TABLE 3.
Characteristics of the 77 E. coli isolates from humans and farm animals with intestinal or extraintestinal infections
| Cluster and straina | Host | Sourceb | O antigen | ARSc | SRd | afa-8e | Putative VFf
|
|||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| kpsII | pap | pagG | clpG | f17A | sfa | iha | hly | cnf | east1 | stx | iutA | iroN | HPI | int | modD | PAI | mutS/rpoS | |||||||
| IA | ||||||||||||||||||||||||
| 29 | Human | P | O+ | 1 | − | C | − | − | − | + | c | − | − | − | − | − | − | + | + | + | N | − | − | − |
| 32 | Human | P | O78 | 6 | + | C | + | − | − | − | c | − | − | − | − | − | − | + | + | + | N | − | − | − |
| 48 | Porcine | E | O118 | 16 | + | C | − | − | − | − | c | − | − | − | − | − | − | + | + | + | N | − | − | − |
| 49 | Porcine | E | O118 | 19 | + | C | − | − | − | − | c | − | − | − | − | − | − | + | + | + | N | − | − | − |
| 13 | Human | S | O11 | 9 | + | C | − | − | − | − | a | − | − | − | − | − | − | + | + | + | D | − | − | − |
| 8 | Human | S | O+ | 11 | + | C | − | − | − | + | c | − | + | − | − | + | − | + | + | + | D | + | − | − |
| 11 | Human | S | NDg | 1 | + | C | − | − | − | − | c | − | − | − | − | − | − | + | − | + | D | − | − | − |
| IB | ||||||||||||||||||||||||
| 41 | Bovine | E | O8 | 12 | + | P | − | + | II | + | c | − | − | − | − | − | − | + | + | + | D | − | − | − |
| 40 | Bovine | E | O8 | 11 | + | P | − | + | II | + | c | − | − | − | − | − | − | + | + | + | D | − | − | − |
| 39 | Bovine | E | O8 | 13 | + | P | − | + | II | + | c | − | − | − | − | + | − | + | + | + | N | − | − | − |
| 47 | Bovine | I | O11 | 1 | − | C | − | + | II | + | b | − | − | − | 2 | − | − | + | − | + | D | − | − | − |
| 58 | Bovine | I | O8 | 4 | + | P | − | + | II | − | − | − | − | − | 2 | − | − | + | − | − | − | + | − | EHEC |
| 43 | Bovine | E | O11 | 10 | + | C | − | + | rs | − | a | − | − | − | − | − | − | − | − | + | D | − | − | − |
| 68 | Bovine | E | O11 | 5 | + | C | − | + | rs | + | c | − | − | − | − | − | − | + | − | + | − | − | − | − |
| 45 | Bovine | E | O8 | 3 | + | C | − | + | rs | + | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − |
| 50 | Bovine | E | O11 | 8 | + | C | − | + | rs | + | c | − | − | − | − | + | − | + | − | + | D | − | − | − |
| 42 | Bovine | E | O8 | 6 | − | C | − | + | rs | + | c | − | − | − | − | − | − | − | − | + | N | − | − | − |
| 27 | Human | P | ND | 7 | + | C | − | + | rs | − | c | − | − | − | − | − | − | + | + | + | D | − | − | − |
| 24 | Human | P | O+ | 7 | + | C | − | + | rs | + | c | − | − | − | − | − | − | + | − | + | D | − | − | − |
| 26 | Human | P | O9 | 6 | + | C | − | + | rs | + | c | − | − | − | − | − | − | + | + | + | D | − | − | − |
| 44 | Bovine | E | O11 | 6 | + | C | − | + | rs | + | c | − | − | − | − | − | − | + | − | + | D | − | − | − |
| 14 | Human | S | O11 | 7 | + | C | − | + | rs | + | c | − | − | − | − | − | − | + | + | + | D | − | − | − |
| 7 | Human | S | ND | 6 | + | C | − | + | rs | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | D | − | − | − |
| 12 | Human | S | O11 | 11 | + | C | − | + | rs | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | + | D | − | − | − |
| IC | ||||||||||||||||||||||||
| 23 | Human | P | O101 | 5 | − | C | − | + | rs | − | − | − | + | − | − | − | − | + | + | + | N | − | − | − |
| 51 | Porcine | E | O101 | 7 | + | C | − | + | rs | − | − | + | − | + | 1 | − | − | + | + | − | − | − | − | − |
| 8 | Human | S | O101 | 8 | + | C | − | + | rs | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | + | N | − | − | − |
| 10 | Human | S | O101 | 6 | + | C | − | + | rs | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | − | − | − | − | − |
| ID | ||||||||||||||||||||||||
| 35 | Bovine | E | O11 | 4 | + | C | − | + | III | + | − | − | + | + | 1 | + | − | + | − | + | D | − | − | − |
