Table 3.

Variable sites in 72 individuals for DFFRY, DBY, and UTY1, defining 18 major haplotypes, not including polymorphic sites observed once

Population	DFFRY†																		DBY†														UTY1†
			1		2	2		3			5	5	6				8	9								1	1	2	2	2	2	2		1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1		3	3	3	3	3	3
	H	1	5	2	4	9	3	0	4	4	4	9	0	6	6	7	8	1					1	6	7	0	9	3	3	3	3	3	1	1	2	2	3	3	3	3	3	3	3	6	9	2	6	6	6	6	6	7
	a	2	4	2	3	8	0	8	2	8	7	0	5	1	7	9	8	9					7	0	4	9	7	1	1	1	1	1	0	5	2	2	3	3	3	3	8	8	8	1	7	3	7	7	7	7	7	8
	p	7	4	9	7	1	7	7	9	4	8	3	0	5	7	9	6	4	1	1	1	1	5	9	5	1	4	2	2	2	2	2	1	8	1	1	0	0	0	0	0	1	1	5	1	5	8	8	9	9	9	4
	l	7	+	5	+	+	7	-	2	2	-	-	+	5	7	1	-	+	-	-	-	-	+	-	-	-	+	+	+	+	+	+	4	-	+	+	+	+	+	+	+	-	-	+	-	8	+	+	-	-	-	+
	o	U	7	*	1	9		4		*	1	1	9		*		3	4	2	2	2	2	1	3	5	1	3	3	4	8	1	1		4	3	3	1	5	6	6	1	2	7	8	6		5	7	2	2	3	1
	t	T			3	8		6			0	0					1	8	5	2	2	4	2	2	2	3	8	9	6	1	0	1			6	6	8	7	2	2	6	2	8	8	0		3	6	8	9	2	6
	y	R			1						6	9							1	7	2	0	0					0	0	9	9	3			2	7		9	1	2	2						7	8	1	4	9	5
	p																		5	2	7										9	0			4	1		8	1	1	8
	e																																								3
Orangutan		-	-	C	-	-	T	-	A	G	T	-	-	-	G	T	-	T	C	O	T	G	T	T	-	G	-	-	-	-	A	G	C	A	-	-	T	-	-	-	-	-	-	5bp	-	T	G	T	G	-	-	-
Gorilla		-	-	C	-	-	-	-	-	G	T	-	-	-	-	T	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	T	-	-	-		-	C	-	-	-	T	-	-	-	-	G	-	-	-	-	-	T	-	-	-	C
Chimpanzee		T	C	C	-	T	T	C	A	G	T	-	-	C	G	T	A	T	C	O	T	A	T	T	A	G	T	C	C	O	A	G	C	A	A	A	T	G	T	T	G	G	A	5bp	A	T	G	T	G	T	A	C
Human, ancestral		T	C	C	A	T	T	C	A	G	C	G	O	C	G	T	A	T	C	O	T	A	T	T	A	G	T	C	C	O	A	G	C	A	A	A	T	G	T	T	G	G	A	5bp	A	T	G	T	G	T	A	C
AF09 Khoisan	1	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
AF15 Falasha, Ethiopia	1	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	G	.
AF14 Nuba	2	.	.	.	.	.	C	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	.	.	.
AF02 Biaka Pygmy	3	.	.	.	.	.	C	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
AF03 Biaka Pygmy	3	.	.	.	.	.	C	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
AF05 Mbuti Zaire Pygmy	3	C	.	.	.	.	C	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
AF07 Lissongo	3	.	.	.	.	.	C	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
AF04 Mbuti Zaire Pygmy	4	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
AS37 Bedouine	4	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
AF01 Biaka Pygmy	5	.	T	.	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
AF06 Lissongo	5	.	T	.	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
AF16 Nuba‡	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
AS06 Japanese	6	.	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
AS33 Hmong, Laos	6	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
AS18 Sindhi	7	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	.
AS38 Bedouine	7	.	T	.	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	.
AS07 Japanese	8	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	.	.	.	.	.
OC02 New Guinean	8	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	.	.	.	.	.	.	.	.	A	.	.	.	.	.
OC07 Australian Aborigine	8	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	.	.	.	.	.	.	A	.	.	.	.	.
AS28, AS30, AM06§	9	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	.	.	.	.
AS02 and others¶	10	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.
AM02 Surul	10	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.
AM04 Mayan	10	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.
AS11 Brushaski	10	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.
AS12 Pathan	10	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.
AS15 Brahui	10	.	T	.	.	.	.	.	.	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	4bp	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.
EU03 and others‖	11	.	T	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.
AS16, AS25**	12	.	T	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.
OC01 New Guinean	13	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.
OC03, OC04 Melanessian	13	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	O	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.
AS14, AS29, AS35, EU08‡‡	14	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.
AS40 Yemenite	15	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	T
EU02 Italian	15	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	T
AS01 and others††	16	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	O	G	.	.	.	.	.	.	.
AS09 Han Chinese	16	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	G	O	G	.	.	.	.	.	.	.
EU04 and others§§	17	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.
EU13 Italian‡	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.
AS10, AS24¶¶	18	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.
AS39 Arab, Central Asia	18	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	T	.	.	.	.	C	.	.	C	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.

AF, Africa; AS, Asia; EU, Europe; AM, America; OC, Oceania; -, sequence not available. 

^*Nonsynonymous substitution. 

^†Variant nucleotide positions are defined with respect to the cDNA sequences in GenBank for DFFRY (AF000986), DBY (AF000985), and UTY1 (AF000996). 

^‡Screened for UTY1 only. 

^§AS28, Japanese; AS30, Hazara; AM06, Navajo Indian. 

^¶AS02, Cambodian; AS17, Sindhi; AS23, Druze; AS32, Tamil; AS34, 36, Bedouine; EU12, Ashkenazi; AM01, Karitiana; AM03, Colombian Indian. 

^‖EU03, German; EU05, 06, Basque; EU09, Finn; OC06, Australian Aborigine; AM05, Muskogee. 

^**AS16, Sindhi; AS25, Makrani. 

^‡‡AS14, Baloochi; AS29, Hazara; AS35; Sepharadim; EU08, Ashkenazi. 

^††AS01, Cambodian; AS03, Atayal; AS04, Ami; AS05, 27; Japanese; AS08, 26, Han Chinese; AS13, Pathan. 

^§§EU04, Italian; EU07, Basque; EU10, Finn; EU11, Georgia; AS31, Haraza; OC05, Australian Aborigine. 

^¶¶AS10, Brushaski; AS24, Makrani.