TABLE 1.
Comparison of pKa values of selected residues at different protein dielectric constants
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ɛ = 20
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ɛ = 4
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Residue | Residue number | pKint | pKa | pKshift | pKint | pKa | pKshift |  |
| Closer to the periplasmic side | ||||||||
| GLU | 2 | 4,9 | 3,7 | −0,7 | 7,5 | 7,0 | 2,6 | 4,4 |
| LYS | 10 | 10,0 | 12,5 | 2,1 | 8,9 | 10,2 | −0,2 | 10,4 |
| ASP | 12 | 5,4 | 3,0 | −1,0 | 12,0 | 11,2 | 7,2 | 4 |
| LYS | 46 | 10,0 | 13,8 | 3,4 | 8,4 | 9,6 | −0,8 | 10,4 |
| GLU | 48 | 5,5 | 3,6 | −0,8 | 10,0 | 9,1 | 4,7 | 4,4 |
| LYS | 89 | 9,7 | 12,5 | 2,1 | 7,8 | 8,9 | −1,5 | 10,4 |
| GLU | 181 | 5,0 | 4,2 | −0,2 | 7,0 | 6,0 | 1,6 | 4,4 |
| LYS | 219 | 10,0 | 14,5 | 4,1 | 8,5 | 12,3 | 1,9 | 10,4 |
| ASP | 221 | 4,6 | 3,0 | −1,0 | 5,8 | 3,8 | −0,2 | 4 |
| LYS | 305 | 10,1 | 12,6 | 2,2 | 9,3 | 10,6 | 0,2 | 10,4 |
| TYR | 310 | 11,6 | 18,8 | 9,2 | 19,3 | 20,0 | 10,4 | 9,6 |
| Constriction zone | ||||||||
| LYS | 16 | 10,1 | 14,2 | 3,8 | 8,5 | 9,2 | −1,2 | 10,4 |
| ARG | 42 | 11,8 | 16,2 | 4,2 | 9,1 | 9,2 | −2,8 | 12 |
| ARG | 82 | 11,6 | 15,7 | 3,7 | 7,6 | 5,8 | −6,2 | 12 |
| ASP | 113 | 5,0 | 3,2 | −0,8 | 6,8 | 5,6 | 1,6 | 4 |
| GLU | 117 | 5,9 | 6,2 | 1,8 | 10,1 | 15,9 | 11,5 | 4,4 |
| ARG | 132 | 10,8 | 15,5 | 3,5 | 3,4 | 3,7 | −8,3 | 12 |
| TYR | 40 | 11,2 | 14,3 | 4,7 | 15,6 | 15,1 | 5,5 | 9,6 |
| TYR | 102 | 10,7 | 13,3 | 3,7 | 13,7 | 15,9 | 6,3 | 9,6 |
| TYR | 106 | 10,6 | 16,4 | 6,8 | 14,2 | 19,0 | 9,4 | 9,6 |
| Closer to the extracellular side | ||||||||
| GLU | 29 | 4,7 | 4,3 | −0,1 | 6,1 | 6,2 | 1,8 | 4,4 |
| LYS | 80 | 10,3 | 13,1 | 2,7 | 9,3 | 11,4 | 1,0 | 10,4 |
| ARG | 167 | 10,6 | 14,4 | 2,4 | 3,9 | 4,0 | −8,0 | 12 |
| ARG | 168 | 10,7 | 14,4 | 2,4 | 5,8 | 4,7 | −7,3 | 12 |
| LYS | 243 | 9,9 | 13,1 | 2,7 | 7,7 | 9,7 | −0,7 | 10,4 |
| TYR | 22 | 11,0 | 17,7 | 8,1 | 16,0 | 20,0 | 10,4 | 9,6 |
| TYR | 32 | 10,0 | 17,2 | 7,6 | 12,5 | 20,0 | 10,4 | 9,6 |
| Other | ||||||||
| GLU | 296 | 5.5 | 8.9 | 4.5 | 11.2 | 19.2 | 14.8 | 4.4 |