| 33 | Bovine | E | O11 | 3 | + | C | − | + | III | + | − | − | − | + | 1 | + | − | + | − | + | D | − | − | − |
| 52 | Bovine | I | O11 | 8 | + | C | − | + | III | + | − | − | − | + | 1 | + | − | + | − | + | D | − | − | − |
| 53 | Bovine | I | O11 | 12 | + | C | − | + | III | + | − | − | − | + | 1 | + | − | + | − | + | D | − | − | − |
| 36 | Bovine | E | O11 | 17 | + | C | − | + | III | + | − | − | − | + | 1 | + | − | + | − | + | D | − | − | − |
| 3 | Human | S | O11 | 12 | + | C | − | + | III | + | − | − | + | + | 1 | + | − | + | − | + | D | − | − | − |
| 4 | Human | S | O11 | 12 | + | C | − | + | III | + | − | − | + | + | 1 | + | − | + | − | + | D | − | − | − |
| 34 | Bovine | E | O11 | 8 | + | C | − | + | III | + | − | − | − | + | 1 | + | − | + | − | + | D | − | − | − |
| 19 | Human | E | O11 | 8 | + | C | − | + | III | + | − | − | − | + | 1 | + | − | + | − | + | D | − | − | − |
| 46 | Bovine | E | O88 | 17 | + | C | − | + | III | + | − | − | − | + | 1 | + | − | + | − | + | D | − | − | − |
| IE | ||||||||||||||||||||||||
| 25 | Human | P | O11 | 11 | + | C | − | − | − | + | c | − | − | − | − | + | − | + | − | + | D | − | − | − |
| 55 | Bovine | I | O86 | 7 | − | C | − | − | − | + | − | − | + | − | − | + | − | + | − | + | D | − | − | − |
| 5 | Human | S | O11 | 7 | − | C | − | − | − | + | − | − | + | − | − | + | − | + | − | − | − | − | − | − |
| II | ||||||||||||||||||||||||
| 69 | Bovine | I | O101 | 10 | + | C | − | − | − | − | b | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 21 | Human | P | ND | 0 | − | P | + | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − |
| 70 | Bovine | I | ND | 6 | − | C | − | − | − | − | b | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 61 | Bovine | I | ND | 4 | + | P | − | − | − | − | b | − | − | − | 2 | − | − | + | − | − | − | − | − | − |
| 64 | Bovine | I | ND | 0 | − | P | − | − | − | − | − | − | − | − | 2 | − | − | + | − | − | − | − | − | − |
| 57 | Bovine | I | ND | 0 | − | P | − | − | − | − | − | − | + | − | 2 | − | − | + | − | + | D | − | − | − |
| 66 | Bovine | I | ND | 0 | − | P | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 62 | Bovine | I | ND | 7 | − | P | − | − | − | − | − | − | − | − | 2 | + | − | + | − | + | D | − | − | − |
| 63 | Bovine | I | ND | 10 | − | P | − | − | − | − | b | − | − | − | 2 | − | − | + | − | − | − | − | − | − |
| 60 | Bovine | I | O101 | 4 | + | P | − | − | − | − | b | − | − | − | 2 | − | − | + | − | + | N | − | − | − |
| 38 | Bovine | E | O11 | 1 | − | C | + | − | − | − | c | − | − | − | 2 | + | − | + | − | − | − | − | − | − |
| 65 | Bovine | I | ND | 13 | − | C | − | − | − | − | c | − | − | − | 2 | − | − | + | − | − | − | − | − | −/PICK> |
| 56 | Bovine | I | O11 | 3 | − | C | − | − | − | − | c | − | − | − | 2 | − | − | + | − | − | − | + | − | EPEC |
| 37 | Bovine | E | ND | 13 | + | P | − | − | − | − | b | − | − | − | 2 | − | − | − | − | + | N | − | − | EPEC |
| 67 | Bovine | I | O101 | 8 | − | C | − | + | rs | − | a | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − |
| III | ||||||||||||||||||||||||
| 15 | Human | P | O83 | 2 | + | C | + | + | III | − | c | + | − | + | 1 | − | − | + | + | + | N | + | + | B2 |
| 16 | Human | P | O83 | 2 | + | C | + | + | III | − | c | + | − | + | 1 | − | − | + | + | + | N | + | + | B2 |
| 30 | Human | P | O83 | 8 | + | C | + | + | III | − | c | + | − | + | 1 | − | − | + | + | + | N | + | + | B2 |
| 1 | Human | S | O4 | 1 | + | C | − | + | III | − | c | + | − | + | 1 | − | − | + | + | + | N | + | + | B2 |
| 31 | Human | P | O4 | 7 | − | C | − | + | III | − | c | + | − | + | 1 | − | − | + | + | + | N | + | + | B2 |
| 68 | Bovine | I | O101 | 3 | − | C | − | − | − | − | a | + | − | − | − | − | − | + | + | + | N | + | − | − |
| 6 | Human | S | O+ | 8 | − | C | − | − | − | − | − | + | + | − | − | + | − | + | + | + | N | + | − | − |
