Table 2.
Effect of amino acid substitutions of MHC contact residues
| Amino acid position at Ea peptide | T cell stimulation | Binding | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | ||
| E | A | Q | G | A | L | A | N | I | A | ||
| − | Y | − | − | − | − | − | − | − | − | + | ++ |
| − | K | − | − | − | − | − | − | − | − | ++ | + |
| − | E | − | − | − | − | − | − | − | − | ++ | ++ |
| − | I | − | − | − | − | − | − | − | − | ++ | + |
| − | L | − | − | − | − | − | − | − | − | ++ | + |
| − | V | − | − | − | − | − | − | − | − | ++ | + |
| − | T | − | − | − | − | − | − | − | − | +++ | + |
| − | S | − | − | − | − | − | − | − | − | +++ | + |
| − | − | Y | − | − | − | − | − | − | − | + | ++ |
| − | − | K | − | − | − | − | − | − | − | +++ | ++ |
| − | − | E | − | − | − | − | − | − | − | + | + |
| − | − | I | − | − | − | − | − | − | − | +++ | + |
| − | − | − | Y | − | − | − | − | − | − | + | ++ |
| − | − | − | K | − | − | − | − | − | − | Negative | ++ |
| − | − | − | E | − | − | − | − | − | − | +/− | Negative |
| − | − | − | I | − | − | − | − | − | − | Negative | Negative |
| − | − | − | L | − | − | − | − | − | − | + | + |
| − | − | − | V | − | − | − | − | − | − | +/− | Negative |
| − | − | − | A | − | − | − | − | − | − | +++ | + |
| − | − | − | T | − | − | − | − | − | − | +/− | Negative |
| − | − | − | S | − | − | − | − | − | − | +++ | + |
| − | − | − | H | − | − | − | − | − | − | Negative | Negative |
| − | − | − | − | Y | − | − | − | − | − | + | + |
| − | − | − | − | K | − | − | − | − | − | Negative | + |
| − | − | − | − | E | − | − | − | − | − | +/− | Negative |
| − | − | − | − | I | − | − | − | − | − | +++ | ++ |
| − | − | − | − | L | − | − | − | − | − | +++ | ++ |
| − | − | − | − | V | − | − | − | − | − | ++ | ++ |
| − | − | − | − | T | − | − | − | − | − | +++ | + |
| − | − | − | − | S | − | − | − | − | − | +++ | + |
| − | − | − | − | H | − | − | − | − | − | ++ | + |
| − | − | − | − | − | − | Y | − | − | − | Negative | Negative |
| − | − | − | − | − | − | K | − | − | − | Negative | Negative |
| − | − | − | − | − | − | E | − | − | − | Negative | Negative |
| − | − | − | − | − | − | I | − | − | − | +/− | Negative |
| − | − | − | − | − | − | L | − | − | − | + | + |
| − | − | − | − | − | − | V | − | − | − | +/− | + |
| − | − | − | − | − | − | G | − | − | − | +/− | + |
| − | − | − | − | − | − | T | − | − | − | + | + |
| − | − | − | − | − | − | S | − | − | − | +++ | + |
| − | − | − | − | − | − | F | − | − | − | +/− | + |
| − | − | − | − | − | − | − | − | − | Y | +/− | + |
| − | − | − | − | − | − | − | − | − | K | +/− | + |
| − | − | − | − | − | − | − | − | − | E | +++ | ++ |
| − | − | − | − | − | − | − | − | − | I | + | + |
| − | − | − | − | − | − | − | − | − | L | + | + |
| − | − | − | − | − | − | − | − | − | V | ++ | + |
| − | − | − | − | − | − | − | − | − | T | ++ | + |
| − | − | − | − | − | − | − | − | − | S | +++ | + |
This table summarizes all experiments done testing peptides with different residues at key positions thought to be MHC contact. T cell stimulation was done by titrating various amounts of each peptide: a +++ indicates a peptide that required less than 10 μM concentration for 50% response; a ++ response required up to 40 μM; a + response was elicited with 40–100 μM; a +/− response is one where at 40 or 100 μM the extent of the response never reached a 50% level. Binding was carried out by a functional assay, testing for blocking of the response by an OVA reactive peptide: a +++ binding indicates that 10 μM peptide or less was required to inhibit by 50% the response to 1 μM OVA peptide. A ++ binding required up to 25 μM; a + binding required from 25 to 100 μM for 50% inhibition. No binding refers to a lack of inhibition with peptides at 100 μM. All assays with each peptide were done 4–5 times.