TABLE 2.
Haplotype distribution at 6p22
| Polymorphic site position
|
Frequency
|
|||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 111111111 | ||||||
| 111111122222222333344444555555555666777777888888888999999000000000 | ||||||
| 011246902345668023402566012355669678167788012235679046788001123357 | ||||||
| 137858592930486321219729170656899069926609171469675542249140743553 | ||||||
| 345087065329582549755915485091085720230198145656744283884081114579 | Total | Af. | Non-Af. | Eu. | As. | |
| Ancestor: | CATAAAATTACGCTCACCAGGAAATTTCGTCTACACCCCAATGCGCTGTATCTAATGTGAGAAAGC | |||||
| Orangutan: | ........................Y..........................T.............. | |||||
| Gorilla: | .................................T............................G... | |||||
| Chimpanzee: | .................................................................. | |||||
| Haplotype | ||||||
| 1 | ...G.....G......A..............CGTG..T.........A....C.........G..T | 1 | 1 | |||
| 2 | ....G...........................G......G......................G... | 1 | 1 | |||
| 3 | .G..GG..............TG..........G.G...TG..................A...G... | 1 | 1 | |||
| 4 | ................................G......G......................G... | 4 | 4 | |||
| 5 | ...G.....G......................GTG..T.........A..............G..T | 7 | 2 | 5 | 1 | 4 |
| 6 | ...............G..G...C.........G......G...................G..G... | 1 | 1 | |||
| 7 | ......................C.........G....T....T...C..G............G... | 1 | 1 | |||
| 8 | ......................C...G.....G......G......................G... | 1 | 1 | |||
| 9 | ..C.............................G....T......................A.G... | 2 | 2 | |||
| 10 | ...G......G..........T..........G......G......................G... | 4 | 4 | |||
| 11 | ...G..........A..............C..GTG..T.........A..C...........G..T | 2 | 2 | |||
| 12 | ...G............................GTG..T.........A..............G..T | 1 | 1 | |||
| 13 | ...GG................T..........G......G......................G... | 1 | 1 | |||
| 14 | ...G............................GTG..T.........A..C...........G..T | 4 | 3 | 1 | 1 | |
| 15 | ...G....C.......................GTG..T.........A..............G..T | 1 | 1 | |||
| 16 | ....G................T..........G..A...G.G...............G....G... | 1 | 1 | |||
| 17 | T..GG....G...C..................G.G.T........G.A..............G..T | 1 | 1 | |||
| 18 | .......G.........T.....G........G......G...............G......G... | 1 | 1 | |||
| 19 | ....................T...........G......G......................G... | 4 | 2 | 2 | 2 | |
| 20 | ...G.....G......................G.G..T.......................GG... | 1 | 1 | |||
| 21 | ....G...............T...A.......G......G......................G... | 2 | 2 | |||
| 22 | .........G..........T...........G......G......................G... | 1 | 1 | |||
| 23 | ..CG.....G......................G.G..T......T.................G..T | 1 | 1 | |||
| 24 | ...........A....................G....T.........AC.............G.T. | 1 | 1 | |||
| 25 | ...........A.............G......G......G.......AC.............G... | 1 | 1 | |||
| 26 | ...G.....G......................G.G..T.........A...........G..G..T | 1 | 1 | |||
| 27 | ....................T...........G......G......................GT.. | 4 | 1 | 3 | 1 | 2 |
| 28 | ...G.....G......A................TG..T.........A..............G..T | 32 | 32 | 17 | 15 | |
| 29 | ..C.........................A...G....T......................A.G... | 12 | 12 | 9 | 3 | |
| 30 | ...G...............A............GTG..T.........A..C...........G..T | 1 | 1 | 1 | ||
| 31 | ...G.....G........................G....GT...............A.....G... | 1 | 1 | 1 | ||
| 32 | ..C.........G...............A...G....T......................A.G... | 1 | 1 | 1 | ||
| 33 | ....G...............T...........G......G......................G... | 8 | 8 | 3 | 5 | |
| 34 | ..C.........................A.G.G....T......................A.G... | 1 | 1 | 1 | ||
| 35 | ...G.....G......A................TG..T.....T...A..............G..T | 2 | 2 | 1 | 1 | |
| 36 | ..........T.........T...........G......G.......................... | 1 | 1 | 1 | ||
| 37 | ...G.....G......A................TG..T.........A......G.......G..T | 1 | 1 | 1 | ||
| 38 | ...G............................G....T.........A..C...........G..T | 1 | 1 | 1 | ||
| 39 | ....G...............T.......A...G......G......................G... | 1 | 1 | 1 | ||
| 40 | ...G.....G......................GTG....G......................G... | 1 | 1 | 1 | ||
| 41 | ...G.....G......A................TG..T.........A.....G........G..T | 1 | 1 | 1 | ||
| 42 | ....................T...........G......G.......................... | 1 | 1 | 1 | ||
| 43 | ...G.....G......A................TG..T.........A...T..........G..T | 1 | 1 | 1 | ||
| 44 | ....G....G..........T...........G......G......................G... | 1 | 1 | 1 | ||
| 45 | ...G.....G.......................TG..T.........A..............G..T | 1 | 1 | 1 | ||
| 46 | ...G.....G......................G.G..T.........A..............G... | 1 | 1 | 1 | ||
| 47 | ....G.C.............T...........G......G......................G... | 1 | 1 | 1 | ||
| 48 | ...G.....G......A..........T.....TG..T.........A..............G..T | 1 | 1 | 1 | ||
| No. chr | 122 | 40 | 82 | 40 | 42 | |
The frequencies of each haplotype in the total, African (Af.), Non-African (Non-Af.), European (Eu.), and Asian (As.) samples are shown in the right columns.