| IV | ||||||||||||||||||||||||
| 75 | Bovine | Stx | ND | 7 | − | ND | − | − | − | + | − | − | − | − | − | + | + | − | − | − | − | + | − | EHEC |
| 77 | Bovine | Stx | ND | 8 | + | ND | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | − | + | O | − | − | EPEC |
| 71 | Bovine | Stx | ND | 5 | + | ND | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | + | + | − | + | D | − | − | EPEC |
| 74 | Bovine | Stx | O101 | 3 | − | P | − | − | − | − | + | − | + | − | − | − | + | + | − | − | + | − | − | EPEC |
| 73 | Bovine | Stx | ND | 6 | + | C | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | − | − | − | − | − | − | EPEC |
| 76 | Bovine | Stx | ND | 2 | + | G | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | + | D | − | − | EPEC |
| 72 | Bovine | Stx | ND | 6 | − | P | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | + | + | − | + | D | − | − | EPEC |
| V | ||||||||||||||||||||||||
| 28 | Human | P | O9 | 6 | + | P | + | + | rs | − | − | − | − | − | − | + | − | + | + | + | D | + | − | EHEC |
| 20 | Human | P | ND | 7 | − | C | + | − | − | + | − | − | + | − | − | + | − | + | − | − | − | + | − | EHEC |
| 22 | Human | P | ND | 4 | + | C | − | + | rs | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | + | − | EPEC |
| 18 | Human | P | ND | 0 | + | C | + | − | − | + | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | + | − | EHEC |
| 17 | Human | P | ND | 5 | + | C | + | − | − | + | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | + | + | EHEC |
| 59 | Bovine | I | 101 | 3 | − | C | − | − | − | − | a | − | − | − | − | − | − | − | − | + | N | − | − | EPEC |
| 2 | Human | S | ND | 8 | + | C | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | + | − | EHEC |
Clusters and subclusters were resolved by similarity relationship analysis (UPGMA).
Source, epidemiological sources: P, patients with pyelonephritis; S, cancer patients with sepsis; E, animals with extraintestinal infections; I, animals with intestinal infections; Stx, intestinal infections with STEC strains.
ARS, antibiotic resistance score, which corresponds to the number of agents to which the strains were found to be resistant (28).
SR, serum resistance; +, survival in fresh human serum; −, killing by fresh human serum.
afa-8, afa-8 operon location; P, plasmid; C, chromosome; ND, not determined.
For VF genes, + and − indicate the presence or absence of the given gene, respectively. Putative VF genes are further described as follows: kpsMT II, group II capsule synthesis; pap, papAH, papC, papEF; for papG, III, allele III; II, allele II; rs, papGrs; clpG, major subunit of CS31A; for f17A, a, b, and c indicate alleles f17Aa, f17Ab, and f17Ac, respectively; sfa, central region of the sfa/foc operon; iha, nonhemagglutinating adhesin-associated PAI ICFT073; hly, hemolysin; for cnf, 1, cytotoxic necrotizing factor type 1; 2, cytotoxic necrotizing factor type 2; east1, enteroaggregative E. coli heat-stable enterotoxin 1; stx, STEC markers sepB and stx; iutA, aerobactin; iroN, catechole siderophore receptor-associated PAICP9; HPI, pathogenicity-associated island markers irp1, irp2, and fyuA from pathogenic Yersinia HPI; int, HPI integrase gene (D, truncated int gene; N, intact int gene); modD, molybdenum transport; PAI, pathogenicity-associated island markers malX and cysB from strain CFT073; mutS/rpoS, DNA polymorphism in the mutS-rpoS region (EHEC, typical of EHEC group 1; EPEC, typical of EPEC groups 1 and 2; B2, typical of strains from phylogenetic group B2). Genotypes were obtained by PCR; hemolysin, however, was detected by both PCR and hemolysis on sheep blood agar, and adhesins F17 and CS31A were detected by both PCR and sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis.
ND, not determined.