TABLE 3.
Phage-type-specific AFLP fragments
| AFLP fragment | Sizeb (bp) | Result for phage type (DT)a:
|
||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 9 | 12a | 44 | 64 | 108 | 126 | 135 | 141 | ||
| A/A-1 | 343 | + | + | + | + | − | + | + | + | + |
| A/A-2c | 227 | −h | + | + | + | + | + | + | + | + |
| A/C-1 | 182 | + | + | + | + | + | + | − | + | + |
| A/C-2 | 353 | + | − | − | − | − | − | − | − | − |
| A/C-3c | 91 | −h | + | − | + | + | + | + | + | − |
| A/C-4c | 108 | −h | − | − | − | − | + | − | − | − |
| A/C-5c | 229 | +i | − | − | − | − | − | − | − | − |
| A/G-1 | 149 | − | − | − | − | − | − | + | − | − |
| A/G-2 | 150 | + | + | + | + | + | + | − | + | + |
| A/G-3 | 222 | − | − | − | − | − | + | − | − | − |
| A/T-1 | 68 | − | − | + | − | + | + | − | − | − |
| A/T-2 | 110 | + | + | + | + | − | + | + | + | + |
| A/T-3 | 165 | − | − | − | − | − | + | − | − | − |
| A/T-4 | 182 | − | − | − | − | − | − | + | − | − |
| A/T-5 | 454 | − | − | − | − | − | + | − | − | − |
| A/T-6 | 461 | − | − | − | − | − | − | + | − | − |
| A/T-7c | 116 | − | − | − | −j | − | + | − | − | − |
| A/T-8c | 218 | − | − | − | − | + | − | − | −k | − |
| A/T-9c | 415 | − | + | − | +l | + | − | − | − | − |
| A/T-10c | 534 | +i | − | − | − | − | − | − | − | − |
| C/A-1d | 156 | − (−) | − (−) | − (−) | − (−) | + (+) | − (−) | − (−) | − (−) | − (−) |
| C/A-2d | 240 | − (−) | − (−) | + (+) | − (−) | − (−) | + (+) | − (−) | − (−) | − (−) |
| C/A-3d | 244 | − (−) | − (−) | − (−) | − (−) | − (−) | + (+) | − (−) | + (+) | − (−) |
| C/A-4d | 212 | − (+) | + (+) | − (+) | − (+) | + (+) | − (+) | − (+) | − (+) | − (+) |
| C/A-5d | 208 | + (+) | − (+) | + (+) | + (+) | − (+) | + (+) | + (+) | + (+) | + (+) |
| C/A-6d | 69 | − (−) | − (−) | + (+) | − (−) | − (−) | + (+) | − (−) | − (−) | − (−) |
| C/A-7d | 122 | + (+) | − (−) | − (−) | − (−) | − (−) | − (−) | − (−) | − (−) | − (−e) |
| C/A-8 | 305 | − | − | − | − | − | − | + | − | − |
| C/C-1d | 171 | + (+) | + (+) | + (+) | + (+) | + (+) | + (+) | − (+) | + (+) | + (+) |
| C/C-2d | 179 | − (+) | − (+) | − (+) | − (+) | − (+) | − (+) | + (+) | − (+) | − (+) |
| C/C-3 | 276 | − | + | − | − | + | − | − | − | − |
| C/C-4c,d | 136 | + (+) | + (+) | +m (+)f | + (+) | + (+) | + (+) | + (+) | + (+) | − (−e) |
| C/C-5c,d | 313 | + (+) | + (+) | +m (+)f | + (+) | + (+) | − (+) | + (+) | + (+) | − (−m) |
| C/C-7c | 63 | − | − | − | −j | − | + | − | − | − |
| C/C-8c | 106 | +i | − | − | − | − | − | − | − | − |
| C/G-1d | 218 | − (−) | − (−) | − (−) | − (−) | + (+) | − (−) | − (−) | − (−) | − (−) |
| C/G-2d | 121 | + (+) | − (−) | − (−) | − (−) | − (−) | − (−) | − (−) | − (−) | − (−e) |
| C/G-3 | 414 | − | + | − | − | + | − | − | − | − |
| C/G-4 | 311 | − | − | − | − | + | − | − | − | − |
| C/G-5 | 85 | − | − | − | − | − | + | − | − | − |
| C/G-6c | 136 | − | − | − | − | − | +n | − | − | − |
| C/T-1d | 175 | − (−g) | − (−) | + (+) | − (−) | + (+) | + (+) | − (−) | − (−) | − (−) |
| C/T-2d | 275 | + (+) | − (−) | − (−) | − (−) | − (−) | − (−) | − (−) | − (−) | − (−e) |
