Table 2.
PCR assay results using primer sets designed for pXO2 ORF sequences.
| ORF | Nucleotides | Gene ID or similarity | S2-8 | 3A | DC-17 | ALH | konku | HD571 | F1-15 | 4342 | 43881 | 33679 | AWO6 |
| 5 | 2240–3088 | unidentified | X | ||||||||||
| 7 | 3449–4057 | unidentified | |||||||||||
| 9 | 5227–7158 | sim. trsE, S. aureus | X | X | |||||||||
| 10 | 7178–7846 | unidentified | X | ||||||||||
| 14 | 8704–11562 | c.h.p. C. perfringens | X | ||||||||||
| 15 | 11588–12379 | c.h.p. C. perfringens | |||||||||||
| 16 | 12381–14216 | sim. trsK, L. lactis | X | ||||||||||
| 17 | 14265–16145 | unidentified | |||||||||||
| 24 | 18442–18942 | unidentified | |||||||||||
| 25 | 18975–20306 | sim. pX01 ORF-59, B. anthracis | X | ||||||||||
| 28 | 21387–22628 | unidentified | X | X | |||||||||
| 29 | 22897–24546 | unidentified | |||||||||||
| 30 | 24561–25625 | unidentified | |||||||||||
| 32 | 26752–27000 | unidentified | X | X | |||||||||
| 33 | 27515–28045 | unidentified | X | X | |||||||||
| 35 | 29882–30571 | sim. rep63A, AWO6 pAW63 | |||||||||||
| 37 | 31610–32386 | sim. pAW63 | X | ||||||||||
| 38 | 32577–34115 | sim. repS, AWO6 pAW63 | X | X | |||||||||
| 39 | 35021–35887 | sim. repB, AWO6 pAW63 | |||||||||||
| 42 | 37951–39510 | sim. S-layer precursor, B. anthracis | |||||||||||
| 44 | 40988–41308 | unidentified | |||||||||||
| 45 | 41900–42211 | conserved domain, several bacteria | |||||||||||
| 46 | 42260–42925 | CAAX amino term. protease family | X | X | X | ||||||||
| 47 | 43636–44100 | c.h.p. several bacteria | X | X | |||||||||
| 48 | 44477–45067 | transcriptional repressor, tetR fam. | X | X | X | X | X | ||||||
| 49 | 45891–46361 | IS231 | |||||||||||
| 50 | 46400–46891 | IS231 | |||||||||||
| 51 | 47474–47641 | sim. bacitracin | |||||||||||
| 53 | 49418–50866 | sim. to acpA, B. anthracis | |||||||||||
| 55 | 52795–54195 | dep | |||||||||||
| 56 | 54378–55612 | capA | |||||||||||
| 57 | 55625–56074 | capC | |||||||||||
| 58 | 56089–57483 | capB | |||||||||||
| 59 | 60856–61407 | signal peptide | |||||||||||
| 60 | 61759–62496 | unidentified | |||||||||||
| 61 | 62841–63251 | sim. pX01 atxA, B. anthracis | |||||||||||
| 64 | 68909–70360 | acpA | |||||||||||
| 66 | 73500–75059 | traC | X | X | |||||||||
| 68 | 76097–76690 | unidentified | X | X | |||||||||
| 69 | 76918–78183 | uvx | X | ||||||||||
| 71 | 79219–80772 | unidentified | |||||||||||
| 73 | 82311–83936 | repressor | |||||||||||
| 74 | 85420–85857 | unidentified | |||||||||||
| 76 | 86664–87491 | topoisomerase | X | X | |||||||||
| 77 | 87888–88688 | unidentified | |||||||||||
| 80 | 90752–91735 | unidentified | |||||||||||
| 81 | 91802–93571 | unidentified | X | ||||||||||
| Column Totals | 0 | 1 | 1 | 1 | 2 | 0 | 2 | 0 | 1 | 10 | 16 |
Bacterial isolates designations are abbreviated as follows: S2-8, B. cereus S2-8; 3A, B. cereus 3A; DC-17, B. cereus DC-17; ALH, B. thuringiensis Al-Hakam; konku, B. thuringiensis subsp. konkukian; HD571, B. cereus (HRRL HD-571; F1-15, B. cereus F1-15; 4342, B. cereusATCC 4342; 43881, B. cereus ATCC 43881; 33679, B. thuringiensis ATCC 33679; AWO6, B. thuringiensis AWO6. See Table 1 for source and Jaccard distances of AFLP profiles. 'sim.' = similar to. 'c.h.p.' = conserved hypothetical protein.