Table 1.
ARE-binding proteins that associate with AREs in mammals
| mRNAs | ARE-BPs | ||||||||||||||||||||||||||
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| Class | Motif | Examples | AUF1 hnRNP D | HuR HuA | Hel-N1 HuB | HuC | HuD | TTP | BRF1 | TIA-1 | TIAR | KSRP | AUH | GAPDH | Hsp70 | Hsp110 | hnRNP A1 | hnRNP A2 | hnRNP A3 | hnRNP C | hnRNP L | CUG-BP1 CELF1 | CUG-BP2 CELF2 ETR-3 | Nucleolin | TINO | PAIP2 | |
| I | 1 to 5 dispersed AUUUA motifs, in an U-rich context | c-myc | (46) (47) (154) (171) | (155) (156) | (157)* | (78) | (78) | (158) | (163) | (159) | |||||||||||||||||
| c-fos | (42,67) (47) (53) (154) (162) | (63) (67) (70) (71) (103) (155) | (157) | (160) (161) | (90) (93) | (158) | |||||||||||||||||||||
| Beta1-AR | (162) | ||||||||||||||||||||||||||
| PTH | (56) | ||||||||||||||||||||||||||
| Interferon-gamma | (163) | (159) | |||||||||||||||||||||||||
| MyoD | (68)* | ||||||||||||||||||||||||||
| p21 | (48)* (167) | (48)* (68)* (69) | (164) | ||||||||||||||||||||||||
| Cyclin A | (70) | ||||||||||||||||||||||||||
| Cyclin B1 | (70) | ||||||||||||||||||||||||||
| Cyclin D1 | (48)* (165) | (48)* (70) | |||||||||||||||||||||||||
| PAI-2 | (166) | ||||||||||||||||||||||||||
| NOS II/iNOS | (64) (102) (103) | (102) | |||||||||||||||||||||||||
| IIA | (AUUU)5A | GM–CSF | (42) (47) (54)* (167) | (101) (138) | (157) | (84) (85) (101) | (138) | (158) | (163) | (159) | (168) | (168) | |||||||||||||||
| TNF-alpha | (94) (167) (169) | (65) (74) (139)* | (18) (84) (85) (86) (89) | (89) | (120) (139)* | (120) (170) | (93) | ||||||||||||||||||||
| IIB | (AUUU)4A | Interferon-alpha | |||||||||||||||||||||||||
| IIC | (A/U)(AUUU)3A(A/U) | Cox-2 | (171) (172) | (71) (139)* (172) (173) | (87) | (121) (139)* (172) | (172) | (150)* | (172) | (172) | (150)* | ||||||||||||||||
| IL-2 | (167) | (100)* | (82) | (159) | (159) | (168) | |||||||||||||||||||||
| IL-3 | (155) | (92) | (158) | ||||||||||||||||||||||||
| bcl-2 | (174) (176) | (175) | (176) | ||||||||||||||||||||||||
| Interferon-beta | |||||||||||||||||||||||||||
| VEGF | (62) | (78) | (78) | (177)* | |||||||||||||||||||||||
| III | No AUUUA, U-rich region | c-jun | (93) | (153) | |||||||||||||||||||||||
| GLUT1 | (72) | (178) | (178) | ||||||||||||||||||||||||
| p53 | (99)* (137)* | ||||||||||||||||||||||||||
| Id | (179) | ||||||||||||||||||||||||||
| hsp70 | (181)* | ||||||||||||||||||||||||||
| Myogenin | (68)* | ||||||||||||||||||||||||||
| NF-M | (73)* | ||||||||||||||||||||||||||
| GAP-43 | (180) | ||||||||||||||||||||||||||
A matrix presentation has been used to represent the identified associations between ARE-BPs and ARE-containing mRNAs. The mRNAs containing identified functional AREs are listed vertically and are grouped according to the classifications proposed by (24) and (26). The ARE-BPs are displayed horizontally. Where appropriate the different names used to denote the same protein or mRNA are given. The lists of ARE-containing mRNAs and of ARE-BPs are not exhaustive and only direct interactions have been considered. Where the experimental methods used identified endogenous interactions, these are indicated by an asterisk. Data on the experimental methods are presented in the Supplementary data. Numbers correspond to listed references.