TABLE 6.
Correlation of different SSCP profiles with amino acid substitutions of GyrA, ParC, and ParE and fluoroquinolone MICs
| Gene(s) with amino acid substitution | SSCP profile | Position of amino acid substitution
|
No. of isolates (n = 100) | Fluoroquinolone MIC (μg/ml)
|
||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| GyrA | ParC
|
ParE
|
CIP
|
LEV
|
||||||||||||||
| Ser-81- | Ser-79- | Asp-83- | Glu-96- | Lys-137- | Ile-460- | 4 | 8 | 16 | >16 | 0.5 to 1 | 2 | 4 | 8 | 16 | >16 | |||
| No substitution | 5121 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||
| 5221 | 2 | 2 | 1 | 1 | ||||||||||||||
| parE | 4223 | Val | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||
| 5123 | 11 | 11 | 4 | 7 | ||||||||||||||
| 5222 | 3 | 3 | 1 | 2 | ||||||||||||||
| 5223 | 17 | 16 | 1 | 8 | 8 | 1 | ||||||||||||
| 5323 | 4 | 3 | 1 | 1 | 2 | 1 | ||||||||||||
| parC, parE | 5372 | Phe | Val | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||
| 5273 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||
| 5263 | Tyr | Val | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||
| 5232 | Asn | Val | 40 | 35 | 4 | 1 | 20 | 18 | 2 | |||||||||
| 5233 | 2 | 2 | 2 | |||||||||||||||
| 5132 | 2 | 2 | 2 | |||||||||||||||
| 5433 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||
| 5283 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||
| 5242 | Asn | Asn | Val | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||
| parC | 5231 | Asn | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||
| gyrA, parE | 2223 | Phe | Val | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||
| gyrA, parC, parE | 2273 | Phe | Phe | Val | 2 | 2 | 2 | |||||||||||
| 2232 | Phe | Asn | Val | 2 | 2 | 2 | ||||||||||||
| 3232 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||
| 2252 | Phe | Phe | Asn | Val | 2 | 2 | 1 | 1 | ||||||||||
| 2242 | Phe | Asn | Asn | Val | 1 | 1 | 1 | |||||||||||
| 2292 | Phe | Asp | Asn | Val | 1 | 1 | 1 | |||||||||||