TABLE 3.
Familial distribution of ear canal phylotypes
| Parameter | Valuea
|
|||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| I
|
II
|
III
|
IV
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|||||||||||||||||||||
| A
|
B
|
C
|
D
|
E
|
F
|
G
|
H
|
J
|
K
|
|||||||||||||||
| A1 | A2 | A3 | B1a | B1b | B1c | B1d | B2 | C1 | C2 | D1 | D2 | E1 | E2 | F1 | F2 | F3 | G1 | H1a | H1b | H3 | H4 | J1 | K1 | |
| Phylotypeb | ||||||||||||||||||||||||
| A. otitis | 80 | 97 | 70 | 70 | 55 | 61 | 77 | 38 | 100 | 31 | 79 | 35 | 41 | 12 | 67 | 47 | 59 | 100 | 97 | 92 | 95 | |||
| C. otitidis | 13 | 10 | 2 | 30 | 28 | 22 | 33 | 40 | 22 | 4 | 52 | 52 | 84 | 24 | 50 | 33 | ||||||||
| S. auricularis | 32 | 10 | 6 | 19 | 12 | 11 | 11 | 5 | 3 | 23 | 60 | 2 | 5 | 1 | ||||||||||
| C. auris | 44 | 31 | 2 | |||||||||||||||||||||
| Corynebacterium sp. strain 61720 | 19 | 1 | ||||||||||||||||||||||
| S. epidermidis | 1 | 1 | 1 | 3 | ||||||||||||||||||||
| P. acnes | 1 | 2 | 4 | 5 | ||||||||||||||||||||
| Streptococcus gordonii | 3 | 1 | ||||||||||||||||||||||
| Fusobacterium periodonticum | 1 | 1 | 3 | |||||||||||||||||||||
| Pseudomonas lanceolata | 1 | 2 | 1 | |||||||||||||||||||||
| Enterobacter sp. strain B509 | 1 | 2 | ||||||||||||||||||||||
| Uncultured bacterium strain BPC009 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||
| Enterobacter agglomerans | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||
| Tilletiara anomala | 43 | 5 | 7 | 1 | 1 | 6 | 2 | 1 | 2 | 4 | 1 | |||||||||||||
| M. obscurus fungus | 5 | 2 | 4 | |||||||||||||||||||||
| Trhypochthanius tectorum | 1 | 6 | 3 | |||||||||||||||||||||
| P. pubis fungus | 2 | 1 | ||||||||||||||||||||||
| Sclerotium sp. | 2 | 1 | ||||||||||||||||||||||
| Homo sapiens (mitochondrion) | 1 | 4 | ||||||||||||||||||||||
| Other | 1 | 1 | 4 | 26 | 1 | 3 | 2 | 1 | 1 | 3 | 4 | 1 | ||||||||||||
| No. of clones | 88 | 87 | 93 | 54 | 89 | 89 | 94 | 84 | 84 | 95 | 89 | 90 | 93 | 87 | 73 | 91 | 84 | 80 | 91 | 81 | 89 | 88 | 83 | 87 |
| PCR primersc | U | U | U | B | U | U | U | B | U | U | U | U | U | U | U | U | U | U | B | U | U | U | U | B |
| DNA extractiond | S | S | S | C | S | S | S | C | S | S | S | S | S | S | S | S | S | S | S | S | S | S | S | C |
| Collection sitee | L | L | L | L | L | L | F | L | L | L | F | F | F | F | F | F | F | F | F | F | F | F | F | L |
| Elapsed timef | 0 | 4 | 12 | 13 | 0 | 14 | ||||||||||||||||||
| Sexg | M | F | F | M | F | M | F | M | F | M | F | F | F | M | M | M | F | F | M | M | ||||
| Ageh | 32 | 32 | 5 | 35 | 35 | 65 | 62 | 66 | 61 | 35 | 31 | 23 | 1 | 55 | 28 | 39 | 1 | 4 | 66 | 57 | ||||
a
Column headers indicate family (roman numerals), household (letters), and individuals (letters plus numbers). Multiple samples for an individual are designated by lowercase letters.
b
Nearest relative based on Blastn search. Data are presented as percentages of the numbers of clones screened for each library.
c
U, Universal primers 515F-1391R; B, bacterial primers 8F-805R.
d
S, simple boiling preparation; C, chemical, enzymatic, mechanical extraction of DNA.
e
L, laboratory; F, field.
f
Months elapsed from initial sampling for individuals sampled on multiple occasions.
g
M, male; F, female.
h
Age in years at time of sampling.