Spectral | Clinical distribution | ||||||||||
| COAD (220) | MI | LRAcluster | |||||||||||
| GBM (274) | PINS | ||||||||||||
| KIRC (183) | SNF | ||||||||||||
| LIHC (367) | rMKL-LPP | ||||||||||||
| LUSC (341) | MCCA | ||||||||||||
| SKCM (448) | MultiNMF | ||||||||||||
| OV (287) | iClusterBayes | ||||||||||||
| SARC (257) | |||||||||||||
| Tini et al. [24] | S | O | X | O | X | S | X | O | O | BXD (66) | GE | MCCA | F-measure |
| Platelet (12) | ME | JIVE | |||||||||||
| BRCA (491) | MI | MCIA | |||||||||||
| MFA | |||||||||||||
| SNF | |||||||||||||
| Pierre-Jean et al. [29] | S | S | S | O | S | S | X | O | O | BXD (64) | GE | RGCCA | F-measure |
| Obesity (13) | ME | intNMF | ARI | ||||||||||
| Liver cancer (360) | CNV | SNF | Survival analysis | ||||||||||
| Mutation | LRACluster | ||||||||||||
| PINSPlus | |||||||||||||
| CC | |||||||||||||
| MCIA | |||||||||||||
| mixKernel | |||||||||||||
| SGCCA | |||||||||||||
| iClusterPlus | |||||||||||||
| MoCluster | |||||||||||||
| CIMLR | |||||||||||||
| MOFA | |||||||||||||
| Duan et al. [31] | X | O | X | O | X | O | X | O | X | ACC (77) | GE | SNF | Precision |
| BRCA (760) | ME | NEMO | NMI | ||||||||||
| COAD (291) | MI | CIMLR | ARI | ||||||||||
| KIRP (273) | CNV | MultiNMF | F-measure | ||||||||||
| KIRC (314) | PFA | ||||||||||||
| LIHC (364) | LRAcluster | ||||||||||||
| LUAD (453) | moCluster | ||||||||||||
| LUSC (363) | iClusterBayes | ||||||||||||
| THYM (119) | PINS | ||||||||||||
| Subtype-GAN | |||||||||||||