TABLE 2.
Sequences of the five cleavage sites in Gag from 18 viral isolates
| Gaga | Cleavage site sequenceb
|
||||
|---|---|---|---|---|---|
| p17/p24 | p24/p2 | p2/p7 | p7/p1 | p1/p6 | |
| conB | VSQNY/PIVQN | KARVL/AEAMS | SATIM/MQRGN | ERQAN/FLGKI | RPGNF/LQSRP |
| MDR1 | -----/----- | ---I-/----- | P-A--/----- | ----/------ | -----/--N-T |
| MDR2 | I----/----- | -----/----- | --A--/----- | ---V-/----- | -----/--N-- |
| MDR3 | --R--/----- | -----/----- | ---V-/--KS- | -----/----- | -----/--R-- |
| R1+ | -----/----- | -----/----- | NPA--/----- | -----/----- | -----/----- |
| R2+ | -----/----- | -----/----- | NPV--/----- | -----/----- | -----/----- |
| R3 | -----/----- | -----/----- | -----/--K-- | -----/----- | -----/P---T |
| P1 | ----L/----- | -----/----- | SSA--/----- | -----/---R- | -----/----- |
| P2* | D----/----- | -----/----- | ---V-/--K-- | -----/----L | -----/----- |
| P3* | -----/----- | -----/----- | ---V-/--K-- | -----/----L | -----/----- |
| WT1 | A----/----- | -----/----- | -GAA-/----- | -----/----- | -----/----- |
| WT2 | --R--/----- | -----/----- | PNNV-/----- | -----/----- | -----/P---- |
| WT3 | -----/----- | -----/----- | ---V-/----- | -----/----- | -----/--N-- |
| WT4 | -----/----- | -----/----- | --A--/----- | -----/----- | -----/----- |
| WT5 | -----/----- | -----/----- | --NI-/----- | -----/----- | -----/----- |
| WT6 | -----/----- | ---I-/----- | -----/----- | -----/----- | -----/----- |
| WT7 | S----/----- | -----/----- | --NV-/----- | -----/----- | -----/----- |
| WT8 | -----/---R- | -----/----- | A-N--/--K-- | -----/----- | -----/--N-- |
| WT9 | -----/----- | ---I-/----- | PT---/----- | -G---/----- | -----/----- |
a
MDR and PI-resistant isolates are in boldface. conB, subtype B Gag consensus sequence. * and +, viral isolates that are phylogenetically related.
b
Dashes indicate homology to the consensus B reference sequence.