TABLE 2.
Detection of tester-specific DNA fragments in 2,4-DAPG-producing Pseudomonas spp. by spot-blot hybridization
| SSH clone or promoter | Bacterial strainsa
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Q2-87 (B) | CHA0 (A) | Pf5 (A) | STAD384 (C) | Q2-1 (B) | MVW4-2 (Q) | Q2-2 (E) | Q37-87 (E) | QT1-6 (E) | D27B1 (M) | FFL1R22 (J) | CV1-1 (H) | FTAD1R36 (I) | W4-4 (L) | 7MA12 (O) | MVW1-1 (P) | HT5-1 (N) | FFL1R18 (G) | F113 (K) | JMP6 (F) | JMP7 (F) | FTAD1R34 (D) | OC4-1 (D) | FFL1R9 (D) | MVW1-2 (D) | Q2-5 (D) | W2-6 (D) | Q128-87 (D) | ATCC49054 (D) | QT1-5 (D) | Q8r1-96 (D) | Frequency (%)b | |
| 3 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | 0.03 |
| 5 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | 0.10 |
| 6 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | + | + | − | − | − | − | − | + | + | + | + | + | 0.26 |
| 8 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | 0.10 |
| 12 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | 0.03 |
| 13 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | 0.32 |
| 18 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | + | + | + | + | − | + | + | + | + | + | + | + | + | 0.42 |
| 25 | − | − | − | + | − | + | + | + | + | − | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | 0.84 |
| 26 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | 0.03 |
| 28 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | + | + | + | + | + | − | + | + | + | + | 0.32 |
| 32 | − | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | − | + | + | + | + | 0.94 |
| 36 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | + | + | + | − | + | + | + | + | 0.29 |
| 41 | − | − | − | − | − | − | + | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | + | + | 0.23 |
| 45 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | 0.03 |
| 53 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | + | + | + | + | + | 0.23 |
| 58 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | 0.03 |
| 61 | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | + | + | + | + | + | + | − | + | + | + | + | 0.39 |
| 62 | − | + | + | + | + | − | + | + | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | − | + | − | − | − | − | − | + | + | + | + | 0.48 |
| 64 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | + | + | + | + | + | 0.23 |
| 66 | − | − | − | − | − | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | 0.84 |
| 74 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | 0.03 |
| 80 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | 0.06 |
| 81 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | + | − | − | − | − | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | 0.55 |
| 83 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | + | 0.06 |
| 85 | − | − | − | + | − | − | − | − | − | + | + | + | − | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | − | + | + | + | + | 0.68 |
| 93 | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | + | + | + | − | − | − | − | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | 0.58 |
| 101 | − | − | − | − | − | + | + | + | + | + | − | − | − | + | + | − | − | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | 0.35 |
| 103 | − | − | − | − | − | − | + | + | + | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | + | + | 0.26 |
| 127 | − | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | 0.42 |
| 132 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | 0.03 |
| 133 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | 0.03 |
| 164 | − | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | 0.97 |
| Similarityc | 0.00 | 0.13 | 0.13 | 0.16 | 0.16 | 0.16 | 0.25 | 0.25 | 0.25 | 0.25 | 0.22 | 0.25 | 0.19 | 0.19 | 0.19 | 0.19 | 0.22 | 0.25 | 0.34 | 0.38 | 0.31 | 0.44 | 0.38 | 0.41 | 0.47 | 0.47 | 0.34 | 0.63 | 0.59 | 0.69 | 1.00 | |
a
Letters in parentheses correspond to BOX-PCR genotypes (18, 19). The majority of tested strains are described in references 18 and 19, except for Q2-87 (10), CHA0 (34), Pf5 (20), 7MA12 (15), Q128-87 (11), ATCC49054 (31), and Q8r1-96 (23).
b
Frequency values correspond to the percentage of test strains containing homologous sequences.
c
Similarity to Q8r1-96 was calculated using the simple matching coefficient.