Table 2.
Components of the epidermal growth factor receptor pathway affected by copy number change
| Gene | Locus | MCF-7 | BT-474 | ZR-75-30 | UACC-893 | Sk-Br-3 | MDA-MB-231 | T47D |
| EGF | 4q25 | + | ||||||
| TGFA | 2p13.3 | - | - | |||||
| NRG2 | 5q31.2 | + | ||||||
| NRG1 | 8p12 | -- | -- | - | ||||
| EGFR | 7p12.3-p12.1 | + | + | |||||
| ErBB2 | 17q12 | +++ | +++ | +++ | +++ | |||
| ErBB3 | 12q13 | |||||||
| ErBB4 | 2q33.3-q34 | |||||||
| SH3KBP1 | Xp22.12 | -- | ||||||
| RASA2 | 3q23 | + | + | |||||
| VAV2 | 9q34.2 | + | + | - | ||||
| GRB2 | 17q25.1 | ++ | +++ | |||||
| PLCG1 | 20q12 | +++ | - | + | + | |||
| PLCG2 | 16q23.2 | - | - | + | ||||
| RNTRE | 10p14 | + | ||||||
| SSH3BP1 | 10p12.1 | + | ||||||
| SOS1 | 2p22.1 | - | - | |||||
| PTK2B | 8p21.2 | - | - | -- | -- | |||
| SRC | 20q11.23 | -- | +++ | ++ | ||||
| NRAS | 1p13.2 | +++ | - | |||||
| CDC42 | 1p36.12 | - | ||||||
| RAC1 | 7p22.1 | + | ||||||
| RIN1 | 11q13.2 | + | ||||||
| RAF1 | 3p25.2 | + | + | |||||
| MAP3K4 | 6q26 | -- | - | |||||
| MAP3K11 | 11q13.1 | + | +++ | |||||
| PAK1 | 11q13.5 | + | ||||||
| ADAM9 | 8p11.23 | + | ||||||
| ADAM12 | 10q26.2 | --- | - | |||||
| ADAM17 | 2p25.1 | + | ||||||
| RAB5a | 3p24.3 | + | ||||||
| MAP2K1 | 15q21 | - | ||||||
| MAP2K7 | 19p13.2 | - | ||||||
| MAP2K4 | 17q11.2 | -- | -- | |||||
| MAP2K3 | 17p11.2 | - | - | - | ||||
| MAP2K6 | 17q24.3 | +++ | + | + | ||||
| PDPK1 | 16p13.3 | + | ||||||
| CHN2 | 7p15.1 | + | + | ++ | + | |||
| PRKCA | 17q24.2 | +++ | ++ | + | + | |||
| ERK1 | 16p11.2 | + | ||||||
| ERK2 | 22q11.21 | - | ||||||
| MAPK8 | 10q11.22 | + | ||||||
| MAPK9 | 5q35.3 | - | - | |||||
| MAPK14 | 6p21.31 | ++ | ||||||
| AKT1 | 14q32.33 | + | + | + | ||||
| BAD | 11q13.1 | +++ | ||||||
| LIMK1 | 7q11.23 | + | +++ | +++ | + | |||
| PLD1 | 3q26.31 | + | ++ | |||||
| RPS6KA3 | Xp22.12 | - | ||||||
| FOS | 14q24.3 | + | ||||||
| JUN | 1p32-p31 | - | ||||||
| TP53 | 17p13.1 | + | -- | - | ||||
| MYC | 8q24 | +++ | ++ | +++ | + | +++ | + | |
| ELK1 | Xp11.23 | - | - | + | ||||
| JUN | 1p32.1 | - | ||||||
| EGF | 4q25 | + |
Scores: +, log2 ratio +0.4 to +0.7; ++, log2 ratio +0.7 to +0.99; +++, log2 ratio more than +1.0; -, log2 ratio -0.4 to -0.7; --, log2 ratio -0.7 to -0.99; ---, log2 ratio less than -1.0.