Table 1.

Taxon sampling and GenBank accession numbers employed in this study

Phylum/class	Species	GenBank accession nos.
		18S rRNA	28S rRNA	H3	COI	16S rRNA
Nemertea	Lineus bilineatus	DQ279932	DQ279947	DQ279996	DQ280014	DQ280022
Annelida	Paranerilla limicola	DQ279933	DQ279948			DQ280023
Brachiopoda	Neocrania anomala	DQ279934	DQ279949	DQ279997		DQ280024
Entoprocta	Loxosomella murmanica	AY218100	DQ279950	AY218150
Xenoturbellida	Xenoturbella bocki	AY291292	DQ279951
Sipuncula	Phascolion strombi	DQ299984	AY210468	DQ279998
Cycliophora	Symbion americanus	AY218107	AY210472	AY218153	AY218085	DQ280025
Mollusca
Caudofoveata	Chaetoderma nitidulum	AY377658	AY145397	AY377763	AY377726	AY377612
	Scutopus ventrolineatus	X91977
Solenogastres	Helicoradomenia sp.	AY21210		AY377764	AY377725	AY377613
	Epimenia cinerea	AY377657	AY377691	AY377765	AY377723	AY377615
Polyplacophora	Lepidopleurus cajetanus	AF120502	AF120565	AY377735	AF120626	AY377585
	Leptochiton asellus	AY377631	AY145414	AY377734		AY377586
	Callochiton septemvalvis	AY377632	DQ279952	AY377736	AY377700
	Chaetopleura apiculata	AY377636	AY145398	AY377741	AY377704	AY377590
	Ischnochiton comptus	AY377639	AY145412	AY377744	AY377709	AY377593
	Callistochiton antiquus	AY377645	DQ279953	AY377749	AY377712	AY377599
	Lorica volvox	AY377647	DQ279954	AY377751		AY377601
	Chiton olivaceus	AY377651	DQ279955	AY377755	AY377716	AY377605
	Mopalia muscosa	AY377648	DQ279956	AY377752	AY377713	AY377602
	Tonicella lineata	AY377635	AY377665	AY377739	AY377702	AY377588
	Acanthochitona crinita	AF120503	DQ279957	AY377759	AF120627	AY377609
	Cryptochiton stelleri	AY377655	AY377686	AY377760	AY377720	AY377610
	Cryptoplax japonica	AY377656	AY145402	AY377761		AY377611
Monoplacophora	Laevipilina antarctica		DQ279958
Scaphopoda	Dentalium inaequicostatum	DQ279935	DQ279959	DQ279999	DQ280015	DQ280026
	Rhabdus rectius	AF120523	AF120580	AY377772	AF120640	AY377619
	Antalis pilsbryi	AF120522	AF120579		AF120639
	Antalis entalis	DQ279936	AY145388	DQ280000	DQ280016	DQ280027
	Fustiaria rubescens	AF490597
	Entalina tetragona	AF490598
	Pulsellum affine	AF490600
	Siphonodentalium lobatum	AF490601
	Cadulus subfusiformis	AF490603
Bivalvia	Solemya velum	AF120524	AY145421	AY070146	U56852	DQ280028
	Nucula sulcata	DQ279937	DQ279960	DQ280001	DQ280017	DQ280029
	Nuculana minuta	DQ279938	DQ279961	DQ280002	DQ280018	DQ280030
	Yoldia limatula	AF120528	AY145424	AY070149	AF120642
	Mytilus galloprovincialis	L33452	AB103129	AY267748	AY497292	AY497292
	Arca imbricata/A. ventricosa	AY654986	AB101612	AY654989	AY654988
	Pteria hirundo/P. loveni	AF120532	AB102767		AF120647	DQ280031
	Ostrea edulis	L49052	AF137047/AF120596	AY070151	AF120651	DQ280032
	Limaria hians/L. fragilis	AF120534	AB102742	AY070152	AF120650
	Anomia ephippium/A. sinensis	AF120535	AB102739
	Chlamys varia	DQ279939	DQ279962	DQ280003		DQ280033
	Neotrigonia margaritacea	AF411690	DQ279963	AY070155	U56850	DQ280034
	Margaritifera auricularia	AY579097	AY579113	AY579137	AY579125	DQ280035
	Anodonta sp.	AY579090	DQ279964	AY579132	AY579122
	Cardita calyculata	AF120549	AF120610	AY070156	AF120660
	Astarte castanea	AF120551	AF131001	DQ280004	AF120662
	Abra nitida	DQ279940	DQ279965	DQ280005
	Phaxas pellucidus	DQ279941	AY145420	DQ280006	DQ280019	DQ280036
	Parvicardium minimum	DQ279942	DQ279966	DQ280007		DQ280037
	Dreissena polymorpha	AF120552	AF131006	AY070165	AF120663	DQ280038
	Corbicula fluminea/C. japonica	AF120557	AB126330	AY070161	AF120666	DQ280039