| C/T-3 | 129 | − | − | − | − | − | + | − | − | − |
| C/T-4c | 441 | −h | + | − | + | + | + | + | + | − |
| G/A-1d | 132 | − (−) | − (−) | − (−) | − (−) | + (+) | − (−) | − (−) | − (−) | − (−) |
| G/A-2 | 291 | + | − | − | − | − | − | − | − | − |
| G/A-3 | 347 | + | + | + | + | + | + | − | + | + |
| G/A-4c | 114 | +i | − | − | − | − | − | − | − | − |
| G/A-5c | 280 | − | − | − | +l | − | − | − | − | − |
| G/C-1d | 182 | − (−) | − (−) | + (+) | − (−) | − (−) | + (+) | − (−) | − (−) | − (−) |
| G/C-2d | 200 | − (+) | − (+) | − (+)f | − (+) | − (+) | + (+) | − (+) | − (+) | − (−e) |
| G/C-3 | 474 | − | − | − | − | − | + | − | − | − |
| G/C-4 | 598 | + | − | − | − | − | − | − | − | − |
| G/T-1c | 47 | + | − | − | − | − | − | −o | − | − |
| G/T-2c | 525 | +i | − | − | − | − | − | − | − | − |
| T/A-1 | 94 | − | − | − | − | − | + | − | − | − |
| T/A-2 | 127 | + | − | − | − | − | − | − | − | − |
| T/A-3 | 162 | + | − | − | − | − | − | − | − | − |
| T/A-4 | 170 | + | − | − | − | − | − | − | − | − |
| T/A-5 | 216 | − | − | − | − | − | + | − | + | − |
| T/A-6 | 376 | − | + | − | − | + | − | − | − | − |
| T/C-1 | 96 | + | − | − | − | − | − | − | − | − |
| T/C-2c | 198 | +i | − | − | − | − | − | − | − | − |
| T/G-1 | 48 | + | − | − | − | − | − | − | − | − |
| T/G-2 | 206 | − | − | + | − | − | + | − | − | −/PICK> |
| T/G-3 | 375 | − | + | − | − | + | − | − | − | − |
| T/G-4 | 415 | − | − | − | − | + | − | − | − | − |
| T/G-5c | 56 | + | − | − | − | − | − | −o | − | − |
| T/G-6c | 75 | + | − | − | − | − | − | −o | − | − |
| T/G-7c | 80 | −h | + | + | + | + | + | + | + | + |
| T/G-8c | 394 | + | − | + | + | −p | + | + | + | + |
| T/T-1 | 67 | − | − | − | − | − | − | + | − | − |
| T/T-2 | 92 | − | − | − | − | + | − | − | − | − |
| T/T-3 | 185 | − | − | + | − | − | + | − | − | − |
| T/T-4 | 233 | − | − | − | − | − | − | + | − | − |
| T/T-5 | 234 | + | + | + | + | + | + | − | + | + |
| T/T-6 | 241 | − | − | + | − | − | − | − | − | − |
| T/T-7 | 278 | − | − | − | − | − | + | − | − | − |
| T/T-8 | 478 | − | − | − | − | − | + | − | − | − |
| T/T-9 | 550 | − | − | − | − | − | + | − | − | − |
| T/T-10 | 572 | − | − | − | − | − | + | − | − | − |
| T/T-11c | 104 | − | −q | − | − | − | + | − | + | − |
| T/T-12c | 454 | +i | − | − | − | − | − | − | − | − |
a
Hybridization of cloned phage-type-specific AFLP fragments to EcoRI-digested genomic DNA of the serovar Typhimurium isolates studied is shown in parentheses.
b
Sizes are precise for the fragments that were sequenced.
c
Fragment with a single exception to phage type specificity.
d
Fragment cloned and sequenced.
e
Hybridized to isolate M1882 at a different size at low stringency.
f
Did not hybridize to isolate M1867.
g
Hybridized to several different-sized fragments in isolate M1879 at low stringency.
h
Present in isolate M1879.
i
Absent in isolate M1879.
j
Present in isolate M1875.
k
Present in isolate M1850.
l
Absent in isolate M1875.
m
Absent in isolate M1867.
n
Absent in isolate M1886.
o
Present in isolate M1878.
p
Present in isolate M1855.
q
Present in isolate M1848.