	Mercenaria mercenaria	AF120559	AF131019	DQ280008	AF120668	DQ280040
	Chamelea striatula	DQ279943	DQ279967	DQ280009		DQ280041
	Mya arenaria	AF120560	AB126332	AY377770	AY070140	AY377618
Cephalopoda	Nautilus pompilius	AY557452	AY145417		AY557514	AY377628
	Nautilus scrobiculatus	AF120504	AF120567	AF033704		U11606
	Stauroteuthis syrtensis	AY557457	DQ279968	AY557406	AF000067	DQ280042
	Vampyroteuthis infernalis	AY557459	AH012197	AY557408	AF000071	DQ280043
	Bathypolypus arcticus	AY557465	AY557554		AF000029	DQ280044
	Sepia officinalis	AY557471	AY557560	AY557415	AF000062	DQ093491
	Sepiola affinis	AY557474	AY557562	AY557418	AY557523	AY293667
	Heteroteuthis hawaiiensis	AY557472	DQ279969	AY557416	AF000044	AY293680
	Rossia palpebrosa	AY557473	AY557561	AY557417	AF000061	DQ280045
	Spirula spirula	AY557476	AY557563	AY557420	AY293709	AY293659
	Idiosepius pygmaeus	AY557477	AY293684	AY557421	AY293708	AY293658
	Loligo pealei	AT557479	AH012196	AY557423	AF120629	AF110079
	Architeuthis dux	AY557482	DQ279970	AY557426	AF000027	AY377629
	Cranchia scabra	AY557487	AY557571	AY557430	AF000035	DQ280046
	Histioteuthis hoylei	AY557500	AY557584	AY557442	AF000045	DQ280047
	Lepidoteuthis grimaldii	AY577503	AY557587	AY557445	AF000049	DQ280048
	Ommastrephes bartrami	AY557510	AY557594	AY557451	AF000057	DQ280049
	Moroteuthis knipovitchi	AY557512	AY557596	AY557453	AY557543	DQ280050
Gastropoda	Cellana sp.	DQ093425	DQ279971	DQ093493	DQ093515	DQ093467
	Eulepetopsis vitrea	DQ093427	DQ279972	DQ093495	DQ093516	DQ093468
	Cocculina messingi/Cocculina sp.	AF120508	DQ279973	AY377777	AY377731	AY377624
	Alcadia dysonia	DQ093428	DQ279974	DQ093496		DQ093469
	Theodoxus fluviatilis	AF120515	DQ279975		AF120633	DQ093470
	Nerita funiculata	DQ093429	DQ279976	DQ093497	DQ093517	DQ093471
	Cyathermia naticoides	DQ093430	DQ279977	DQ093498	DQ093518	DQ093472
	Depressigyra globulus	DQ093431	DQ279978	DQ093499	DQ093519	DQ093473
	Perotrochus midas	AF120510	DQ093453	DQ093500	AY296820	DQ093474
	Entemnotrochus adansonianus	AF120509	DQ279979	AY377774		AY377621
	Lepetodrilus elevatus	DQ093432	AY145413	DQ093501	DQ093520	DQ093475
	Diodora graeca	AF120513	DQ279980	DQ093502	AF120632	DQ093476
	Haliotis tuberculata/H. discus	AF120511	AY145418	AY070145	AY377729	AY377622
	Sinezona confusa	AF120512	DQ279981	AY377773	AF120631
	Bathymargarites symplector	DQ093433	DQ279982	DQ093503	DQ093521	DQ093477
	Aperostoma palmeri	DQ093435	DQ279983	DQ093505	DQ093523	DQ093479
	Pomacea bridgesi	DQ093436	DQ279984	DQ093506	DQ093524	DQ093480
	Viviparus georginaus	AF120516	AF120574	AY377779	AF120634	AY377626
	Balcis eburnea	AF120519	AF120576		AF120636	DQ280051
	Crepidula fornicata	AY377660	AY145406	AY377778	AF353154	AY377625
	Littorina littorea	DQ093437	DQ279985	DQ093507	DQ093525	DQ093481
	Truncatella guerini	AF120518	AF120575		AF120635
	Bolinus brandaris	DQ279944	DQ279986	DQ280010	DQ280020	DQ280052
	Raphitoma linearis	DQ279945	DQ279987	DQ280011		DQ280053
	Philine aperta	DQ093438	DQ279988	DQ093508		DQ093482
	Creseis sp.	DQ279946	DQ279989	DQ280012	DQ280021
	Peltodoris atromaculata	AF120521	DQ279990	DQ280013	AF120637	DQ280054
	Salinator solida	DQ093440	DQ279991	DQ093510	DQ093528	DQ093484
	Onchidella sp.	DQ093441	DQ279992	DQ093511	DQ093529	DQ093485
	Siphonaria pectinata	X91973	DQ279993	AY377780	AF120638	AY377627
	Ophicardelus ornatus	DQ093442	DQ279994	DQ093512	DQ093530	DQ093486
	Micromelo undatus	DQ093443	DQ279995	DQ093513		DQ093487